一年分為春夏秋冬四時，在這四時裏，天地二氣互動作用，就生產了影響萬物、作用於萬物，並主持萬物新陳代謝的木火土金水五行之氣。這五行之氣是物質之氣，生化之氣，融入萬物體內的新陳代謝之氣。五行之氣是由天所布化，又是實實在在的客觀之氣。
《內經》中涉及五運的篇幅有很多，但都是與天之六氣，即寒、暑、燥、濕、風、火共同討論，稱為五運六氣學說，對中醫理論的發展有啟奧升堂之功。
運氣之學把陰陽五行拓展為五運六氣。《內經》理論素以陰陽五行為框架。陰陽五行是認識自然的觀念、方法也是基本的思維模式和對自然事物的分類判據。華夏古代自《易經》起，就把陰陽作為本體，用以說明萬事萬物的發生、發展變化，之後又為方法、思維方式和抽象為哲學理論。五行從《尚書·洪範》的五種勢力形式，經《管子·五行》的“作立五行，以正天氣”，到《史記·曆書》“黃帝考定星曆，建立五行”，《史記·日者列傳》也概言：“人取於五行者也”。由是而五行從物而及天地人，是對自然圖式及規律的認識。但是隨著人類對自然認識的發展，陰陽五行的原初框架在術數和醫學中己經不敷所用了，正值期待突破之際，運氣理論把陰陽五行發展為五運六氣。陰陽的一分為二演為一分為三的三陰三陽，五行又有五運太過不及之化和相勝等，突破生克。五運又和六氣交叉聯係。僅從氣象因素而論，五運六氣及其太過、不及的氣候模式，比按時序的五季就更為豐富。而且因於對運與氣交叉的“與天地同和”的觀察中，人們認識到更多的自然現象，特別是生命現象，其解釋能力也遠遠超越了以前的相生、相剋、離合等等。五運六氣發現了許多自然和生命的規律，例如氣候和生命的週期現象，人在不同氣候模式中的常見病多發病情況，自然和人的氣化規律和病機問題等等。這一拓展和增益了的新理論框架，不僅納入了東漢時以前的醫學實踐，其後的一些醫學成果，也往往續接在這個框架上。
自王冰推出七篇大論以後，或因非《素問》原文而被視為偽書而不取，或因過於重視格局推演的準確性而爭議不休。以致對其構建《內經》理論框架的重要意義反而被忽略了。對於運氣的推演，《素問·五執行大論》就說過，應該持“不以數推以象之謂也”的態度。大論本身也沒將推演視為第一要義。倒是《靈樞·五變》“先立其年，以之其時”，一語概括了運氣推算的總則。由是也可見七篇大論與《內經》諸篇的理論聯係。
《素問·天元紀大論》開宗明義論述人之元氣和天地元氣之一體，是由其生生化化而來：“太虛廖廓，肇基化元，萬物之始，五運終天，布氣真靈，總統坤元。九星懸朗，七耀周旋，曰陰曰陽，曰柔曰剛，幽顯既位，寒暑弛張，生生化化，品物鹹章。”這一元氣一五運一陰陽一時空一萬物的宇宙演化模式，是對《難經·十四難》元氣或東漢王充元氣論的發展，比宋代的氣一元論早一千多年。此論認為人和天地一樣，都是元氣所化，比“人與天地相參”，更進一步表達了結人與天地萬物的統一性。這也是以運氣理論認識疾病的依據。也是運氣推演格局“善言始者，必會於中”的理論依據。運氣以五、六為萬物規律，是對《易·係辭》，“天一地二，天三地四，天五地六“的繼承。五運六氣推演格局，在邏輯學上也深具價值。其推演分三步：依天文知識定曆法和值年幹支；據幹支推五運和六氣，以及兩者的製約關係；根據各年各運季節氣的氣候特點，進一步確定疾病流行和防治原則。這種運氣應象的邏輯形式，為當代邏輯學家所關注。
華夏先民進入農牧社會以後，對季節等時間因素和六氣非常重視。《內經》多篇論述四時和六氣的致病問題。在七篇大論裏，把五運主病和六氣為病，論述得最為確實而係統，不僅是病象逼真準確，而且奠立了中醫病因學和時病疫病的理論基礎。五運六氣的總則是“順天察運，因變以求氣。”五運是五行之氣執行於氣交之中，運氣學說指認它源於五星，以其五行的特征和時序的五季相應而影響人的健康，五運可以用天幹為符號來表達，在五種不同氣候模式中，對人體的髒象經絡呈不同的親和性，這種以時間時序為特征的致病為五運主病。《素問·天元紀大論》指出五運主病原因是：“五氣更立，各有所失，非其位則邪，當其位則正。”即按一年五季的當令時序提前或錯後，都是“非其位則邪”而致病。《素問·氣交變大論》詳述了歲運太過和不及所累及的髒腑和主要症狀表現的十種情況，論中雖然沒有述及是否有其統計資料為憑，但這種概括具有理論模型的價值己經是成熟的病因學內容了。又在《素問·六元正紀大論》敘述了五運迴薄，盛衰不同，鬱積乃發，發生了五鬱的情況。以其天人相應，氣候有五鬱，人的五髒也呈現五鬱而發生五種鬱證。此中論述了五鬱之證的特征，也推論出相應的治則治法。這也是對中醫證候學的豐富。
氣化之論是華夏古代傳統科學與哲學的核心。五運氣化來自“河圖”。是以天人合一和氣的執行來闡述自然造本體、造化之變和人體功能的發生、執行、轉化的學說。氣化的認識來源大致有三個方麵：一是對自然現象包括天文氣象大地等自然現象的觀察；二是對生命現象的觀察；三是《易經》和華夏古代哲學中氣的理論。《易經》的變易思想，泰卦的陰陽升降交泰，到漢代荀爽詳述升降之後，己經把易理和氣論結合，《易緯》提出了“元氣變易”。《圖書編·乾象典》說：“氣至而物感，則物感而候變”，以氣化感應論氣候之變。漢代王延壽在《魯孟光殿賦》中道：“包陰陽之變化，含元氣之煙溫”以陰陽和元結合來本根萬物。氣化論是構建《內經》理論的思想骨幹之一。
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