有關唯識學的問題還很多，也很複雜，如唯識與因明的關係，法相、唯識之辯，瑜伽與唯識，唯識學與《大乘起信論》的關係，以及唯識學在印度和華夏衰落的原因等等。
唯識學的思想理論，在整個佛法的體係中，可以說是最具有思辯性和嚴密性的一門學說，它正受到越來越多的佛教學者的重視與喜愛。隨著社會、文化的不斷發展和佛學研究的不斷深入，唯識學必將煥發出新的、強大的生命力。不過，在另一方麵，唯識學博大精深的經典，過於繁瑣的義理和複雜的名相、概念也讓許多學佛者望而生畏。
大乘三係是印度大乘佛教的三大思想體係分類，包含性空唯名論、虛妄唯識論與真常唯心論三類判釋框架。
性空唯名論以《般若經》及龍樹、提婆學說為本，主張諸法本質空性而假名存在，屬中觀學派；虛妄唯識論源自彌勒、無著、世親的瑜伽行派，強調阿賴耶識為現象世界根本，以《解深密經》《唯識三十論》為典據；真常唯心論基於《涅盤經》《楞嚴經》等，主張眾生本具真常心如來藏為諸法根源。
印順的判釋著重分析各體係對“惑業流轉”與“菩提修證”的理論邏輯差異，指出其思想根源在於所依“核心事實”不同，相關論述集中於《無諍之辯》。
性空唯名論是依般若等經及龍樹、提婆、清辯、月稱等論師所作之論而安立，也就是一般說的中觀學派。因為中觀論者與其他派別相較，除假名有之外，絕不安立
任何自性有或自相有；這是立足於諸法性空，宣說一切但有假名，故稱性空唯名論。
虛妄唯識論是指彌勒、無著、世親一係的思想，亦即一般所說的瑜伽行派。瑜伽行派以阿賴耶識為諸法的根本依，而諸法是阿賴耶識虛妄分別的呈現，所以稱此派的思想為虛妄唯識論。
真常唯心論是指《大涅盤經》等宣說如來藏、如來界、常住真心的一部分大乘經而言，也包含《起信論》。這一係的思想以如來藏、自性清淨心等真常心作為一切法的究極根源，故稱真常唯心論。
凡是圓滿的大乘宗派，必有圓滿的安立。一、由於惑業而生死流轉，到底依於什麽而有流轉的可能。二、由於修證而得大菩提，到底依於什麽而有修證的可能。這二者，有著相關性，不能病在這裏，藥在那邊。著重這一意義去研求時，發見大乘經論宗派的不同說明，有著所宗所依的核心不同。如把握這一基本法則，核心的根本事實，那對於大乘三宗的理解，便能以簡馭繁，綱舉目張。我，於大乘三係的分別，重心在此。
性空唯名論，依般若等經，龍樹、提婆、清辯、月稱等論而安立。依這一係說，一切法無自性空，為最根本而最心要的。離卻性空，生滅無常，不外是斷見。真常，更是神我的別名。惟有從性空中，貫徹常與無常，才能契三法印即一法印，安立佛法，開顯佛法的深奧。性空不是什麽都沒有，反而能善巧安立一切，此為中觀學者唯一的特義。性空是不礙緣起的，緣起的即但是假名，這又是中觀的特義。染淨因果，凡聖迷悟，這一切，惟有世俗名言識所得的假名；如以正理觀察而求自性有，自相有法，即都不可得。如以為非假名有，經過智慧的抉擇，完全不能成立。
虛妄唯識論，這是彌勒、無著、世親以來的大流。何以立名為虛妄？這並非抹煞法相唯識，而是從另一角度來說。也不是遵從安慧及《中邊論》意，而是唯識學的通義。
唯識學，於三性中，著重依他起性，說依他起是實有唯事。依他起有，等於說內識是有；遍計性空，等於說外境是無。唯識無境與三性有空，是這樣的一致。
心心所法中，阿賴耶識是根本依，所知依，這是種現熏生，心境緣起，隨染轉淨的樞紐。而阿賴耶識是有漏有為生滅的妄識；玄奘所傳的護法唯識，也確切如此。有有漏的雜染，才能說到無漏的清淨。引生無漏清淨現行的種子，不論是本有、新熏，雖不是賴耶自性所攝，也還是依附阿賴耶識而轉。著重虛妄的依他起性──識而成立一切，豈非是唯識宗的通義。
真常唯心論︰這是依宣說如來藏，如來界，常住真心，大般涅盤等一分大乘經而立；攝得《起信論》。‘如來藏是依，是持，是建立。依如來藏故有生死，依如來藏證得涅盤’。如來藏是真常本淨的，但無始以來，為‘若離若脫若異一切煩惱藏’所覆。這是說，有與如來藏不相合的有為雜染熏習，無始來依如來藏而現有雜染生死。所以如來藏‘離有為相’，而‘變現諸趣，猶如伎兒’。如來藏性具無漏非刹那的功德，為無漏功德因，所以是涅盤依。成佛，也隻是如來藏出纏，無漏淨能的圓滿顯發而已。
真常論，也可能不唯心。但真常大乘一致的傾向，是‘自性清淨心’，‘常住真心’，‘如來藏心’，‘如來藏藏識’等。本淨真性，總持於心性；以此真常心為依而有生死、涅盤事，為流轉、還滅的主體，所以稱之為真常唯心論。
五乘是佛教術語，指運載眾生抵達善處的五種修行法門。喻指佛法如舟車，助眾生脫離輪迴、證悟涅盤，其分類體係因經典詮釋而異。
五乘通常包括人乘持三皈五戒、天乘修十善及禪定、聲聞乘依四諦、緣覺乘悟十二因緣、菩薩乘行六度。人、天二乘屬世間法，側重脫離惡道；聲聞、緣覺二乘追求個體解脫；菩薩乘以大乘思想為本，以自利利他為終極目標。《盂蘭盆經疏》詳述五乘對應不同修為境界，《楞伽經》按修行層次分為天乘、梵乘等，《華嚴五教章》則依教法深淺分類。該思想源於佛教對眾生根器差異的適應，通過不同法門實現教義傳播。
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