魏徵反對重用宦官。貞觀十四年，李世民屢次以宦官充任使者，他們迴京後又妄加彈奏，常使李世民發怒。魏徵即上奏說：“閹豎雖微，狎近左右，時有言語，輕而易信，浸潤之譖，為患特深，以今日之明，必無所慮，為子孫教，不可不杜絕其源。”太宗聽後高興地說：“非公，朕安得聞此言！”魏徵在唐初已看到重用宦官的隱患，並勸李世民要為子孫後代著想，表現了他在用人方麵的卓識遠見。
居安思危，善始慎終。在與李世民等人討論創業與守業之難時，魏徵認為“帝王之起，必承衰亂”，在“覆彼昏狡”的情況下得到百姓擁戴，自然“百姓樂推，四海歸命”，因此這種創業的過程“乃不為難”。這裏，魏徵對披堅執銳、出入生死的創業之難估計不足。但他分析守成之難卻是鞭辟入裏的：“然既得之後，誌趣驕逸，百姓欲靜而徭役不休，百姓凋殘而侈務不息，國之衰敝，恆由此起。”由此，他總結道：“以斯而言，守成則難。”
魏徵認為，要守成帝業，使國家長治久安，最重要的就是居安思危。貞觀五年，李世民談到雖然國內相安無事，四夷賓服，但自己仍“日慎一日，惟懼不終”。魏徵迴答說：“內外治安，臣不以為喜，唯喜陛下居安思危耳。”魏徵熟諳曆史，見曆史上不少帝王都以居安忘危、驕奢怠惰，因而天下大亂，因此在貞觀六年與李世民談論古代帝王興衰時建議道：“今陛下富有四海，內外清晏，能留心治道，常臨深履薄，國家曆數，自然靈長。”他認為居安忘危，處治忘亂是由於帝王忘乎所以，無心政治，因而導致了國家的危亡與覆滅，以此提醒太宗，要小心在意，時刻保持著高度的警覺。
魏徵常以亡隋為借鑒，以說明居安思危的迫切性。貞觀十一年，他接連上疏，反複強調“以隋為戒”的重大意義。在奏疏中說：隋“統一寰宇，甲兵強盛，三十餘年，風行萬裏，威動殊俗”，一旦土崩瓦解，原因何在呢？是在於“安不思危，治不念亂，存不慮亡之所致也”。因此他告誡太宗“鑒國之安危，必取於亡國”，並表示“臣願當今之動靜，思隋氏為鑒，則存亡治亂，可得而知。若能思其所以危，則安矣；思其所以亂，則治矣；思其所以亡，則存矣”。魏徵總結隋亡的教訓，作為太宗治理國家的一麵鏡子，以做到居安思危，警鍾長鳴。
《詩經》所雲“靡不有初，鮮克有終”，這幾乎成為一條規律。魏徵明瞭這一點，他在奏疏中說古代帝王“莫不殷憂而道著，功成而德衰。有善始者實繁，能克終者蓋寡”，原因何在呢？他解釋說：“夫在殷憂，必竭誠以待下；既得誌，則縱隋以傲物。”當誌得意滿之後，玩物喪誌，驕奢淫逸。因此，他特別告誡李世民“載舟覆舟，所宜深慎，奔車朽索，其可忽乎？”他這種慎終如始的思想是難能可貴的，是保證帝業興盛不衰的重要因素。
從善始慎終的政治思想出發，魏徵特別留意觀察李世民政治上的變化，及時提醒他注意。貞觀六年，李世民與侍臣論安危之本，近來政事如何時，魏徵認為政事不如貞觀之初。他比較說：“貞觀之初，陛下誌在節儉，求諫不倦。比來營繕微多，諫者頗有忤旨，此其所以異耳！”魏徵有的放矢，李世民聽了心悅誠服，拍手大笑說：“誠有是事。”
此後，魏徵還經常勸諫李世民要保持即位之初孜孜求治的思想作風。貞觀十一年五月，他上疏說：“陛下欲善之誌不及於昔時，聞過必改少虧於曩日，譴罰積多，威怒微厲。”批評了太宗政事不如貞觀之初，並指出：“陛下往以未治為憂，故德義日新；今以既治為安，故不逮。”他列舉了不少太宗勉強從諫的事例，說明與貞觀之初從諫如流的作風大不一樣。李世民聽後很滿意。
貞觀十三年，魏徵乘太宗詔五品以上官上封事之機，全麵地、係統地總結了政事不如貞觀之初的事實，上《十漸不克終疏》。疏中列舉了太宗搜求珍玩、縱欲以勞役百姓、呢小人、疏君子、崇尚奢靡、頻事遊獵、無事興兵、使百姓疲於徭役等不克終十漸，批評了太宗的驕滿情緒，再次提醒他慎終如始。太宗看完奏疏後，欣然接納，並把他的奏疏“列為屏障，庶朝夕見之，兼錄付史官，使萬世知君臣之義”。
貞觀十四年，魏徵再次向李世民建言：“臣觀古來帝王撥亂創業，必自戒慎，采芻蕘之議，從忠讜之言。天下既安，則恣情肆欲，甘樂諂諛，惡聞正諫。”以此勸李世民要善始善終。
魏徵喜逢知己之主，竭盡股肱之力，輔助太宗理政，成為其左手右臂。他建言行事，匡正朝政失誤，最終助成貞觀之治。
自貞觀三年起，魏徵奉命總撰了唐初八史中的五史，即《周書》《梁書》《陳書》《北齊書》《隋書》。其中，他負責主修《隋書》，還為《隋書》寫了序論，為《梁書》《陳書》《北齊書》撰寫了總論，並對各史“多所損益，務存簡正” ，終於在貞觀十年修成了“時稱良史”的這幾部史學著作。
在主修的《隋書》中，魏徵追求“直筆”的修史態度，唐初可用史料豐富，有專業的修史機構“史館”支援，多位修史學士執筆，以及其他諸多因素，使得《隋書》具有了極高的史學價值。其中《經籍誌》為魏徵親撰，正式應用了經、史、子、集四部分類法，史部首次作為一個大類被單獨分列，此舉不僅提升了史書的地位，也為目錄學做出了巨大貢獻。
除了修史外，魏徵還編纂了大量曆史文獻。鑒於隋末圖籍散失，製度、法令紛亂繁雜的狀況，魏徵奏請校訂四部書。
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