例如《內經》的人身小宇宙觀念，把氣化融進瞭解剖的髒腑發展為藏象，從而建立了中醫學的“真而不實，虛而不假”的人體模型。人體藏象和經絡穴位也按氣化功能命名，《素問·陰陽應象大論》把氣化的激發作用稱為“少火生氣”，而《素問·六節藏象論》把少陽的啟動作用稱為“十一藏皆取決於膽”。甚至生理、心理現象也釋以氣化，如《素問·舉痛論》言之“怒則氣上”、“恐則氣下”。氣化論貫穿於《內經》理論後，使其人體的模式從解剖的構成論轉為氣化的生成論。
《內經》之運用氣化論，但並無係統的專論或質認其淵源，倒是在七篇大論裏係統地論述了其哲學、天文學的來源和氣化規律，是五運六氣提出了氣化學說的理論綱領。其元氣—五行—陰陽的化生順序，與習見的元氣—陰陽—五行之序迥異，此中的哲學概括是五運六氣氣化的哲學依據。《素問·六微旨大論》對氣化的運動形式的觀測法做了具體的論述，乃是“因天之序，盛衰之時，移光定位，正立而待之”，從天文氣象測六節氣位的標本中見之應見的資料，進而推驗出氣化理論。五運六氣中的氣化論其綱領是：1.升降出入；2.五運及六氣皆因時、因盛衰而化，又皆應人應髒腑，六氣之化為三陰三陽，有開合樞之變；3.氣在自然及人體中皆有循行，人體有營衛等諸氣在十二經中依時序而循行；4.人氣有食飲之化，氣有精氣神之化；5.氣化有亢害承製規律；6.氣化之天人相應，有標本中見之別；7.五運和六氣兩種氣化五六相合之週期，氣化異常致病也有週期，週期可呈現規律性與可預測性，即“順天之時，疾病可與期”。五運六氣以此可堪稱中醫學的週期表。
七篇大論之藥學理論和《神農本草經》有近緣關係，但更為深入。《素問·六元正紀大論》提出了用藥“四畏”，即“用熱無犯熱，用寒無犯寒，用溫無犯溫，用涼無犯涼”，又指出，“發表不遠熱，溫裏不遠寒”。《素問·至真要大論》提出“五味陰陽之用”的理論，明確論述了“辛甘發散為陽，酸苦湧泄為陰，淡味滲瀉為陽”。進而提出了係統的六氣司天、在泉的調配之法，是配伍用藥理論的篙矢。明代李時珍在《本草綱目》中，進一步發揮為“五運六淫用藥式”。《素問·至真要大論》論述了製方原則：“君一臣二，製之小也；君一臣三，製之中也；君一臣三佐九，製之大也。”奠定了方劑規律的原則。至於運氣的升降理論，在藥學方麵，劉完素在《素問藥注》中，提出氣化論藥性的理論問題，其後張元素在《珍珠囊》中為之響應，明末王象晉在《保安堂三補簡便驗方》中，具敘了升降浮沉藥理和應季節加減用藥之理。無怪乎清代蔣廷秀在《吳醫匯講》中稱升降出入為“辨治百病之綱領”。七篇大論所敘及的氣化仍未完備，到明代仍有發展，例如明代劉完素將“君火以明，相火以位”曲論為“君火以名”，據此人身也有相火，又著《素問藥注》以氣化論藥性；明代李東垣論述脾胃為人身氣化中樞主決升降；朱丹溪發揚河間之論創相火論，又對五運太過之五鬱加以發揚，創越鞠丸而治抑鬱證；明代溫補學家把氣化動力歸於命門，其中孫一奎的動力命門闡述最為詳贍。在氣化論之應用方麵則曆代醫家最有創新，如王冰在註文中提出引火歸原，李東垣創甘溫除熱，朱丹溪論提壺揭蓋，喻嘉言立畜魚置介，吳鞠通用增水行舟法等，把氣化之用發揚得至為傳神。
“病機”一詞，在中醫經典中兩見：一見於《神農本草經·序錄》：“凡欲治病，先察其源，先候病機。”再就是《素問·至真要大論》的“審察病機，無失氣宜”，以下即是著名的“病機十九條”。後世由此再發揮為病機學說。“機”為“幾”字演來。春秋時出現了“機”字。甲骨文之“幾”字，上為臍帶形象，下為板斧的形狀，表示新嬰誕生與事件的發生。所謂“萬變發於一機”。東漢許慎未見過甲骨文，其《說文》言“機”“從絲從戍”雖誤，但他也說“主發謂之機”。錢鍾書先生認為“機”的蘊義源於《易經》。《易傳·係辭上》：“易，聖人之所以極深而研幾也。”錢鍾書引證智者《法華玄義》總括曰：“機有三義：機是微義，是關義，是宜義。”五運六氣之言病機，是在五運與六氣交合因變而致病在其初動之時，從微小的征兆可推斷發展趨勢。《鬼穀子·揣》講“幾之勢”，《陰符經·下篇》言“機在目”和其後的“燭照機先”以及《素問·靈蘭秘典論》的“至道在微”，都是從微小的征兆去預見推斷發展態勢。是反映論而不是憑空臆推。《素問·至真要大論》依據“歲主藏害”和“以所臨藏命其病”的觀察所得，精辟地歸納出五髒病機和六氣病機，“諸風掉眩，皆屬於肝”到“諸嘔吐酸，暴注下迫，皆屬於熱”共一百七十六字，指出據運氣作用於髒腑的病象，就可以憑一而斷。這在識病上真可以做到“其變機微而所動者大”，從初萌之微變能把握全病的機要，可謂“知其要者一言而終”。其十九條也是合於術數之論，即《周牌算經》所謂：“陰陽之數，日月之法，十九歲為一章。”明代劉完素深得病機的機要價值，用了三十五年的時間研究《內經》，在病機上把一百七十六字發展為二百七十七字，反複論辨以申之，凡兩萬餘言，著成《素問玄病原病式》。此書“蓋求運氣言象之意，而得其自然神妙之情理”。
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