《內篇》共有二十卷，每卷的大致內容如下：《暢玄卷第一》論天地本體“玄”，倡導玄道；《論仙卷第二》論證神實有，駁斥所謂俗人因親眼見不到而不信神仙；《對俗卷第三》以動物長壽為例，論證神仙不假；《金丹卷第四》述金丹神功妙用及製造方法；《至理卷第五》論形神相離，講述服藥、行氣、禁咒諸法，倡導棄世求仙；《微旨卷第六》駁斥不信神仙的所謂各種“淺見”，講述九丹金液諸法；《塞難卷第七》論成仙有命；《釋滯卷第八》說孔子等聖人不學仙，不等於無仙，佐時和輕舉可兼修；《道意卷第九》論道為宇宙本體，其本無名；《明本卷第十》論道本儒末；《仙藥卷第十一》述丹砂、金銀、芝玉、草藥；《辨問卷第十二》論聖人不必仙，仙人不必聖；《極言卷第十三》勸人積功學仙；《勤求卷第十四》勸人求真學師、勤修煉；《雜應卷第十五》闡述辟穀、服藥、吞氣、隱淪、變化、導引、召神、存思；《黃白卷第十六》講述黃白術；《登涉卷第十七》講述入山遠遊中諸術；《地真卷第十八》論述金丹與守真一；《遐覽卷第十九》介紹道經書目；《社惑卷第二十》講述如何辨別真假仙。縱觀《內篇》二十卷，重點是圍繞成仙長生這一問題，以下從兩個方麵加以闡述。
一是關於成仙長生思想的哲學體係。葛洪試圖站在天地觀、本體論的高度來論證神仙長生的思想，以建立一套較為係統的道教哲學。他吸取漢代楊雄《太玄》的思想，在《抱樸子內篇·暢玄卷第一》中便提出概念“玄”，認為它是天地的本源，世上一切都是“玄”產生的，即“玄者，自然之始祖，而萬殊之大宗也”。並對“玄”進行描述，是一個極其微妙、極其深邃、至高而又至廣、至剛而又至柔、亦方亦圓、忽有忽無、來無影、去無蹤、變幻莫測、飄渺無際而又無所不在無所不能的東西。且天地的形成、事物的變化，都是“玄”造成的，它先於一切事物而存在，是一切事物的操縱者。
這個超自然的神秘主義的天地本體“玄”，構成了葛洪神仙道教思想體係的理論基礎。與“玄”相聯係的，《內篇》還提出“道”與“一”這兩個概念。“道者，涵乾括坤，其本無名。論其無，則影響猶為有焉；論其有，則萬物尚為無焉。”“道”也是無所不在、無所不包的。“道”又起於“一”，與“一”密不可分。“一”的作用神通廣大，無所不能，所以，“人能知一，萬事畢。知一者，無一之不知也。不知一者，無一之能知也。”
甚至他把神仙之道，概括為“玄道”或“玄一之道”。在闡述“玄”之效能以後，葛洪指出：世俗聲色享樂隻會損人壽命，世間的榮華富貴也如過眼煙雲，轉瞬即逝。隻有“玄之所在”，才會“其樂無窮”。故人們要想永享自由自在、快樂愜意的神仙式的生活，就必須修玄道。“得之者貴，不待黃鉞之威。體之者富，不須難得之貨。”而且得了玄道，就可以逍遙自在地徊徉於人間天上，無憂無慮，怡然自得。怎樣才能修得“玄道”呢？《內篇》認為要靠思守一，這樣將道教哲學的本體論與具體的修煉方法結合起來。“人能守一，一亦守人。所以白刃無所措其銳，百害無所容其兇，居敗能成，在危獨安也。”並將抽象的“一”人格化為神，居在體內，這樣，“守一”就是“思見身中諸神”，或意守三丹田，成為一種仙道長生的內修方法。後來上清派汲取這種方法並加以發展，使之成為該派最主要的修煉方法。葛洪還將守一分為守真一與守玄一兩種。守真一，就是存思真神，遵行口訣。守真一的作用在於守形卻惡，“可令內疾不起，風濕不犯。”“玄一”與“真一”相通同效，而且“守玄一”還可以得到分形術和內視法，天地神靈都可以接見，山川河嶽之神可以驅使，甚是神妙。
二是關於成仙長生的具體方法。神仙道教的主要目的是成仙長生，“長生之道，道之至也，故古人重之也。”針對當時有人對此道的懷疑，葛洪在《抱樸子內篇》中以古今種種神仙傳說，並運用形而上學的方法來極力論證神仙的存在和成仙的可能，認為神仙與凡人不同，是超出一般之外的個別，是脫離普遍的特殊，凡人是有生有死的，而神仙是長生不死的。在論述了神仙的存在和成仙的可能之後，他詳細地介紹了各種長生之道，大體可分為外修與內養兩個方麵，內養主要是行氣保精，外修主要是服用丹藥。此外，還須積善立功，忠孝為本。
內養的方法主要包括兩種，一種叫做好氣，一種叫做房中。所謂好氣，是指有關體內元氣新陳代謝的理論，主要是“胎息”，“得胎息者，能不以鼻口噓吸，如在胞胎之中，則道成矣。”初學行氣者，以鼻中引氣而閉之，陰以心數一、二、三至一百二十，然後用嘴慢慢吐出，要做到“入多出少”，在吸入和吐出時，都不能使自己的耳朵聽到氣出氣的聲音，故在練習的時候，應該用鴻毛附在鼻口之上，以檢驗氣出入的時候鴻毛是否搖動，應以鴻毛不動為準。心數漸漸增多，到了能夠數至一千而仍然能保其納氣的時倏，就漸有“變得年輕些”的作用了。行氣的時間，應當在每天的子夜到日中這段時間，這段時間是天地“生”之時；而不要在日中到夜半這段時間行氣，因為這段時間是天地“死”之時，“死”之時行是沒有用的。
行氣者，也不能多吃，食物之氣多了就難閉真氣；也不要發怒，因為發氣發怒會使氣亂，無益於行氣。
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