病患如果在腸中，就割除腸子病變部分，洗淨傷口和易感染部分，然後縫好腹部刀口，用藥膏敷上，四五天後，病就好了，不再疼痛。開刀時，病人自己並不感到疼痛，一個月之內，傷口便癒合複原了。
他所使用的“麻沸散”是世界史最早的麻醉劑。華佗采用酒服“麻沸散”施行腹部手術，開創了全身麻醉手術的先例。這種全身麻醉手術，在華夏醫學史上是空前的，在世界醫學史上也是罕見的創舉。
華佗在醫療體育方麵也有著重要貢獻，華佗創編了一種鍛煉方法，叫做“五禽戲”，一叫虎戲，二叫鹿戲，三叫熊戲，四叫猿戲，五叫鳥戲，也可以用來防治疾病，同時可使腿腳輕便利索，用來當作“氣功”。身體不舒服時，就起來做其中一戲，流汗浸濕衣服後，接著在上麵搽上爽身粉，身體便覺得輕鬆便捷，腹中想吃東西了。”他的學生吳普施行這種方法鍛煉，活到九十多歲時，聽力和視力都很好，牙齒也完整牢固。五禽戲是一套使全身肌肉和關節都能得到舒展的醫療體操。華佗認為“人體欲得勞動，但不當使極耳，動搖則俗氣得消，血脈流通，病不得生，譬如戶樞，終不朽也”。五禽戲的動作是模仿虎的撲動前肢、鹿的伸轉頭頸、熊的伏倒站起、猿的腳尖縱跳、鳥的展翅飛翔等。相傳華佗在許昌時，天天指導許多瘦弱的人在曠地上作這個體操。說：“大家可以經常運動，用以除疾，兼利蹄足，以當導引。體有不快，起作一禽之戲，怡而汗出，因以著粉，身體輕便而欲食”。
華佗是華夏曆史上第一位創造手術外科的專家，也是世界上第一位發明麻醉劑“麻沸散”及發明用針灸醫病的先驅者、創始人。“麻沸散”為外科醫學的開拓和發展開創了新的研究領域。
華佗在當時已能做腫瘤摘除和胃腸縫合一類的外科手術。他的外科手術，得到曆代的推崇。明代陳嘉謨的《本草蒙筌》引用《曆代名醫圖讚》中的一詩作了概括：“魏有華佗，設立瘡科，剔骨療疾，神效良多”。可見，後世尊華佗為“外科鼻祖”是名副其實的。
華佗生活的時代，是在東漢末年。那時，軍閥混亂，水旱成災，疫病流行，人民處於水深火熱之中。當時一位著名詩人王粲在其《七哀詩》裏，寫了這樣兩句：“出門無所見，白骨蔽平原”。目睹這種情況，華佗非常痛恨作惡多端的封建豪強，十分同情受壓迫受剝削的勞動人民。為此，他不願做官，寧願扞著金箍鈴，到處奔跑，為人民解脫疾苦。
華佗看病不受症狀表象所惑，他用藥精簡，深諳身心互動為用。華佗並不濫用藥物。華佗重視預防保健，“治人於未病”，觀察自然生態，教人調息生命和諧。但對於病入膏肓的患者，則不加針藥，坦然相告。
華佗不求名利，不慕富貴，使他得以集中精力於醫藥的研究上。《後漢書·華佗傳》說他“兼通數經，曉養性之術”，尤其“精於方藥”。人們稱他為“神醫”。他曾把自己豐富的醫療經驗整理成一部醫學著作，名曰《青囊書》，可惜沒能流傳下來。但不能說，他的醫學經驗因此就完全湮沒了。因為他許多有作為的學生，如以針灸出名的樊阿，著有《吳普本草》的吳普，著有《本草經》的李當之，把他的經驗部分地繼承了下來。至於現存的華佗《中藏經》，那是宋人的作品，用他的名字出版的。但其中也可能包括一部分當時尚殘存的華佗著作的內容。
華佗能批判地繼承前人的學術成果，在總結前人經驗的基礎上，創立新的學說。中國的醫學到了春秋時代已經有輝煌的成就，而扁鵲對於生理病理的闡發可謂集其大成。華佗的學問有可能從扁鵲的學說發展而來。同時，華佗對同時代的張仲景學說也有深入的研究。他讀到張仲景著的《傷寒論》第十卷時，高興地說：“此真活人書也”，可見張仲景學說對華佗的影響很大。華佗循著前人開辟的途徑，腳踏實地開創新的天地。例如當時他就發現體外擠壓心髒法和口對口人工呼吸法。最突出的，應數麻醉術—酒服麻沸散的發明和體育療法“五禽之戲”的創造。
利用某些具有麻醉效能的藥品作為麻醉劑，在華佗之前就有人使用。不過，他們或者用於戰爭，或者用於暗殺，或者用於執弄，真正用於動手術治病的卻沒有。華佗總結了這方麵的經驗，又觀察了人醉酒時的沉睡狀態，發明瞭酒服麻沸散的麻醉術，正式用於醫學，從而大大提高了外科手術的技術和療效，並擴大了手術治療的範圍。
《三國誌》評曰：“華佗之醫診，杜夔之聲樂，朱建平之相術，周宣之相夢，管輅之術筮，誠皆玄妙之殊巧，非常之絕技矣。昔史遷著扁鵲、倉公、日者之傳，所以廣異聞而表奇事也。故存錄雲爾。”
《後漢書》記載荀彧曾說：“佗方術實工，人命所懸，宜加全宥。”
華佗是華夏醫學史上為數不多的傑出外科醫生之一，他善用麻醉、針、灸等方法，並擅長開胸破腹的外科手術。外科手術的方法並非建立在“尊儒”的文化基礎上的中醫學的主流治法，在儒家的“身體發膚，受之父母”的主張之下，外科手術在中醫學當中並沒有大規模的發展起來。
中醫外科遠在漢代，就曾經達到過相當高的水平，但隨著時間的推移和中醫學在理論和實踐方法上的不斷進步，大部分的疾病都可以通過針灸、藥物等治療方法達到治癒的效果，而這些痛苦大、損傷重、傷經斷絡的外科方法就漸漸被更加“文明”和“簡便”的內治法取代了。在這種條件下，中醫學同樣得到了長足的發展，許多其它醫學不得不承認它超越的科學性和其理論的精妙深遠。
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