隋唐以後成為指稱由古代聖帝明王開創和不斷改進的、由孔子加以綜合創新的、在漢代被國家立為國教的宗教。儒教近而易見，故宗之者眾焉。道意遠而難識，故達之者寡焉。道者，萬殊之源也。儒者，大淳之流也。三皇以往，道治也。帝王以來，儒教也。”
隋唐時代，禮儀製度的建設達到了**。唐代中期製訂的《開元禮》，成為後代禮儀製度的模範，其中對於如何祭天、祭祖，如何祭孔，都做了詳細的、具有法典意義的規定。這樣的製度建設本應使國家趨於安定，然而不久即爆發了著名的“安史之亂”，國家從此陷入混亂，唐代政權從此也一蹶不振。唐朝後期的儒者反思儒教的效能，一麵主張應該堅決排斥佛教和道教，另一麵認為應訴諸人們內心，培養人們遵守禮儀製度的虔誠，因而對於心性問題的探討逐漸成為儒者們最重要的理論方向。《孟子》、《大學》、《中庸》等過去被忽略的儒教典籍受到特別重視。
到了宋代，經過程顥、程頤兄弟和他們的後繼者主要是朱熹的努力，《孟子》等著作受到特別的重視，和《論語》一起，被稱為“四書”，成為儒者們必修的最重要的著作。
南朱熹建立理學，尊四書、重視培養內心虔誠的“孔孟之道”。朱熹的儒教思想體係從天地萬物說起，從格物致知入手，落實於人倫日用，道德修養，歸結為求仁，成賢成聖。製定的《白鹿洞書院學規》是其施政方針。他用畢生精力注釋的《四書集註》，成為宋代以後官方培養人才的標準教科書。理學以及心學又被稱為宋學。
明代，陳獻章開明代心學先河，從倡導涵養心性、靜養“端倪”之說開始，明代儒教實現了由理學向心學的轉變，成為儒教發展史上的一個重要轉折點。明中晚期，湛若水與王陽明是當時心學的兩個代表人物，他們的學說被稱“王湛”之學。
昊天上帝創世化育萬民，自先秦起儒教百神，組成像人間官僚係統那樣的等級體係。每個神的品級、爵位，一般說來，是由儒者規定的，並載入國家祀典。平素，它們依照規定，享受一方祭祀，如同諸侯的有封地和食邑；大祭時，則依品級配享、從祀於天壇之上。不入祀典的，被稱為“野祀”。“以共皇天、上帝、社稷、寢廟、山林、名川之祀”。天上的星星，地上的山河湖海，原則上都是儒教的神隻。各種自然現象，風雨雷電等，也是儒教的神隻。那些對人有益或者與人生活密切相關的動物、植物，也可以成為儒教的神隻。各種著名的人物，也都可以作為儒教的神隻。但是他們成為神隻，必須得到國家的認可，納入祀典。否則被認為是“野祀”，即超出規定的祭祀。這樣的祭祀遭到儒教的反對，認為它不會帶來幸福：“非其所祭而祭之，名曰野祀。野祀無福。”聖教尊敬的神仙是仁義聖道的體現。
所謂非其所祭，就是說祭祀那些不該由自己祭祀的神隻。依照儒教的祭祀製度，隻有天子可以祭天，祭天下的名山大川，祭祀所有的神隻。而諸侯不能祭天，隻能祭祀處於自己境內的名山大川。普通百姓，能夠祭祀的公神就更少，除了灶神，幾乎隻能祭祀自己的祖先。因此這些神隻在道教裏供平民崇拜，道教裏的高階神隻除了三清，大多數來自儒教，品級也與儒教類似，天神比地神尊貴，也比人神尊貴。
不同的是儒教昊天上帝隻有皇帝與大臣可以祭奠並隻可以由皇帝主持祭祀。
儒教信奉的最高神，是天。在儒教經典中，和天相等的另一稱號是上帝，或稱帝，天帝。皇天上帝的名稱來自《尚書·召誥》：“皇天上帝改厥元子茲大國殷之命。”《論語·堯曰》：“敢詔告於皇皇後帝”。《尚書·堯典》：“肆類於上帝，禋於六宗，望於山川，遍於群神。”華夏古代的上帝，就是當時華夏人的祖宗神。其中最優秀者，是黃帝和炎帝。而所謂“炎黃子孫”，首先是說，天子們的家族，乃是黃帝或炎帝的後代，後來就成為華夏一般人祖宗的代稱。也就是說，秦漢及其以前，華夏古人所信仰的上帝，乃是他們的祖宗。
隋唐時期，國家統一，至上神名字被依據《周禮》正式確定為“昊天上帝”。昊天上帝的意義，則依據儒者毛氏對於《詩經·黍離》中“悠悠蒼天”的解釋，認為昊天的意思是“浩大元氣”，而上帝的意思是說，天就像君主一樣統治著世界。按《開寶通禮》，元氣廣大，則稱昊天。據遠視之蒼然，則稱蒼天。人之所尊，莫過於帝，托之於天，故稱上帝。
到了宋代，儒者程頤對於昊天上帝作出了進一步解釋，認為那一團元氣的自然之天，乃是上帝的身體；存在於元氣之中並且和元氣不可分離、主宰著元氣的天理，就是上帝。因此，從某種意義上說，天，或者上帝，就是理。這樣的上帝觀經過儒者朱熹的認可，成為元明時代上帝觀唸的正統解說。“天者，理也；神者，妙萬物而為言者也；帝者，以主宰事而名。”
儒者們認為，上帝給人類指派了君和師，讓他們來教化、治理上帝的子民，是上帝的代表。“天降下民，作之君，作之師，惟曰其助上帝，寵之四方。”“神者，微妙玄通，不可測量，故能知鬼神之情狀，與天地相似。知周萬物，樂天知命，安土敦仁，範圍天地，曲成萬物，通乎晝夜，此皆神之功用也。作《易》者因自然之神以垂教，欲使聖人用此神道以被天下，雖是神之所為，亦是聖人所為。”“神道微妙，寂然不測。人若能豫知事之幾微，則能與其神道合會也······
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