蓋龜龍銜負，出於河、洛，以紀易代之徵，其理幽昧，究極神道。先王恐其惑人，秘而不傳。說者又雲，孔子既敘六經，以明天人之道，知後世不能稽同其意，故別立緯及讖，以遺來世。”讖緯思想認為“《易》有陰陽，《詩》有五際，《春秋》有災異，皆列終始，推得失，考天心，以言王道之安危……竊學《齊詩》，聞五際之要，《十月之交》篇，知日蝕、地震之效昭然可明，猶巢居知風，穴處知雨，亦不足多，適所習耳。”
鄭玄、馬融、董仲舒、譙周是讖緯思想的集大成者。董仲舒結合公羊家和五行思想，發展出“天人感應”理論，並提出“春秋大一統”和“罷黜百家，表章六經”。董仲舒強調“天”的至高無上的地位，如果君王施政不仁，天就會有所表示，稱之為“天人感應”，這意味著君權之上還有一個神權，有濃厚的宗教色彩，對君王有一定的製衡作用。漢武帝採納了他的主張“罷黜百家，獨尊儒術”，從此儒學成為官方正統思想，研究四書五經的經學也成為了顯學，設五經博士。
建初四年，漢章帝主持召開了一次全國經學討論會，即白虎觀會議，會議紀錄由班固整理成《白虎通德論》，以法令形式將讖緯之學定形，和正統經書具有同等地位。晉朝泰始三年，禁星氣讖緯之學。緯書原本因隋煬帝禁止而散佚。《隋書·經籍誌一》：“ 煬帝即位，乃發使四出，搜天下書籍與讖緯相涉者，皆焚之，為吏所糾者至死。”流傳下來的緯書有：易緯《乾鑿度》、書緯《考靈曜》、詩緯《含神霧》、禮緯《稽命征》、樂緯《動聲儀》、春秋《元命包》、孝經《援神契》、尚書《中候握河紀》、論語《讖比考》。後為追求長生的道教區分，從南北朝開始叫做儒教又被稱作聖教。“儒教是華夏民族土生土長的宗教”，儒教是禮樂文明的代表，上古宗教的直接繼承者。
“儒教是華夏民族特有的傳統宗教，凡是生活在華夏這塊古老土地上的各民族，包括漢族以外的少數民族，如北方的遼、金、元，西夏及清，曆代王朝都以儒教為國教，孔子為教主。……儒教利用政教結合的優勢得以成為國教，儒教的神權與皇權融為一體，不可分割。”
在漢代今古經學、公羊學派、讖緯三者是不分家的。公羊家和穀梁家都主張尊王說、內魯說，即講大一統，講君臣父子，講華夷之辨。“景、武之世，董仲舒治公羊春秋，始推陰陽，為儒者宗。宣、元之後，劉向治穀梁春秋，數其禍福，傳以洪範，與仲舒錯。至向子歆治左氏傳。”公羊家以西漢董仲舒、眭弘和東漢何休為代表。《公羊傳》的思想直承《春秋》，側重於從《春秋》尊王攘夷思想延伸而成的“大一統”、“撥亂反正”觀點。西漢初年，以尊王為主體的春秋公羊思想，成為朝野的依據。而公羊學派在公羊學被立為學官之後，更是大大的擴張了勢力。董仲舒著《春秋繁露》，好言“天人感應”與“陰陽災異”，由是“讖緯”之學大興。漢宣帝時期，穀梁傳成為春秋的權威解釋，公羊學隨之沒落，曹魏時期大儒世家司馬氏登基後更是動搖了讖緯信仰。
唐代韓愈提出“道統”之說，《原道》認為“堯以是傳之舜，舜以是傳之禹，禹以是傳之湯。湯以是傳之文武周公，文武周公傳之孔子，孔子傳之孟軻。”韓愈又說：“孟軻師子思，子思之學，蓋出曾子。自孔子沒，群弟子莫不有書，獨孟軻氏之傳得其宗。”韓愈本人則以孟子繼承者自居，並自謙說：“韓愈之賢不及孟子。孟子不能救之於未亡之前，而韓愈乃欲全之於已壞之後。”。李翱說：“孔氏去遠，楊朱恣行，孟軻拒之，乃壞於成。戎風混華，異學魁橫，兄嚐辨之，孔道益明。”皮日休說：“千世之後，獨有一昌黎先生，露臂瞋視，詬於千百人內。其言雖行，其道不勝。苟軒裳之士，世世有昌黎先生，則吾以為孟子矣。”
自漢以來，儒家思想在絕大部分曆史時期是華夏的主流價值觀，但也有低迷時期。宋朝時道德神學為儒學主流，理學的天理是道德神學，同時成為儒家神權和王權的合法性依據，尊周敦頤、程顥、程頤、張載、邵雍為始祖，朱熹為集大成者，後取得元朝官方地位，但陸九淵與程朱不同，雖同屬理學但是同源不同流。元明時期，科舉考試都以朱熹的理學內容為考試題目，對華夏思想產生了很大的影響。如何吸收或拒斥佛教的思想，這是宋明理學家的一項核心工作。張載、程顥、程頤、朱熹、陸九淵、王陽明等大儒，長期研讀佛教，雖以“辟佛”標榜，卻飽受佛教的思想影響，宋明道學乃是儒佛會通的結果。
朱熹，字元晦，又字仲晦，號晦庵，晚稱晦翁，諡文，世稱朱文公。祖籍江南東路徽州府婺源縣，出生於南劍州尤溪。宋朝著名的理學家、思想家、哲學家、教育家、詩人，閩學派的代表人物，儒學集大成者，世尊稱為朱子。朱熹是非孔子親傳弟子而享祀孔廟，位列大成殿十二哲者中。 朱熹是程顥、程頤的三傳弟子李侗的學生，任江西南康、福建漳州知府、浙東巡撫，做官清正有為，振舉書院建設。官拜煥章閣侍製兼侍講，為宋寧宗皇帝講學。
朱熹著述甚多，有《四書章句集註》《太極圖說解》《通書解說》《周易讀本》《楚辭集註》，後人輯有《朱子大全》《朱子集語象》等。其中《四書章句集註》成為欽定的教科書和科舉考試的標準。
宋明時期另一支理學以陸九淵、王守仁為代表的唯心主義理學流派。
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