南宋時，陸九淵倡言心即理，針對朱熹等人的“理”在人心之外、“即物”纔可“窮理”的理論，提出“發明本心”、“收其放心”的“簡易”、“直捷”主張。他還同朱熹辯論過“無極”、“太極”等問題，成為與朱熹一派理學相持對立的一家，被稱為“心學”。陸九淵弟子很多，著名的有楊簡、袁燮等人 ，楊簡將“心即理”進一步發展成為“萬物唯我”的唯我主義。宋代以後，由於程朱理學成為元朝官方正統思想，陸學影響不如朱學。
到明代中期，陳獻章由朱學轉向陸學。王守仁更是集心學之大成，並提出“心外無物”、“心外無理”“心即是理”的命題 。在認識論上他推行“致良知”的方法，認為“良知”就是“天理”，“致良知”就是“明明德”。同時提出“知行合一”的革命性觀點，反對宋儒知先行後的說法或知而不行的做法。王守仁是陸九淵以後影響最大的主觀唯心主義哲學家。明代後期，王學大盛，出現了眾多流派，其中以王艮為代表的泰州學派和李贄等人影響較大。泰州學派內部各人思想不盡相同，但有共同的趨勢，就是強調儒家的“聖”、“賢”是人人可成的，即便是“農工商賈”也可以成聖成賢，聲稱“人人天地性，個個聖賢心”。李贄還提出“是非無定質”，反對封建專製主義的思想禁錮。因此， 儒學是宗教， 但不是一般意義上的宗教，而是一種“道德的宗教”、“人文教”， 是即道德即宗教， 是一種沒有隔離精神、偏至精神的宗教。這也就是牟宗三所理解的“作為宗教的儒教”。
詳細分支有程朱學派，崇仁學派，船山學派，春秋公羊嚴氏學派，慈湖學派，次仲學派，存齋晦靜息庵學派，大夏侯氏尚書學派，大小戴禮學派，大興二朱學派，釣台學派，定川學派，東發學派，東萊學派，東林學派，東原學派，東整學派，東樵學派，端臨學派，爾雅學派，二江學派，二曲學派，二萬學派，範呂學派，範許學派，方耕學派，費氏易學派，豐芑學派，伏氏尚書學派，高平學派，高氏易學派，蕭同學派，曉庵學派，功利學派，古靈學派，古論語三家合一學派，古論語學派，古微學派，古文經學派，古文尚書學派，關學，漆雕氏儒學派，漆書尚書學派，齊論語學派，齊詩學派，廣平定川學派，廣平學派，龜山學派，韓詩學派，韓氏易學派，漢上學派，漢學和靖學派，河東學派，鶴山學派，橫浦學派，橫渠學派，衡麓學派，恆齋學派，胡學，湖湘學派華陽學派，槐堂學派，淮南九家易學派，晦翁學派，兼山學派，今文經學派，荊公新學，景迂學派，靜明寶峰學派，靜清學派，靜修學派，靜庵學派，敬庵學派，九峰學派，考亭學派，餘山學派，葵園學派，蘭皋學派，朗夫學派，樂學派，春秋公羊胡母生學派，樂正氏儒學派，理初學派，裏堂學派，禮經高堂氏學派，樸學，樸齋學派，顏李學派，顏氏儒學派，齊學起庵學派，錢塘二梁學派，潛邱學派，潛研學派，潛庵學派，潛庵學派，清江學派，秋農學派，邱劉學派曲園學派，容甫學派，儒家學派，三禮學派，三魯學派，三魏學派，三原學派，上蔡學派，深寧學派，慎修學派，石渠閣講論會，實齋學派，士劉學派，授堂學派，蜀學，雙池學派，雙峰學派，水心學派，說齋學派，思、孟儒學派，宋學蘇齋學派，梭山複齋學派，泰山學派，泰州學派，陶樓學派，田氏易學派，亭林學派，宛溪學派，王學王張學派，望溪學派，未穀學派，味經學派，武夷學派，五峰學派，勿口學派，西山葵氏學派，西山真氏學派，西莊學派，息園學派，惜抱學派，夏峰學派，獻縣學派，湘鄉學派，象山學派，小夏侯氏尚書學派，小夏侯氏尚書學派，孝感學派，孝經學派，校口學派，謝山學派，新學，嘯山學派，嘯山學派，硯溪學派，楊園學派，陽明學派，養知學派，姚江學派伊川學派，伊洛之學儀征學派，永嘉學派，永康學派，用六學派，愚山學派，玉山學派，豫章學派，嶽麓學派，粵閩王門學派，月亭學派，趙張學派，浙東學派，浙中王門學派，震滄學派，震澤學派，鄭堂學派，鄭學止修學派，止齋仲良氏儒學派，周官禮學派，孜堂學派紫陽學派，子居學派，子夏儒學派，左海學派，巽齋學派，茗柯學派，滎陽學派，蒿庵學派，蕺山學派，涑水學派，濂洛關閩濂溪學派濂學，婺學，懋堂學派，稷下學團，籀口學派，艮峰學派，艮庭學派，艮齋學派。
儒家是華夏古代自從董仲舒“罷黜百家，獨尊儒術”之後最有影響的學派之一。做為華夏固有價值係統的一種表現的儒家，並非通常意義上的學術或學派。一般來說，先秦時，儒家也隻是諸子百家之一，與其它諸子百家一樣地位本無所謂主從關係。
儒家思想對華夏文化的影響很深，幾千年來的封建社會。華夏人代代傳授的不外《四書》、《五經》。華夏人基因中的責任思想以天下為己任、忠孝思想仁、義、禮、智、信、恕的思想己所不欲，勿施於人、倫理思想修身、齊家、治國、平天下都是儒家思想與專製統治結合的結果。
莊子後學評論儒家，性服忠信，身行仁義，飾禮樂，選人倫，以上忠於世主，下以化於齊民。將以利天下。。
《漢書·藝文誌》：“儒家者流……遊文於六經之中，留意於仁義之際，祖述堯舜，憲章文武，宗師仲尼。”
南朝梁的劉勰《文心雕龍·奏啟》：“必使理有典刑，辭有風軌，總法家之式，秉儒家之文。”
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