東漢時期，張仲景的《傷寒雜病論》，提出了外感熱病包括瘟疫等傳染病
的診治原則和方法，論述了內傷雜病的病因、病證、診法、治療、預防等辨證規律和原則，確立了辨證論治的理論和方法體係。同時期的《神農本草經》，概括論述了君臣佐使、七情合和、四氣五味等藥物配伍和藥性理論，對於合理處方、安全用藥、提高療效具有十分重要的指導作用，為中藥學理論體係的形成與發展奠定了基礎。東漢末年，華佗創製了麻醉劑“麻沸散”，開創了麻醉藥用於外科手術的先河。秦漢後期，隨著交通日漸發達，少數民族地區的犀角、琥珀、羚羊角、麝香，以及南海的龍眼、荔枝核等漸為內地醫家所采用，東南亞等地的藥材也不斷進入華夏。
西晉時期，皇甫謐的《針灸甲乙經》，係統論述了有關髒腑、經絡等理論，初步形成了經絡、針灸理論。
唐代，孫思邈提出的“大醫精誠”，體現了中醫對醫道精微、心懷至誠、言行誠謹的追求，是華夏民族高尚的道德情操和卓越的文明智慧在中醫藥中的集中體現，是中醫藥文化的核心價值理念。孫思邈集畢生之精力，著成《備急千金要方》《千金翼方》。其中《千金要方》分為三十卷，合方論五千三百首；《千金翼方》亦三十卷，載方兩千五百七十一首，兩冊典籍對臨床各科、針灸、食療、預防、養生等均有論述，可謂集唐以前方書之大成。
宋代是中醫藥發展的鼎盛時期。政府對中醫教育比較重視，專設“太醫局”作為培養中醫人材的最高機構。教學方法也有很大改進，如針灸醫官王惟一曾設計鑄造銅人兩具，精細刻製了十二經脈和三百五十四個穴位作為針灸教學和考試醫師之用，作為最早的教學模型具有直觀具體、形象逼真的展示效果，是華夏醫學教育發展史上的一大創舉。宋朝政府專設“校正醫書局”，有計劃地對曆代重要醫籍進行了蒐集、整理、考證和校勘，曆時十餘年。《素問》《傷寒論》《金匱要略》《針灸甲乙經》《諸病源候論》《千金要方》《千金翼方》和《外台秘要》等中醫典籍都是當時校訂和刊行後流傳下來的。
明代，李時珍的《本草綱目》，在世界上首次對藥用植物進行了科學分類，創新發展了中藥學的理論和實踐，是一部藥物學和博物學钜著。
中醫理論來源於對醫療經驗的總結及華夏古代的陰陽五行思想。其內容包括精氣學說、陰陽五行學說、氣血津液、藏象、經絡、體質、病因、發病、病機、治則、養生等。早在兩千多年前，中醫專著《黃帝內經》問世，奠定了中醫學的基礎。時至今日，華夏傳統醫學相關的理論、診斷法、治療方法等，均可在此書中找到根源。
中醫學理論體係是經過長期的臨床實踐，在唯物論和辯證法思想指導下逐步形成的，它來源於實踐，反過來又指導實踐。通過對現象的分析，以探求其內在機理。因此，中醫學這一獨特的理論體係有兩個基本特點，一是整體觀念，二是辨證論治。中醫的基礎理論是對人體生命活動和疾病變化規律的理論概括，它主要包括陰陽、五行、氣血津液、髒象、經絡、運氣等學說，以及病因、病機、診法、辨證、治則治法、預防、養生等內容。
運氣學說，運氣學說又稱五運六氣，是研究、探索自然界天文、氣象、氣候變化對人體健康和疾病的影響的學說。五運包括木運、火運、土運、金運和水運，指自然界一年中春、夏、長夏、秋、冬的季候迴圈。六氣則是一年四季中風、寒、暑、濕、燥、火六種氣候因子。運氣學說是根據天文曆法引數用來推算、預測來年的天象、氣候、疾病發生流行的規律，並提供預防、養生的方法。
精氣學說，氣是構成天地萬物的原始物質。氣的運動稱為“氣機”，有“升降出入”四種形式。由運動而產生的各種變化，稱為“氣化”，如動物的“生長壯老已”，植物的“生長化收藏”。氣是天地萬物之間的中介，使之得以交感相應。如：“人與天地相參，與日月相應”。天地之精氣化生為人。
陰陽學說，陰陽是天地中相互關聯的事物或現象對立雙方屬性的概括。最初是指日光的向背，向日光為陽，背日光為陰。陰陽的互動作用包括：陰陽交感、對立製約、互根互用、消長平衡、相互轉化。
陰陽學說是華夏古代哲學範疇。鄧氏的現代陰陽是“對立統一”或“矛盾關係”的一種劃分或細分，兩者是種屬關係。對立統一規律是“陰陽”的上位屬概念，陰陽則是對立統一的兩個下位種概念。
陰陽是互不相容又緊密聯係的兩個對立麵的一對性態或屬性。陰陽的內涵互相否定，一個概念“陰”肯定物件的陰的屬性，另一個概念“陽”則以否定陰概念所肯定的屬性，作為陽物件的屬性。
陰陽的外延互相排斥，又相互互補，其總和等於它們最鄰近的屬概唸的外延，即兩個種概念外延的和或並。
陰陽是對立統一或矛盾關係中兩個不同性態，屬性的一對哲學或邏輯範疇的概括，就是兩事物或一事物即相互依賴，相互聯係，又相互對立，相互排斥，相互否定，相反相承的一對並列的種概念。
人們通過對矛盾現象的觀察，逐步把矛盾概念上升為陰陽範疇，並用陰陽二氣的消長來解釋事物的運動變化。陰陽學說認為世界是物質的，物質由陰陽二部分組成，凡是劇烈運動的、外向的、上升的、溫熱的、明亮的，都屬於陽。相對靜止的、內守的、下降的、寒冷的、晦暗的，都屬陰。因而陰陽存在兩個對立麵，在陰陽消長和對立統一作用下，相互資生、相互製約、相互變化中構成世界萬物。
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