貞觀七年，李世民冊拜長孫無忌為司空。長孫無忌上表推辭，被駁迴後又通過高士廉再次提出請求，認為以外戚擔任三公，會招致“聖主私親”的非議。李世民仍舊不許，表示授官是以才德為標準。長孫無忌又親自上表辭讓，李世民批複道：“我為秦王時，你就是我的得力心腹，有你的輔佐，我才得以廓清宇內，君臨天下。以你的功績、才幹、聲望，完全能勝任三公之職，你就不要再推辭了。”他特意撰寫一篇《威鳳賦》，賞賜給長孫無忌，追思自己創業之艱與長孫無忌的佐命之功。
貞觀十一年，李世民封長孫無忌、房玄齡等十四位功臣為世襲刺史。長孫無忌被封為趙州刺史，改封趙國公。他認為實行分封有害無益，便上表反對，並道：“臣等披荊斬棘的侍奉陛下，如今四海一統，陛下卻讓我們世代治理外地州郡，這跟流放有何不同？”李世民歎道：“分封功臣，是要讓你們的後代世代扞衛王室。你們卻把我這山河般莊重的誓言看得淡薄，反而心有怨言，我又怎能勉強諸位到封地去。”分封之事因此作罷。
貞觀十六年，長孫無忌進拜司徒。
貞觀十七年，李世民將二十四位功臣的畫像掛入淩煙閣，長孫無忌則位列第一。同年四月，唐太宗命長孫無忌與房玄齡、蕭瑀、李積，會合大理寺、中書省、門下省，一同審訊太子李承乾謀反案。不久，李世民改立晉王李治為皇太子，任命長孫無忌為太子太師。
貞觀十九年，李世民東征高句麗。長孫無忌與岑文字、楊師道一同隨軍出征，並代理侍中之職。長孫無忌在圍攻安市城的戰役中，率一萬一千精兵埋伏在山北峽穀中，作為奇兵衝擊敵後，並拆毀所有橋梁，斷絕高句麗援軍歸路，迫降敵軍主帥高延壽、高惠真。
貞觀二十年，太師長孫無忌與太傅房玄齡、太保蕭瑀一同辭去三師官職。
貞觀二十一年，長孫無忌遙領揚州大都督。
貞觀二十二年，中書令馬周病逝。李世民任命長孫無忌為檢校中書令，並主持尚書省、門下省事務。
貞觀二十三年，李世民病逝於行宮翠微宮，遺命長孫無忌與褚遂良輔政。李治悲痛欲絕，抱著長孫無忌的脖子痛哭。長孫無忌請李治處理政事以安內外，李治仍哀哭不止。長孫無忌道：“陛下將宗廟社稷交付殿下，您怎能隻知哭泣？”於是，秘不發喪，並讓李治迅速趕迴長安。六月，李治繼位，史稱“唐高宗”。長孫無忌進拜太尉、同中書門下三品，仍兼任揚州都督，主持朝政。當時，長孫無忌以元舅的身份輔政，每有進言，李治都優先採納。曾有洛陽百姓李弘泰誣告長孫無忌謀反，李治立即下令將其處斬。
永徽四年，李治命長孫無忌審理房遺愛謀反案。吳王李恪名望素高，拜司空，因為儲位之爭與長孫無忌有舊怨。長孫無忌欲借機誅殺李恪，以絕眾望，便誣稱李恪也參與謀反。二月，房遺愛等人被處斬。李恪也被賜死，死前大罵：“長孫無忌竊弄威權，陷害良善，祖宗有靈，必讓其宗族覆滅”。江夏王李道宗、駙馬都尉執失思力因與長孫無忌不和，也被流放嶺南。
永徽五年，李治欲廢黜王皇後，立武昭儀為皇後。擔心大臣不從，便與武則天到長孫無忌家中飲宴，賞賜金寶繒錦十車，又任命長孫無忌的三個庶子為朝散大夫，並以皇後無子來暗示長孫無忌。長孫無忌卻假裝不明白李治的意思，顧左右而言他。李治怏怏而歸。後來，武則天的母親楊氏多次到長孫無忌家中請求，禮部尚書許敬宗也加以勸說，但都被長孫無忌正色拒絕。
永徽六年，李治決定廢後，召長孫無忌、李積、於誌寧、褚遂良入內殿商議。李積稱病未去，於誌寧噤不敢言，褚遂良則激烈反對。長孫無忌雖未明言反對，但卻在一定程度上支援褚遂良。但李治最終還是將王皇後廢為庶人，改立武則天為皇後。武則天因長孫無忌接受賞賜卻不肯支援自己，對他懷恨在心。
顯慶四年，中書令許敬宗指使人向李治呈奏密章，稱監察禦史李巢勾結長孫無忌，圖謀造反。李治便命許敬宗與侍中辛茂將一同審查。許敬宗奏道：“長孫無忌謀反已露苗頭，我擔心他知道事情暴露，會采取緊急措施，號召同黨，必成大患。希望陛下能果斷處理，盡快拘捕。”李治哭道：“我怎忍心給舅舅判罪，後代史官會怎麽看待我？”許敬宗舉漢文帝殺舅父薄昭，天下以為明主之例，寬慰唐高宗，又引“當斷不斷，反受其亂”的古訓，催促其下決心。李治不與長孫無忌對質，便下詔削去官職和封邑，流徙於黔州，並讓沿途州府發兵護送。長孫無忌的兒子都被罷官除名，流放嶺南。
同年七月，李治又讓李積、許敬宗複審長孫無忌謀反案。許敬宗命中書舍人袁公瑜到黔州審訊長孫無忌謀反罪狀。袁公瑜一到黔州，便逼令長孫無忌自縊。長孫無忌死後，家產被抄沒，近支親屬都被流放嶺南為奴婢。
上元元年，李治為長孫無忌平反，追複其官爵，陪葬於昭陵。趙國公爵位由其曾孫長孫翼承襲。
長孫無忌曾主持修定《唐律疏議》，奠定唐朝兩百多年的律法根本。
《唐律疏議》是唐朝的一部法典，原名《律疏》，又稱《唐律》《永徽律疏》，由唐代長孫無忌、褚遂良等人在永徽三年奉詔編撰，永徽四年頒行。
該律疏以《貞觀律》為基礎修訂為《永徽律》，後逐條撰疏註解釋形成律疏合編體例，成為東亞最早的成文法之一，亦為華夏現存最完整的唐代法典。全書共三十卷，分名例、衛禁、職製等十二篇五百條，涵蓋刑事司法、戶籍婚姻、賦役管理等製度。
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