古代忍者的主要軍事任務是負責蒐集情報及暗殺敵方首腦主將等，因而忍術的內容構成也比較複雜，除了一般各種徒手、器械的古流武術實戰技法外，還包括情偵諜報、潛伏暗殺、易容改裝、火器藥功、越野泅渡、攀騰縱躍等一切與之目的相關的體能、技能訓練。
江戶時代由於江戶著名名劍術兵法世家柳生家族出任德川幕府的將軍家兵法指導，並身兼當時天下忍軍的總頭目，負責暗中指揮所有忍者的行動，所以近世忍者所習的武術技藝大多都是以柳生新陰流掌握一般的劍術、柔術等武術技藝之外，也經常配備各種短兵器如小太刀、短刀、十手、棒杖、鐵甲手鉤等和暗器如手裏劍、小型弓弩等以作護身之用。另外，忍者為了完成諸如長途奔襲、秘密潛入或潛伏暗殺等特殊任務，還裝備有各種獨特的相關道具與器械，如渡水過河時以充氣皮囊當作簡易舟具的水蜘蛛、攀越城池牆垣的長索繩梯以及必要的藥物火器等。
忍者通過特殊訓練掌握“忍術”成為特戰殺手、特戰間諜， 賀忍者結合華夏曆代武學精華寫成了集忍道、忍術、忍器於一體的忍者修行方法。古時忍術主要有伊賀、甲賀兩大派係，另外還有猿飛、戶隱等其它流派，但由於時代與環境的變遷，現代日本已少有忍術流派的傳承了。
忍術最初源於日本傳統格鬥術的一種，後吸收華夏《孫子兵法》等理念，融神道教、佛教中的相關心法與秘技，在長期修行與刻苦磨練中獨自發展，最終形成忍術。忍術的理論基礎是日本神道中的忍法、日本陰陽道中的巫術、日本武道中的格鬥心術，結合由華夏傳來日本的孫子兵法而來，之後再加上修練道，以及在山中的伏擊技巧發展而成。
忍術的山中伏擊技巧、來自住在大和、吉野、鞍馬、根來、伊賀的山地戰經驗。京都則是忍術中使用的法術陰陽道發祥地、因為不遠處有比、高野等佛教密宗的本山。忍術的武芸麵來自柳生流劍派、寶藏院流槍術。
在平安時代時，由於武士階級興起，在山中伏擊的兵法就由武士去發展。在源平時代，學會在山中伏擊的源義經成功的使用了山中伏擊的技巧，完成了攻擊麵戰法的理論。在南北朝時代，楠木正成發展出防禦麵的兵法，在此同時，忍術跟武術才分開成不同的係統。在戰亂的戰國時代，大名們需要大量的刺探敵軍情報和對敵人城市開展破壞活動，所以忍術在這一時代出現了飛躍性的發展。
忍術發達的地區有以下幾處：武藏、甲斐、越後、信濃、伊賀、甲賀、紀伊等地區，其中伊賀、甲賀的忍術在日本是最為發達的。伊賀與甲賀離京都很近，地勢都屬於重山險阻圍繞的封閉小盆地。雖然貧瘠，但是在戰略上的位置卻是十分的重要：因為它們靠近日本的中央近畿地帶。在戰國時代在伊賀與甲賀的彈丸之地上先後崛起了六十多家土豪。地盤雖小，這裏的競爭卻是是超乎外人想象的激烈。土豪們彼此虛情假意的結盟，暗中互相刺探一旦抓住機會就予以對手無情的打擊。這兩塊充滿了殘忍、狡詐的血腥山地逐漸演化成忍術發展的大本營。
伊賀跟甲賀對忍者事業的最大貢獻就是對忍術的理論基礎和技能作出了係統化，編出了一本忍者的修煉寶典——《萬川集海》。雖然流派不同，忍者們修練的經典都是《萬川集海》這本書，這本書的內容就是教導忍者如何施行忍術的一切理論基礎與技能指導。在德川家族第四代將軍德川家綱時代的延寶4年，甲賀的隱士藤林保武結合華夏和日本曆代名將的思想與武學精華，參照《六韜》和《孫子兵法》的內容寫成了集忍道、忍術、忍器於一體的忍者究極修行指南。並參照華夏古籍《文選·左思·吳都賦》中的“百川派別，歸海而匯”思想，將書命名為《萬川集海》。正如書名所示《萬川集海》就是海納百川取各流派精髓的意思。《萬川集海》由正心、將知、陰忍、陽忍、天時、忍器六部分組成。此書成為了後來忍者修行的必讀教材。
《六韜》和《孫子兵法》是對《萬川集海》及忍術整體發展影響較深的兩部古代著作，由此也可以看出，這些華夏古代的軍事武學思想為以後日本忍術的發展壯大奠定了充實的理論基礎，這是忍術最早的確源於華夏的明證，可以說《萬川集海》是日本人學習華夏古代軍事精華和密術玄學修煉之道後的概括總結。
無刃取魂：位於忍術裏最高境界，隻有突忍才能習得此全流派忍術稱為至尊忍王的頭銜。
五車之術：在與對手的談話中，能夠攻擊對手心理的話之術。
喜車之術，煽動、蠱惑對手以尋找機會。
怒車之術，激怒對手，讓對手失去冷靜。
哀車之術，引起對手的同情。
樂車之術，使對手羨慕自己而失去戰意，從而將對手拉入自己一方。
恐車之術，利用迷信等手段讓對手產生恐懼，從而失去戰意。
天唾之術，獅子身中之術。
忍者八門，忍者必修之術，與流派無關。骨法，氣合，劍術，棒術，火術，槍術，遊藝，教門。
在戰國時代，忍術開始有長足的進步，因為這個時代非常需要忍術，武術和兵法。
但是和兵法，武術不同的是，忍術有他的獨特性。忍術發達的地區有以下幾處，忍術的流派也就是用以下的地名當作流派的名稱：武藏，甲斐，越後，信濃等四州。
忍術在日本有多個流派，有人推測比較典型的至少有49個流派，其中甲賀與伊賀知名度最高。在古代，各個流派在各個地域為了不同的主君而奮鬥著，當然他們的所做所為從來都是秘密。
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