經過與房、杜二人的謀劃之後，李世民終於下定決心，發動玄武門事變，將李建成和李元吉誅殺。事成之後，李世民被立為皇太子，杜如晦被任命為太子左庶子。十月，李世民論功行賞，拜杜如晦為兵部尚書，進封蔡國公，賜實封食邑一千三百戶。
貞觀二年，李世民命杜如晦以檢校侍中之職兼任吏部尚書，仍然總管東宮兵馬。杜如晦在任內非常稱職。
貞觀三年，因發生大旱，李世民讓房玄齡、杜如晦、長孫無忌等於名山大川祈雨。同年，杜如晦代替長孫無忌為尚書右仆射，仍舊管理官員的選拔，與房玄齡一起輔佐朝政。建立台閣規模以及表彰人物的事情，都是由房玄齡與杜如晦所定。二人在當時獲得的讚譽非常高，稱為良相。
貞觀四年，杜如晦染病，於是向李世民請求辭官，李世民仍然按照杜如晦以前的官職給他發俸祿，但李世民還是非常擔心杜如晦的病情，多次派遣使者和名醫前去救治杜如晦，派遣到杜如晦府上的人在路上前後都能望見。但杜如晦最終還是病死，終年四十六歲，李世民為此大哭不止，三天不能處理朝政。轉封杜如晦為萊國公。
杜如晦死後，李世民作詔書於著作郎虞世南說：“我和杜如晦之間情義深重，今杜如晦不幸病逝，追念他以前的舊功，我非常傷心，希望你體會到我的意思，為杜如晦製作碑文。”
後來，李世民賞賜給房玄齡一條黃銀帶，不禁感到傷心，哭著對房玄齡說：“當初你和杜如晦一起輔佐我，但是賞賜隻能給你一個人。我聽說鬼神什麽的害怕黃銀，我再拿一條黃金帶，你帶到杜如晦的靈房去吧。”
貞觀五年，李世民因十分想念杜如晦，所以經常夢到他，在杜如晦忌日的那一天，李世民派遣官員到杜如晦家中慰問杜如晦的妻子和孩子，給家裏的賞賜還和之前的一樣。並且封杜如晦的一個兒子為郡公。
貞觀七年，李世民下詔在杜如晦等人的墓前祭少牢。
貞觀十七年，李世民命閻立本畫長孫無忌、房玄齡、杜如晦等二十四人的畫像置於淩煙閣，杜如晦位列第三。
房謀杜斷：房玄齡和杜如晦二人同為李世民的宰相，但所起到的作用卻是不一樣的。房玄齡擅長給李世民出主意，但是同一個問題，他出的主意很多，李世民也不知道采用哪個好，於是這時候杜如晦將房玄齡的主意加以分析，選出一個最適用的辦法，讓李世民采用。房玄齡幫李世民出主意，杜如晦幫李世民拿定主意，所以稱為“房謀杜斷”。二人同心同德，相互配合，輔佐李世民處理朝政。時人論及良相時，首推房玄齡與杜如晦。
刀筆之吏：玄武門事變之後，李世民對帳下官屬進行論功行賞，文官裏，杜如晦與房玄齡功居第一。封賞完畢之後，李世民覺得按照功勞的大小進行封賞，估計不會完全妥當，於是便問諸將誰有意見。淮安王李神通對李世民說：“當初我們舉義兵的時候，是我率領兵馬先到的。房玄齡、杜如晦不過是刀筆之吏，把他們的功勞放在首位，我不服。”李世民說：“剛剛起兵的時候，人們各懷異心，你雖然率領兵馬前來響應，但是不曾上陣殺敵過，在竇建德南侵與征討劉黑闥的戰鬥中，你都立有功勞。如今論功行賞，房玄齡與杜如晦有運籌帷幄、安邦定國的功勞，可以比於漢朝的蕭何，雖然不是通過上陣殺敵建功立業，但是他們指揮全軍獲取最終的勝利，所以功居第一。叔父你雖然是皇親國戚，但在論功行賞上，我不能有所偏頗，濫加賞賜。”李神通是李世民的叔父，倆人關係向來比較親近，李世民降所有宗室郡王為縣公時，隻有李神通的爵位保持不變，丘師利等居功自傲的武將們見到李神通都沒有得到過多的賞賜，於是都覺得自己沒什麽好申訴的了。
援救杜淹：李世民攻下洛陽之後，將要處死王世充的部下杜淹。杜淹雖然是杜如晦的叔父，但是向來與杜如晦兄弟不和，而且杜淹還建議王世充殺了杜如晦的兄長，並將杜如晦的弟弟杜楚客囚禁。盡管如此，在要處死杜淹的時候，杜楚客卻出來求情，說同族中人相互殘殺，太過殘忍。於是杜如晦向李世民求情，饒過杜淹。
段誌玄，本名段雄，字誌玄，淄州鄒平縣人，祖籍武威郡姑臧縣。唐朝名將，並州法曹參軍段偃師之子。
身材偉岸，氣宇軒昂。隨父客居太原，參加晉陽起兵，隸屬於秦王李世民部下，擒獲名將屈突通，從平洛陽王世充，遷秦王府右二護軍，拒絕隱太子李建成的引誘。參加玄武門之變，擁戴秦王李世民即位，拜左驍衛大將軍，冊封樊國公。出任西海道行軍總管，征討吐穀渾，遷右衛大將軍、褒國公、金州刺史，加號鎮軍大將軍。
貞觀十六年，病逝，獲贈輔國大將軍、揚州都督，諡號忠壯，陪葬於昭陵。
段誌玄的祖父段瑗，武威人。父親段偃師，曾任太原郡司法書佐。段誌玄身材偉岸，器宇軒昂，但是為人無賴，屢次違反法紀。
六百一十一年，隋煬帝遠征高句麗，段誌玄時年十四歲，應募從征。後來，段誌玄隨父親客居太原，得到李世民的賞識。
六百一十七年，唐高祖李淵在晉陽起兵反隋。段誌玄募兵千餘人，被授為右領大都督府軍頭，並擔任先鋒，奪取霍邑、絳郡，攻打永豐倉，累功至左光祿大夫。
後來，段誌玄隨劉文靜到潼關抵禦屈突通。劉文靜被桑顯和偷襲，軍營潰散。段誌玄率領二十餘騎衝陣，連殺數十人，身中流矢，仍三次衝入敵陣。最終，唐軍軍心大振，桑顯和大敗。不久，段誌玄與諸將追擒屈突通，因功授樂遊府驃騎將軍。
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