對氣功鍛煉產生的效應及氣功作用機製等認識，也主要以中醫理論來闡述。當然，由於自古以來，氣功實踐不隻為醫家獨有，儒、道、佛、武等各家在各自不同的實踐中，分別對氣功形成了自己的認識，也構成了氣功理論的一部分。
氣功實踐的結果也為中醫學提供了新的內容，如明代醫學家李時珍、張景嶽等分別對奇經八脈和丹田命門理論的係統闡發，在很大程度上是建立在氣功實踐的基礎上的。氣功強調對意唸的運用，是對中醫調神理論和情誌學說的補充和發展。掌握了氣功心身同練的特點，有助於深入理解中醫“形神合一”、“天人合一”的整體觀，而氣功作用機製的探討，亦有益於對中醫“氣化論”、“精氣神”理論和髒腑心理相關性等的深入認識。發掘整理氣功與藥物配合應用，氣功針灸、氣功按摩等傳統治療方法也可提高臨床療效、開拓新的治療途徑。
氣功和體育鍛煉都是人類自我心身鍛煉方法，都具有健身作用。氣功，尤其是動功，也是一種特殊的體育鍛煉。如果去掉對意念、呼吸的特殊要求，則與體育鍛煉中的體操無異，隻是動作柔和緩慢而已。體育鍛煉也包括了“調身”、“調息”、“調心”三方麵相應的內容。如“調身”本來就是體育鍛煉的主要內容，而呼吸的調整對於體育鍛煉來說也很重要，就象長跑運動員必須使呼吸與步伐相協調一樣。正確的呼吸方法，是“調身”達到完美狀態的保證。體育鍛煉也很重視心理狀態的影響，幾乎所有的體育專案的競技成績都與運動員的心理穩定性有關，隻是影響的程度不同，象射擊、射箭，情緒的任何波動都可能大大影響成績。
傳統體育中的武術，與氣功更是密不可分。所謂“外練筋骨皮，內練一口氣”，就是指武術與氣功的結合。武術發展到今天，最引人注目的還是它與氣功結合而起到的健身治療作用。傳統氣功中的“五禽戲”、“八段錦”等許多功法，往往也同時被歸入體育鍛煉之列。
體育鍛煉著重“調身”，即形體的鍛煉，其“調息”的目的是為了在激烈的體育鍛煉過程中得到充足的氧氣供應，並不斷地從體內排除二氧化碳，以保證大腦、肌肉所消耗的能量得以及時的補充，從而保證體育競技順利進行。也就是說其目的在於使形體的鍛煉得到充分的發揮。而“調心”也同樣是為了保證形體的完美發揮。氣功與此不同，氣功的三要素中，“調心”起著決定性的主導作用，“調身”隻是順利進行調心、調息的重要條件，“調息”則有助於體勢的放鬆和精神的寧靜。三者有機地結合起來，逐步達到氣功入靜狀態，並在意識的主導下進行機體內部功能的自我調整和鍛煉，通過特殊的心理過程來改變自身的生理狀態，達到治病強身的目的。
與體育鍛煉相比，氣功更強調人的心理狀態對人體健康的影響，強調通過主動的自我精神活動來調整自身的生理活動。在氣功入靜狀態下調動和培育人體的生理潛力，起到強身治病的作用。
氣功鍛煉是在氣功入靜狀態下進行的有呼吸要求的運動，它要求在保持鬆靜自然的基礎上，全身協調運動，呼吸柔和細緩，使耗氧量降低，心率減緩，血壓降低，在整體上提高身體素質；這與一般的體育鍛煉使呼吸加快，耗氧量增多，心率加快，血壓升高，從而加快身體某些部分的新陳代謝，使形體按特定的要求完美發展等，有著很大區別。它是華夏獨有的一門傳統技藝。
中醫，有四大經典著作，《黃帝內經》《難經》《傷寒雜病論》和《神農本草經》。其中，《黃帝內經》成書最早，內容最多，成為華夏醫學寶庫的經典。《傷寒論》以《湯液經法》為基礎而成書，《湯液經法》相傳為商代宰相伊尹所著。
中醫學以陰陽五行作為理論基礎，將人體看成是氣、形、神的統一體，通過“望聞問切”四診合參的方法，探求病因、病性、病位，分析病機及人體內五髒六腑、經絡關節、氣血津液的變化，判斷邪正消長，進而得出病名，歸納出證型，以辨證論治原則，製定“汗、吐、下、和、溫、清、補、消”等治法，使用中藥、針灸、推拿、按摩、拔罐、氣功、食療等多種治療手段，使人體達到陰陽調和而康複。
在遠古時代，華夏民族的祖先發現了一些動植物可以解除病痛，積累了一些用藥知識。隨著人類的進化，開始有目的地尋找防治疾病的藥物和方法，所謂“神農嚐百草”、“藥食同源”，就是當時的真實寫照。夏代酒和商代湯液的發明，為提高用藥效果提供了幫助。進入西周時期，開始有了食醫、疾醫、瘍醫、獸醫的分工。
春秋戰國中醫理論已經基本形成，出現瞭解剖和醫學分科，已經采用“四診”，治療法有砭石、針刺、湯藥、艾灸、導引、布氣、祝由等。《黃帝內經》，它是華夏傳統醫學四大經典著作之一，也是華夏醫學寶庫中成書最早的一部醫學典籍。同時是研究人的生理學、病理學、診斷學、治療原則和藥物學的醫學钜著。在理論上建立了中醫學上的陰陽五行學說、脈象學說、藏象學說、 經絡學說、病因學說、病機學說、病症、診法、論治及養生學說、運氣學說等學說，後來的中醫學和養生學開始用陰陽五行解釋人體生理，出現了“醫工”、金針、銅鑰匙等。是指以華夏漢族創造的傳統醫學為主的醫學，是研究人體生理、病理以及疾病的診斷和防治等的一門學科。
秦漢時期的中醫典籍《黃帝內經》，係統論述了人的生理、病理、疾病以及“治未病”和疾病治療的原則及方法，確立了中醫學的思維模式，標誌著從單純的臨床經驗積累發展到了係統理論總結階段，形成了中醫藥理論體係框架。
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