等到西突厥聽聞侯君集到了，欲穀設害怕向西逃走千餘裏，麹智盛失去援助，無計可施，開城投降。侯君集於是分兵平定高昌各地，高昌國滅亡。侯君集俘虜麹智盛及其百官，刻石紀功班師迴朝。
侯君集滅高昌後，在未奏請李世民的情況將一些沒有罪的人發配，又私自將高昌國寶物據為己有。手下將士們知道後也開始盜取金銀珠寶，侯君集害怕自己做的醜事被揭發，於是不敢治將士們的罪。班師迴朝後，司法官將侯君集下獄，但中書郎岑文字以為侯君集是功臣大將，不能輕加屈辱，於是上書李世民請求將侯君集釋放。而侯君集自以為立下大功卻因為貪財而被囚禁，感到非常不快。
貞觀十七年，張亮被派往洛陽都督，侯君集問張亮：“怎麽會遭到排擠？”張亮說：“如果因為公務在外做官就是遭到排擠，那麽誰纔是最冤枉的？”侯君集又說：“我平定一個國家，迴朝後惹得皇上大怒，怎麽不是排擠？”侯君集說著還挽起袖子說道：“這樣子活不下去，你能造反嗎，要是可以，我和你一起造反。”張亮將侯君集的話告訴給了李世民，李世民對張亮說：“你和侯君集都是功臣。這些話侯君集隻告訴給了你一個人，到時候他死不認賬，你也拿他沒辦法。”於是李世民將這件暫且放下，對待侯君集還是和以前一樣。而後李世民命閻立本畫侯君集等二十四人的畫像置於淩煙閣，侯君集位列第十七名。
貞觀十七年，太子李承乾擔心自己被廢，得知侯君集常有怨恨，而侯君集的女婿賀蘭楚石又在東宮任職，於是多次派他引侯君集入東宮。侯君集覺得李承乾無能，擔心重演李建成的悲劇，於是勸李承乾謀反。侯君集與李承乾謀劃好之後，擔心計劃泄漏，心中不安，常常晚上睡不著，妻子非常奇怪，對侯君集說：“你是國家大臣，每天晚上這樣，一定是有什麽事。如果你做了什麽對不起國家的事，應該自己到皇上麵前去領罪，這樣才能保全自己。”但侯君集沒有聽妻子的話。
而後李承乾謀反的事情敗露，坐罪被廢，賀蘭楚石又將侯君集與李承乾一起謀劃的事告訴李世民。李世民覺得侯君集有安定國家的大功，不想治侯君集的死罪，但群臣進諫說侯君集的罪天地難容。李世民非常難過，將侯君集處死。臨死前，侯君集請求赦免自己的妻子和兒子，好為自己守喪。李世民同意後，將其妻兒流放嶺南。
魏元忠：“李靖破突厥，侯君集滅高昌，蘇定方開西域，李積平遼東，雖奉國威靈，亦其才力所致。”
劉昫：“侯君集摧兇克敵，效用居多；恃寵矜功，粗率無檢，棄前功而罹後患，貪愚之將明矣。張亮聽公穎之妖言，恃弓長之邪讖，義兒斯畜，惡跡遂彰，雖道裕雲反狀未形，而詭詐之性，於斯驗矣。萬徹籌深行陣，勇冠戎夷，不能保其首領，以至誅戮。夫二三子，非慎始而保終也。”讚曰：“君子立功，守以謙衝。小人得位，足為身害。侯、張兇險，望窺聖代。雄若韓彭，難逃菹醢。”
宋祁：“侯君集位將相，私謁太子，張亮養子五百人，薛萬徹與狂豎謀，皆死有餘辜，又何咎哉？”
蘇洵：“漢之衛霍、趙充國，唐之李靖、李積，賢將也。漢之韓信、黥布、彭越，唐之薛萬徹、侯君集、盛彥師，才將也。賢將既不多有，得才者而任之可也。”
朱元璋：“侯君集有功於唐，犯法當誅。唐太宗欲宥之，而執法者不可，卒以見誅。非唐高祖、太宗忘功臣之勞也，由其恃功驕恣，自冒於法耳。”
唐太宗曾讓李靖教侯君集兵法。後來，侯君集上奏唐太宗，預告李靖謀反，因為每到精微之處，李靖則不教授。唐太宗聽後，責備李靖。李靖迴答說：“這是侯君集想要謀反。如今中原安定，我所教他的兵法，足以安製四夷。如今侯君集求學盡臣的兵法，是他將有異誌啊。”此時，侯君集尚未有任何反跡，唐太宗似不相信。一次，朝後迴尚書省，侯君集騎馬越過省門數步尚未發覺。李靖見到這種情況，便對人說：“侯君集意不在人，必將謀反。”
李靖，字藥師，雍州三原人。隋末至初唐時期傑出的軍事家。
李靖出身隴西李氏丹楊房。初仕隋朝，拜馬邑郡丞。後轉仕唐朝，隨秦王李世民進擊王世充。武德三年，輔佐趙郡王李孝恭南平蕭銑和輔公祏，並招撫嶺南諸部。武德八年起在北疆抵禦東突厥入侵，貞觀三年以定襄道行軍總管總統諸將北征，以精騎三千夜襲定襄，使頡利可汗部驚潰，又奔襲陰山，一舉滅亡東突厥，使唐朝疆域自陰山北直斥大漠。因功拜尚書右仆射，封代國公。貞觀九年，以足疾告退，同年再獲起用，統軍西破吐穀渾。後改封衛國公，世稱“李衛公”。晚年多病，闔門自守，不預政事。貞觀十七年，列名“淩煙閣二十四功臣”。貞觀二十三年，李靖病逝，終年七十九歲。冊贈司徒、並州都督，諡號“景武”，陪葬昭陵。唐肅宗時配享武成王廟，位列十哲。晚唐以後逐漸被神化。後晉時追封“靈顯王”，到南宋時累封為“輔世靈佑忠烈王”。
李靖一生征戰數十年，為唐王朝的建立及發展立下赫赫戰功。史家讚道：“近代稱為名將者，英、衛二公，誠煙閣之最。”他的治軍作戰經驗，進一步豐富了華夏古代的軍事思想和兵法理論。著有《六軍鏡》《衛公兵法》等多部兵書，原書多已散佚。世傳其與唐太宗論談兵事的《唐太宗李衛公問對》析理透辟，特別是對孫武兵法思想的析論，對後世影響甚大。
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