到宋初，有人托名古代師巫撰《顱囟經》二卷，談到了小兒脈法，病證診斷和驚癇、疳痢、火丹、雜證等的治療方法。錢乙對這部書反複研究，深有啟發，並用於臨床，收到療效。錢乙還藉助於《顱囟經》的“小兒純陽”之說的啟示，結合自己的臨床實踐在張仲景總結的辨證施治的基礎上，摸索出一套適應小兒用的“五髒辨證”法。因此，閻季忠對他“治小兒該括古今，又多自得”。
錢乙的“保養養生”法，被後代證實是科學而有實效的養生方法。錢乙曾說過：“欲得小兒安，常要三分饑與寒。”就是說，小兒髒腑嬌嫩，消化吸收功能還不健全，保持七分飽，髒腑就不容易受損，孩子不願意吃飯，不必追著喂飯，孩子餓了，自然有吃的意願。小兒元陽充足天性好動，如果衣服過暖，容易出汗受涼，導致傷風感冒，因此，讓小兒處於“七分暖”的環境中，不容易患咳嗽、哮喘等病。
以上方法也同樣適用於成人，錢乙主張飲食、穿衣不可太過，即：不可食之過飽，穿得過暖。精美之物或喜食之品不宜食之過多，因為偏食使人體對各種營養成分攝入不足，使人瘦弱。同時，食之太過會造成病患或過胖。
古代醫家稱小兒科做啞科，認為治小兒病最難。因幼小兒童還不能語言，即使能語言的兒童，亦往往詞不達意。錢乙通過四十餘年的醫療實踐，總結出了小兒的生理特點，並逐步摸索出一整套診治方法。錢乙在實踐中認識到，小兒的生理特點：“髒腑柔弱”、“五髒六腑，成而未全，全而未壯”。其病理特征：“易虛易產，易寒易熱”。所以，要攻克小兒病這道難關，必須對小兒的生理、病理有個正確而全麵的認識。
在診斷上，他主張從麵部和眼部診察小兒的五髒疾病，增加了“麵上證”與“目內證”兩種特殊的觀察方法。比如，他認為麵部“左腮為肝，右腮為肺，額上為心，鼻為脾，頦為腎”，可以從這幾部分的顏色變化上判斷孩子的病症。而觀察眼內“赤者，心熱。淡紅者，心虛熱。青者，肝熱。黃者，脾熱。無精光者，腎虛。”在處方用藥方麵，力戒妄攻、誤下與峻補，主張“柔潤”的原則。
錢乙學習時，“不名一師”，善於化裁古方，創製新方。如他的六味地黃丸。由熟地黃、山藥、山茱萸、茯苓、澤瀉、丹皮組成，原是張仲景《金匱要略》所載的崔氏八味丸，即八味腎氣丸的加減化裁，作六味地黃丸，用來當作幼科補劑。這對後世倡導養陰者起了一定的啟發作用。如金元四大家之一李東垣的益陰腎氣丸，朱丹溪的大補陰丸《丹溪心法》方。由黃柏、知母、熟地黃、龜板、獨脊髓組成，都是由此方脫化而來。因此，有人認為錢乙是開辟滋陰派的先驅。
此外，錢乙還創製了許多有效的方劑，如痘疹初起的升麻葛根湯，治小兒心熱的導赤散，由生地黃、甘草、木通組成，治小兒肺盛氣急喘嗽的瀉白散，即瀉肺散，由桑白皮、地骨皮、生甘草組成，治肝腎陰虛、目鳴、囟門不合的地黃丸，治脾胃虛寒、消化不良的異功散，治肺寒咳嗽的百部丸，直到治療寄生蟲病的安蟲散，使君子丸等等，迄今還是臨床常用的名方。
救治傷寒：一個姓朱的人，有個兒子五歲，夜裏發熱，白天無事，有的醫生作傷寒治，有的醫生作熱病治，用涼藥解表，始終治不好。病兒的症狀是：多涎而喜睡。別的醫生用鐵粉丸下涎，病情反而更重，至第五天，出現大渴引飲。錢乙說：不能用下法治。他於是拿白術散末一兩煎水三升，使病兒晝飲服。姓朱的問道：“飲多了不會瀉嗎?”錢乙答道：“不滲進生水在裏麵，是不會瀉的。縱使瀉也不足怪，隻是不能用下法治”。姓朱的人又問：“先治什麽病?”錢乙說：“止渴治痰、退熱清裏，都靠這味藥。”到晚上，藥估計服完，錢乙看看病兒，說：“可再服三升。”又煎白術散水三升，病兒服完，稍覺好些。第三日，又服白術散水三升，那個病兒再不作渴，也沒有流涎了。接著錢乙給其服兩劑阿膠散又名補肺散、補肺阿膠湯，由阿膠、牛蒡子、甘草、馬兜鈴、杏仁、糯米組成，病就完全好了。
錢乙在兒科學方麵的成就為後人稱許，而且對中醫辨證學、方劑學均有較大影響。他奠定了中醫史上兒科的專業地位。妙手仁心，一生旨在使“幼者無橫夭之苦，老者無哭子之悲”。闡釋了中醫醫道的博大與慈愛。他精通中醫的至高境界，望診，在中醫曆史有裏程碑式的地位。
錢乙行醫注重實踐，非常同情民間百姓的疾苦，而且他還非常善於總結在行醫實踐中得到的經驗和感受，形成規律性、理論性的東西。他提出小兒“五髒六腑成而未全，全而未壯，髒腑柔弱，易虛易實，易寒易熱”的理論，並在臨床應用四診望、聞、問、切時，十分重視“望”診。他對患者全身狀況均作詳細論述和描繪。對兒科常見的驚搐、瘡疹、水痘、天花、猩紅熱等病的鑒別診斷作了描述，提出多種有效療法。且能區分出幾種不同型別的黃疸，其中包括現代醫學所說的傳染性肝炎、腸寄生蟲病的發生和新生兒溶血性黃疸等疾病。根據“小兒為稚陽之體，陰氣未盛，陽氣柔弱”的特點，善用“柔潤方藥”。他擬訂的補瀉五髒的藥方，至今仍為醫家喜用。特別將《金匱要略》中的“腎氣丸”化裁製成“六味地黃丸”，更見其斟酌通變，動契精微的功力，給後世養陰學派以啟發。
錢乙博覽群書，深通古代五運天氣。青年時常夜宿東平王墓，觀察氣象，至“逾月不寐”。老年後更是手不釋卷。不因醫高才廣而有絲毫懈怠。他這種高尚的醫德和孜孜以求的治學精神，是值得後人學習和發揚的。
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