《大洞真經》所說的存思之法，是上清派典型的修煉方法，南宋程公端概括此經宗旨為“存心養性以事天，聚精會神而合道”。故它既有道教健身延年的養生之道，可謂是養生之書，包含著樸素的、模糊的養生科學知識；但同時它又充滿著神秘的宗教色彩，如涉及到的諸神名、所述存思過程的請神、唸咒、佩符等。《大洞真經》所推崇的養生術，對健身治病的氣功術仍有借鑒作用；它所稱道的存思方法也對傳統的民族思維具有潛在的影響。
《大洞真經》在北周武帝時被禁，後來在明代又一次被禁。
蘇魯支按：據明白雲霽《道藏目錄詳注》，又稱《三天龍書》、《九天太真道經》者乃《太上無極總文昌大洞仙經》，非《上清大洞真經》也。《真誥》謂此經為東晉楊羲撰，初僅一卷。
道教認為，道是天地的本源，生天生地生萬物，人稟賦了道的靈性而得以生存。天道執行，陰陽造化，訊息盈虛，日往月來，執行不息，故天長地久，人能合天心，體天道，可通神明造化之德。《上清大洞真經》經中所載天真諱名，皆與人身髒腑之神是相溝通的，人若能以神馭氣，形神合一，誦持玉經，咽津服符，可致“天真下降與兆身中，神氣混融，是曰迴風混合，形神俱妙，與道合真，故致長生之道，可以提摯天地，把握陰陽，鞭策風雷，驅役神鬼，偃息於流霞之車，眷盼乎文昌之台。” 經中隱諱，總領人身中五髒六腑，百脈氣血諸神，認為人身是一小天地，人身穴位各有神以守之，誦經修持，則自身神靈不失，與上清諸真冥和，即與大洞帝尊之體無二，複歸於無極聖域 !
此經全文分三十九章，據稱上清三十九帝各著經一章。如朱自英說 : “上清三十九帝皇迴真下映，入兆身中三十九戶，於是各由其所，貫之戶著經一章，其辭幽奧，以用領括百神，招真辟非，所謂慶雲開生門，祥煙塞死戶者此歟。故中央黃老元素道君總彼列聖之奧旨，整合大洞之真經，故曰三十九章經也。” （見《上清大洞真經》卷一） 由此可知，上天之神與體內之神是相通的，精思修持，可以相互感應，以致天真下降，與體相契，玄芝寶生。
關於《上清大洞真經》最基本的煉養法，舉例說明，以曉其《大洞真經》修真養生要旨。在修持《大洞真經》前，有多種存思集神之法，它的目的是引真致祥，與神明相感。其中有一法，每日行住坐臥，皆可修習。其法 : 心存二十四星，大一寸，如連結之狀 ; 又存每星各有一人，合二十四星，皆如嬰兒之狀，並裸體無衣纓，此時存思二十四星從虛空中降，迴繞一身之外，三匝畢，口誦祝詞。
其後，口吸二十四星，一息氣，咽津二十四次，時覺吞一星從口中徑至臍中，又覺星光映照一腹之內，洞徹五髒 ; 又存星光化為二十四真人，並口吐黃氣如煙，以布臍中，鬱鬱然洞徹內外。良久，用“呼”字吐息，用意念心拜三十九次 ; 次思兆身三十九戶，逐一分明，各有神真嚴固守衛。存三十九君，各降真氣來灌兆身三十九戶，此時咽津三十九次，次振動左手三次，法如振流金火鈴，次振右手三次，法如擲豁落七元。然後仰頭搖頸九次，法承天 ; 次鼓腳一次，法履地 ; 次搖身十四次，以歡己身諸神 ; 次拭目三次，以明三光 ; 次撚鼻七次，以通呼吸 ; 次按眉後兩穴三次，以塞邪源 ; 次輪耳三週，以開天窗 ; 次咽液九次，以味玉津。照前法行持畢，神氣混融，周身舒暢。進入存思或誦經。
修誦《上清大洞真經》可以調和三魂，製煉七魄，能使人身三屍神沉落，煉陰返陽，致五藏光華溢於麵目，百病不生，災害消滅。返老還童，七祖罪解，上生福堂，而位列仙公，晨升上清。如《九靈真仙母青金丹皇君道君第三十九》曰 :“西元九靈氣，金丹流雲宮，上極旋暇曜杪，暉景太霞中，動迴九天輪，靜沉八流剛，室有胎仙母，攜衿太帝皇，玄一靈時生，三老素牢張，左把兆符籍，右攜理神宗，同登琳龍闕，稽首玉清房，拔棄死滅根，養形三五中，七祖解屍結，受福明朱方。”
九靈氣，指昆侖山。金丹流雲宮，王母宮名。攜衿太帝皇，太微大帝，即中央黃庭。玄一靈時生，即太玄之氣，使鼻息玄氣凝定方為佳。琳龍闕，大洞經中所稱的仙宮。稽道玉清房，是說修行至此，金丹已成，當神化自然，朝謁玉清。
據經所載，若精思此道，大開智慧，心通九天，精凝氣結，化氣變神，與司命混合，分形變化，玄妙莫測。即“一合我氣，再合我神，三合我魄，四合我魂，五合我精，**我身，我身**，洞靈啟真。”由此，召致十方正氣，同灌真身，永與大道合一。
《上清大洞真經》強調存思、誦經，而且重視咽津服氣，微祝書符，三十九章中均有一道玉符，由此反映了上清經係的修真特點及煉養法則。在道教修真諸法中，如內丹、存思、導引、服氣等均與《上清大洞真經》有關，此經集諸法於一體的眾術合修的煉養方法為茅山派主要修道途徑。
《上清大洞真經》與《黃庭經》主重存思，誦經養神。《黃庭經》重誦經存思，而《大洞真經》集存思誦經、咽液服符及微視為一體，並且是齋醮、合煉養、書符法的一種相互兼顧的內視內觀的道術，它為人們研究早期道教上清派煉養法以及道教道派的形成，提供了最有說服力的證據。
茅山派，道教符籙派別之一，上清派的別稱，發源於江蘇句容北茅山，奉三茅真君為祖師。分南北兩派體係，南派以廣東羅浮山為發展中心，東晉葛洪在此著《肘後備急方》並修道傳法。漢元帝初元五年茅盈兄弟始修道於茅山，先秦時期已有展上公、郭四朝等修道傳說。
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