鄭玄雖然已經學富五車，但他自己卻毫不滿足。當他感到關東學者已經無人再可請教了的時候，便通過友人盧植的關係，離開故國，千裏迢迢西入關中，拜扶風人馬融為師，以求進一步深造。馬融是當時最著名的經學大師，學問十分淵博。他遍注儒家經典，使古文經學達到了成熟的境地。他的門徒上千，長年追隨在身邊的就有四百餘人，其中優秀者亦達五十人以上。
馬融為人比較驕貴和講究，雖然門徒眾多，但他隻親自麵授少數高材生，其餘學生則由這些高材生轉相授業。鄭玄投學門下後，三年不為馬融所看重，甚至一直沒能見到他的麵，隻能聽其高足弟子們的講授。但鄭玄並未因此而放鬆學習，仍舊日夜尋究誦習，毫無怠倦。有一次，馬融和他的一些高足弟子在一起演算渾天問題，遇到了疑難而不能自解。有人說鄭玄精於數學，於是就把他召去相見。鄭玄當場很快就圓滿地解決了問題，使馬融與在場的弟子們都驚服不已，馬融對盧植說：“我和你都不如他呀！”自此以後，馬融對鄭玄十分看重，鄭玄便把平時學習中發現而未解決的疑難問題一一向馬融求教，對於篇籍的奧旨尋微探幽，無不精研，終得百尺竿頭更進一步。
鄭玄在馬融門下學習了七年，因父母年邁需要歸養，就向馬融告辭返迴山東故裏。馬融此時已經感到鄭玄是個了不起的人才，甚至會超過自己，他深有感慨地對弟子們說：“鄭生今去，吾道東矣！”意思是說，由他承傳的儒家學術思想，一定會由於鄭玄的傳播而在關東發揚光大。
從馬融那裏學成迴鄉後，鄭玄已經四十多歲了，這時他已成為全國精通今古文經學的大師了，於百家之學無所不通。於是遠近有數百上千人投到他的門下，拜他為師，聽他講學。當時他家裏還很貧窮，便“客耕東萊”，一麵種田維持生計，一麵教授門徒。
漢靈帝建寧元年，朝廷下詔各州郡查究黨人，凡“黨人”及其門生、故吏、父子、兄弟現居官位者，一概免職禁錮，發生了第二次“黨錮之禍”。鄭玄曾為杜密故吏，受杜密的賞識與提攜，所以也被視為黨人，於建寧四年和同郡人孫嵩等四十餘人俱被禁錮。
鄭玄起初從第五元先學習《京氏易》《公羊春秋》，是屬於今文經學派的。後來他又跟張恭祖學習《周官》《左氏春秋》《古文尚書》，這是屬於古文經學派的。 他在馬融門下受業多年，而馬融乃是古文經學大師。
總的看，鄭玄傾向於古文經學。但鄭玄並不遵守當時經學中師法、家法那一套，他以自己淵博的學識遍注古文經，注中並不專用古文經學家的釋義，同時也采用了許多個今文經學家的解釋。即以古文為主，兼采今文，擇善而從。
鄭玄從四十五歲被禁錮，到了五十八歲才蒙赦令，前後長達十四年。在此期間，他打破了經學的家法，注釋與著書“幾百餘萬言”，創立了“鄭學”，在華夏經學發展史上做出了無與倫比的傑出貢獻。鄭學”逐漸成為“天下所宗”的儒學。例如，鄭玄所注的古文經學費氏《易》流行，而今文經的施、孟、梁邱三家《易》便廢止了；鄭注《古文尚書》流傳，而今文經的歐陽、大小夏侯三家《尚書》便散失了；鄭玄箋注了古文經的《毛詩》，而今文經的齊、魯、韓三家的《詩》也就不顯了。鄭學的出現，使經學的發展產生了重要的變化，它使經學進入了一個“統一時代”。
黃巾起義爆發後，朝廷被迫大赦黨人。解除黨禁後，朝廷當政者對鄭玄的大名已早有所聞，於是爭相聘請他入朝擔任要職。但鄭玄求名而不求官，羞與外戚閹寺為伍，絕不願涉足仕途，乃屢拒征辟，一心一意從事著書講學的學術工作。
中平二年，執掌朝廷權柄的外戚大將軍何進為了籠絡人心，首先征辟鄭玄入朝為官。州郡官吏脅迫起行，鄭玄不得已，隻好入朝去見何進。何進為表示禮賢下士，對鄭玄禮敬有加，設幾、杖之禮以待之。鄭玄為保其名士節操，拒不穿朝服，隻穿普通儒者的便服與何進相見。僅隔了一夜，未等授予官職就逃走了。
靈帝中平四年，三府曾先後兩次征辟鄭玄，但他都藉故婉言謝絕了。第二年，鄭玄與荀爽、申屠蟠、襄楷、韓融、陳紀等十四人並被征為博士，他因父喪而未去。後將軍袁隗表舉鄭玄為侍中，他仍以居喪為理由而拒絕出仕。
中平六年，靈帝死，少帝劉辯繼位，不久董卓廢少帝而立獻帝，遷都長安。這時，公卿們又舉鄭玄任趙王劉乾的國相，但因戰亂道路不通，仍沒有受召。鄭玄屢拒征辟，其間除避亂於徐州外，大多在家鄉隱居，聚徒講學，專心經術，著書立說。他的弟子遍於天下，多有人自遠方而投至門下，如趙商、崔琰、公孫方、王基、國淵、郗慮等即為著名者。他的學生常常超過千人，為一時之盛。
漢獻帝初平二年，黃巾軍攻占青州，鄭玄隻得逃到徐州避亂。徐州牧陶謙曾大破黃巾軍，境內比較安定，他聽得鄭玄到來，極為歡迎，以師友之禮相接待。鄭玄把自己安頓在南城之山棲遲岩下的一所石屋裏，很少出頭露麵，仍然夜以繼日、孜孜不倦地研究儒家經典，注釋《孝經》。
鄭玄在徐州住了五、六年，當時孔融為北海相，對鄭玄特別尊崇，他一麵為鄭玄修葺故居庭院，一麵再三派人敦請鄭玄迴郡。
建安元年，鄭玄從徐州返迴高密。據《後漢書》本傳記載，鄭玄在迴高密的路上曾遇到大批黃巾軍，但他們卻對鄭玄十分尊重：“見玄皆拜，相約不敢入縣境”。曆史記載黃巾軍尊重士人，正是因為如此，鄭玄才能在顛沛流離中非禮不動。據《後漢紀·獻紀》，高密一縣，竟未受黃巾抄掠。
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