一般百姓嚴禁擁有《河圖》、《洛書》、《太乙》等陰陽道的專門典籍，陰陽道成為國家的獨占工具。陰陽師開始以國家專屬的占術師身份出現，陰陽寮作為國家機構正式成立，負責陰陽道的管理與實施。在整個平安時代，他們達到了發展的巔峰。
陰陽寮在奈良時代的影響日益增強，例如在都城規劃中應用陰陽道思想，其儀式也與神祗信仰融合，滲透到國家祭祀與貴族生活之中。
平安時代日本與華夏有非常緊密的交往，在日本儒學得到推崇，同時佛教得到發展。891年廢止遣唐使之後，發展了日本獨自的國風文化。這是一個民智未開的時代，有好幾成人仍然對妖魔鬼怪的存在深信不疑。在這樣的時代，人也好鬼怪也好，都屏息共居十京城的暗處，甚至在同一屋簷下。
而從平安時代開始，結合日本原有的咒禁道、神道教所發展出來的陰陽道，成為日本文化中的獨特元素。平安時代陰陽師發展達到頂峰，陰陽寮作為官方機構負責占卜、天文觀測和曆法製訂等職責，其長官為陰陽頭，下設陰陽博士、天文博士、曆法博士、漏刻博士及陰陽師等職位，負責天文曆法製訂、判斷祥瑞災異、勘定地相風水、舉行祭儀等。與陰陽術一直由民間主導的華夏不同，日本是由朝廷掌控，民間陰陽師並不是主流。
在十世紀，日本陰陽道界存在安倍家和賀茂家兩大流派。此時期著名陰陽師安倍晴明擔任天文博士，深受貴族信賴，對陰陽道發展有重要影響，其曾任從四位下天文博士，獲授法清院爵位，死後被追封為從一位。不僅對天文立法的製定握有主導權，而且具有一定的政治影響力，甚至作為皇室和貴族的生活諮詢顧問。
平安時代中後期，陰陽師的職能逐漸從技術型向個性化、特色化轉變，更多參與貴族私人的占卜和祭祀活動，其咒術與祭祀活動從九世紀後半期開始盛行。進入武士政權以後，陰陽師轉為替武士服務。從此，安倍家改名為土禦門家，而賀茂家改名為堪解由小路家。
鐮倉時代，隨著武家勢力的急速上升和朝廷勢力的衰落，許多原來為朝廷貴族工作的陰陽師開始流入民間，並且很快的與其他宗教結合，形成麵向大眾的新陰陽道。在鐮倉幕府時期，陰陽師被武家政權任用，參與政治和軍事相關的儀式活動，促進了陰陽道在關東地區的形成與發展。陰陽師在民間積極迴應祈福、祛病等需求，通過舉辦祓除、祭祀等活動，進一步推動了陰陽道與神道、佛教等宗教的融合。這種“平民化的陰陽道”一直流傳到今日，現在的一些日本民俗仍保持著古時陰陽道的一些儀式或做法。
日本戰國時代，皇權沒落，武士階級治世，陰陽師逐漸從曆史舞台消失。 這一時期，由於戰亂頻仍、武士階級崛起以及禪宗等佛教及其他思想盛行，陰陽道逐漸失去其輝煌地位，從宮廷流向民間，呈現衰落之勢，甚至一度被視為旁門左道。不過，各地大名身邊軍師的前身大部分仍是陰陽師。 戰國大名們都很在意占卦，武將手中的軍扇，就是咒術的一種。 軍扇兩麵各畫有日、月，萬一碰到不得不出戰的兇日，便在白天把軍扇的月亮麵顯現在表麵，讓日夜顛倒，以便將兇日化為吉日。 陰陽師們雖然官階並不高，但卻多受權臣貴族的仰仗，其地位遠遠淩駕於一般官員和武士之上。
德川家康開設江戶幕府的時候，五行興替的思想再次被般出來。陰陽道纔再次走近政治的中心。安倍家直係後裔土禦門家再次興旺，嗣子斷絕的賀茂家也憑借的支流幸德井家再興。但是兩家競爭日益白熱化，到了江戶時代中期，土禦門神道終於徹底擊敗了幸德井家取得了全日本陰陽師的支配權。江戶時期，隨著《簠簋內傳》等典籍的出現，陰陽道再度流行，安倍晴明的故事也廣泛傳播，並發展至淨琉璃、歌舞伎等藝術形式中。
陰陽寮是日本古代律令製下中務省所屬的官方機構，主要負責天文、占卜、曆法與計時。它成立於天武天皇時期，模仿華夏唐代的太史局與太卜署設立。
陰陽寮構成：寮頭一人、寮助一人、允官一人、大屬職一人、小屬職一人、陰陽師六人、陰陽博士二人、陰陽生十人、陰陽士一人、皇曆博士一人、皇曆生十人、天文博士一人、天文生十人、漏刻博士二人、守辰丁二十人、使部二十人、值丁二人。在陰陽寮的四個技術部門中，陰陽部門陰陽道因其負責占筮、相地等核心事務，設定的六名陰陽師在人員比例上占據中心地位。
工作內容主要包括：陰陽道，判斷土地兇吉的相地堪輿與占筮。
曆道，製定日曆，決定日子兇吉。
天文道，觀測天體，卜筮，思考慧星側隱。
漏刻，掌管控製時間。
陰陽寮不僅是政府機構，也是重要的教育機構，負責培養陰陽生、天文生、曆生等專業人才。
其作為日本古代重要的科學與咒術管理機構，對日本的政治、文化和生活產生了深遠影響。
觀勒僧正觀勒，百濟國的三論宗僧侶，亦通成實宗。推古天皇10年觀勒東渡日本，將《元嘉曆》、《摩登伽經》等天文、曆法、地理、佛教典籍傳入日本。兩年後，觀勒帶來的《元嘉曆》被作為官曆采用。除了帶來的典籍，觀勒還為日本帶來了遁甲方術、陰陽五行等思想，可以說是日本陰陽道的先驅者。他還選拔34名弟子分別授業，其中陽胡玉陳學成曆法、大友高聰學成天文遁甲、山背日立學成方術。22年後，觀勒成為實行僧正僧都製度後的日本的第一任“僧正”，觀勒僧正之稱也由此而來。
陽胡玉陳師從觀勒僧正，主修曆法，在日本被尊為“曆道之祖”。
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