屈突通率軍數萬屯守河東，準備阻止李淵軍入關。時李淵軍司馬劉文靜引突厥大將康鞘利率兵匹趕到，使李淵兵力大增。十八日，李淵軍到汾陰，招撫關中農民軍首領孫華。二十四日，命其先行渡過黃河，並派左、右統軍王長諧、劉弘基及左領軍長史陳演壽、金紫光祿大夫史大柰率步騎兵六千渡河至梁山紮營，以待大軍。
此時屈突通的處境非常艱難，正如李淵所分析的那樣：“屈突通精兵不少，與我軍相隔僅五十餘裏，但不敢來戰，足以證明他的部下已經不為屈突通效命了。但是屈突通害怕上邊怪罪，又不敢不出戰。若他親自率軍過河進攻你們，那我就進攻河東，河東肯定守不住。若是屈突通全軍守城，那你們就拆毀河上的橋梁。這樣前麵扼住他的咽喉，後麵攻擊他的後背，他不逃走必定被我們擒獲。”九月，屈突通派虎牙郎將桑顯和率數千名士卒乘夜襲擊王長諧等軍，起初進展順利。但孫華、史大柰率輕騎從側後襲擊桑顯和軍，隋軍敗迴河東。初十，李淵率諸軍包圍河東。但河東城高險峻，加上屈突通又善於守城，使李淵軍難以很快攻下。李淵隻好留一部兵力繼續圍城，親率主力於十二日渡河西進，威逼關中。
屈突通聞知李淵要攻打長安後，留下鷹揚郎將堯君素守河東，自己率部自武關出藍田迴救長安，至潼關附近，被劉文靜部阻遏，不得進。時隋將劉綱守衛潼關，屯軍都尉南城，屈突通欲與劉綱合兵，李淵軍左統軍王長諧率部搶先襲占都尉南城，斬殺劉綱，屈突通被迫退守都尉北城。
屈突通在此與唐劉文靜相持月餘，急於進軍，便派桑顯和夜襲劉文靜軍營。桑顯和率軍攻破二柵，惟劉文靜一柵久攻不下。桑顯和率軍再戰，李淵軍死數千人，並箭射劉文靜，使其士氣大減，已露敗相。此時桑顯和卻因軍士疲憊，停止進攻，就地開飯。劉文靜抓住戰機，派兵重起營柵。時有遊軍數百騎自南山擊隋軍背，三柵之兵也呐喊而出，前後夾擊，桑部全軍覆沒，桑顯和僅以身免。
此戰後，屈突通的處境愈加窘迫。有人勸屈突通投降，屈突通哭道：“我蒙受國家厚恩，侍奉二主，陛下對我的恩寵照顧非常優厚，拿著人家的俸祿而在困難時背叛，怎能逃避國難？隻能以死報國！”還摸著自己的脖子說：“應當為國家挨一刀！”屈突通慰勞勉勵將士時，沒有不痛哭流涕的，大家對此也很感動。
此時已李淵攻占長安，並派其家僮去招降屈突通，屈突通當即將家僮殺死。屈突通聞長安已失，家屬都被李淵所俘，便命桑顯和鎮守潼關，自率主力東去，準備去洛陽投奔越王楊侗。屈突通剛走，桑顯和便獻潼關降於劉文靜。劉文靜派副將竇琮、段誌玄等率精騎與桑顯和去追擊屈突通。屈突通在稠桑為劉文靜軍追上，遂結陣自守。竇琮派屈突通的兒子屈突壽去勸說他，屈突通罵道：“往昔與你是父子，就是仇敵了。”並命令身邊的人用弓箭射屈突壽。
此時桑顯和對屈突通的部眾說：“京師陷落，各位都家住關西，為何還要向東去？”眾人聞聽此言，全都扔掉兵器投降。屈突通見大勢已去，下馬向東南方向再三跪拜，並號哭道：“臣力盡兵敗，沒有辜負陛下，天地神隻，實所鑒察 。”遂被迫歸降，擒送長安。與李淵見麵後，李淵問道：“為何相見得這麽晚呢？”屈突通哭道 ：“我未能盡人臣的忠節，所以到了這個地步，讓本朝蒙羞，實在是愧對代王。”李淵對他的行為讚賞不已：“這是隋朝的忠臣啊。”下令將屈突通釋放，並授兵部尚書，封蔣國公，為秦王李世民行軍元帥長史。
屈突通歸降後，即奉命到河東城下招降堯君素歸降，堯君素看到屈突通，欷不自勝，屈突通也淚濕衣襟。他對堯君素說：“我軍已經失敗，唐王義旗所指之處，無不響應，事情已到瞭如此地步，你還是早些歸降為好。”但堯君素態度堅決：“您身為國家大臣，主上委任您以防衛關中的重任，代王將社稷都托付給您了，您為什麽背棄國家而投降呢？還替人家作說客呀！您所乘之馬，就是代王賞賜的，您還有什麽臉騎著這匹馬呢！”屈突通歎息道：“唉！君素，我是力盡圖窮才來的！”但堯君素不聽，說道：“我的力量還未用盡，何必再多說！”屈突通無奈，隻好退走。
武德元年五月二十日，李淵在長安稱帝，建立唐朝，是為唐高祖。唐朝當時勢力已超過當時任何一個割據集團，但由於政權初立，其他勢力並不聽從於唐廷。割據隴西的西秦霸王薛舉即於六月攻唐涇州，威脅關中。七月，薛舉突然病亡，其子薛仁杲繼位。八月，李淵命李世民率軍進攻薛仁杲，屈突通作為李世民的行軍元帥長史，也隨軍出戰。李世民於十一月在淺水原大敗薛仁杲軍，斬首數千級，並乘勝追擊，包圍折摭城，迫降薛仁杲。當時珍寶堆積如山，諸將都爭相奪取，而屈突通卻秋毫不犯。唐高祖聞知此事後，對屈突通說：“你清正奉國，著自終始，名下定不虛啊。”特賜金銀六百兩、彩物一千段。
正當唐朝謀進兵中原，劉武周在突厥支援下向唐河東發動進攻。武德二年四月至九月，劉武周攻城略地，多次擊敗唐朝援軍，關中震駭。十一月，李世民率兵征討劉武周，屈突通也隨軍前往。武德三年四月，劉武周軍戰敗，李世民率軍追擊，數次大敗其軍，徹底消滅劉武周割據勢力。此時劉武周大將尉遲敬德前來歸降，尉遲敬德作戰勇猛，多次戰敗唐軍，李世民對尉遲敬德的歸降非常高興。但屈突通怕尉遲敬德會反複，所以出於李世民的安全，多次向李世民提起此事。
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