淨明道順應時勢，繼承道家關於“道”的學說和“滌除玄覽”的理論，吸收儒家的倫理觀念和道家的“仙道貴生、無量度人”之說，主張融合儒道，認為“以本心淨明為要，而製行必以忠孝為貴”，才能合乎“中黃八極天心”，達於“無上清虛之境”。其道術側重於守一修仙度人。元以後歸入正一道。由於淨明道強調忠孝，調和儒道，該派在元明時期的士大夫中頗有影響，被譽為仙家之“最正者。”
許遜之後，其後代在西山許宅立遊帷祠，後改為觀，繼續傳道。隋煬帝時，“焚修中輟，觀亦尋廢”。至唐永淳年間，道士胡惠超重建。北宋曆代皇帝皆尊崇西山道教。大中祥符三年，將西山遊帷觀升格為玉隆宮，政和二年誥封許遜為“神功妙濟真君”，吳猛等十一人為“真人”，加贈玉隆宮為玉隆萬壽宮。宋王朝敕令：禁名山樵采，免除玉隆宮租賦徭役。黃庭堅等二十六位文官相繼擔任玉隆萬壽宮提點、提舉、管局、主管等職。
南宋初，由於民族矛盾尖銳，兵連禍結，生靈塗炭。玉隆萬壽宮道士何真公根據客觀形勢，宣稱紹興元年八月十五日，許真君“自天而下”，降臨玉隆宮“降授《飛仙度人經》《淨明忠孝**》，建翼真壇，傳度弟子五百餘人，消禳厄會，民賴以安”。何真公假托許遜降授經典，建立了五百人的龐大教團，實為這一道派的形成之始。但何真公一係的淨明道傳承未久，似即湮沒無聞。
至宋末元初，西山道士劉玉又重新進行創教活動。據《西山隱士玉真劉先生傳》載：元世祖至元二十年，劉玉二十五歲，自稱遇西山道士胡惠超，胡告知“淨明大教將興，當出八百弟子，汝為之師”，劉玉遂在孝行裏立騰勝道院，以善道勸化，自至元二十年至大德元年的十四年間，自稱先後得許遜降授《玉真靈寶壇記》《中黃大道》《八極真詮》；郭璞降授《玉真立壇疏》；胡惠超降授道法和三五飛步正一斬邪之旨，另行開創淨明道。
劉玉開創的淨明道以許遜為第一代祖師，劉玉為第二代傳人。元至大三年，劉玉去世，傳法於黃元吉，為旌陽公三傳。黃元吉於西山造玉真、隱真、洞真三壇以授弟子，並在至治三年挾其學遊於京師，“公卿士大夫多禮問之，莫不歎異”。其後有旌陽公四傳徐異、五傳趙宜真、六傳劉淵然等。
《逍遙山萬壽宮誌》卷五《淨明嗣教四先生傳》有黃元吉、徐異、趙宜真、劉淵然四人的傳記。劉淵然以下的傳承係譜不明。《淨明忠孝全書正訛》附載了許邁、許穆、呂洞賓、白玉蟾、傅大師、朱真人、張真人等七人的傳記，前四人顯非淨明道人物。傅大師為宋代豫章人，其名不詳，為鐵柱宮道士，小有名氣，曾得朱熹贈詩。朱真人是明太祖第十五子朱權，因對封藩不滿，轉而學習淨明道法，後被明成祖封為涵虛真人。
淨明道的“淨明”二字的解釋，據《玉真劉先生語錄》內集稱：“何謂淨？不染物；何謂明？不觸物，不染不觸，忠孝自得。”劉玉認為：“淨明隻是正心誠意，忠孝隻是扶植綱常”，“本心以淨明為要，行製貴在忠孝”。《太上靈寶淨明法序》亦稱：“淨明者，無幽不燭，纖塵不染，愚智皆仰之為開度之門，升真之路。以孝悌為之準式，修煉為之方術，行持為之必要。”淨明道認為修煉首先要達到內心一塵不染、不觸之思想境界，忠孝則是日常行為活動的準則，二者缺一不可。倡言淨明，旨在教人清心寡慾，使心念和行為符合封建倫理規範，做忠臣孝子良民。
淨明道的宗教倫理據稱以許遜所謂忠、孝、廉、謹、寬、裕、容、忍的“垂世八寶”為依據，尤以忠孝為首，即“忠孝大道之本也”，認為恪守淨明忠孝即可修仙得道。《淨明大道說》曰：“人能弘道，非道弘人，要不在參禪問道，入山煉形；貴在乎忠孝立本，方寸淨明。四美俱備，神漸通靈，不用修煉，自然道成。”淨明道的基本宗旨是“以忠孝為本，敬天崇道、濟生度死為事。”忠孝是儒家的傳統思想，可見淨明道和儒學之間的密切思想淵源。
淨明道與正一等符籙派一樣，道士不一定出家。黃元吉說：“道由心悟，玄由密證，得其傳者，初不拘在家出家。……而吾師玉真先生遇都仙，亦以在俗之身焉。”劉玉對西山道教教法進行了更新，改革了符咒、齋醮、告鬥等修煉方術，提倡孝道，不重祈禱儀式中的繁文縟節，製定了“日知錄”、“功過格”，作為教徒日常生活的規範。
元明時期淨明道在社會上頗有影響，元代官僚士大夫對其教義極為讚賞。知經筵事張珪、國子司業虞集、國史院編修滕賓和曾巽申、建昌路儒學教授彭野分別為淨明道基本經典《淨明忠孝全書》作序，稱讚“大道至德之要其在茲”。明代陽明學派的王龍溪、羅近溪、高攀龍、屠龍等人與淨明道士過從甚密，對其學說評價甚高。高攀龍認為“仙家惟有許旌陽最正，其傳隻淨明忠孝四字”。實際上，淨明道的忠孝教義也頗具理學色彩。元明統治者對淨明道也頗重視。黃元吉至治三年赴京師講學，極得公卿的讚譽。徐異遊學京師大行祈禳，得“淨明配道格神昭效法師”之賜號。劉淵然於洪武二十六年被明太祖稱為“高道”；並在永樂年間擔任道錄司。淨明道所存經典頗多，主要的有《太上靈寶淨明洞神上品經》《淨明樞真經》《淨明正印經》等。《淨明忠孝全書》還載有劉玉、黃元吉語錄，是研究淨明道教義的重要資料。
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