李時珍借用朱熹的《通鑒綱目》之名，定書名為《本草綱目》。嘉靖三十一年，著手編寫，至明萬曆六年三易其稿始成，前後曆時二十七年。因編著時間長，規模龐大，《綱目》一書，乃父乃子及弟子龐鹿門均參與編寫，次子建元為書繪圖，可謂以李時珍為主的一本集體著作。
《本草綱目》凡十六部、五十二卷，約一百九十萬字。全書收納諸家本草所收藥物一千五百一十八種，在前人基礎上增收藥物三百七十四種，合一千八百九十二種，其中植物一千一百九十五種；共輯錄古代藥學家和民間單方一萬一千零九十六則；書前附藥物形態圖一千一百餘幅。這部偉大的著作，吸收了曆代本草著作的精華，盡可能的糾正了以前的錯誤，補充了不足，並有很多重要發現和突破。
李時珍打破了自《神農本草經》以來，沿襲了一千多年的上、中、下三品分類法，把藥物分為水、火、土、金石、草、穀、萊、果、木、器服、蟲、鱗、介、禽、獸、人共十六部，包括六十類。每藥標正名為綱，綱之下列目，綱目清晰。書中還係統地記述了各種藥物的知識。包括校正、釋名、集解、正誤、修治、氣味、主治、發明、附錄、附方等項，從藥物的曆史、形態到功能、方劑等，敘述甚詳，豐富了本草學的知識。
李時珍在植物學方麵所創造的人為分類方法，是一種按照實用與形態等相似的植物，將其歸之於各類，並按層次逐級分類的科方法。李時珍將一千多種植物，據其經濟用途與體態、習性和內含物的不同，先把大同類物質向上歸為五部，即草、目、菜、果、穀為綱。部下又分成三十類如草部九類、木部六類、菜、果部各七類、穀五類是為目，再向下分成若幹種。不僅提示了植物之間的親緣關係，而且還統一了許多植物的命名方法。
李時珍感其時代的中醫脈學存有缺憾甚至謬誤繁多，便依其父李月池所著《四診發明》及曆史上其他多家脈論精華，於一五六四年編著成《脈訣》，即《瀕湖脈學》。
《瀕湖脈學》為李時珍所著，以號命書，是為“瀕湖脈學”。《瀕湖脈學》語言簡明，論脈清澈，不但把臨床複雜脈象總結歸納成基本的二十七種脈象，而且還把主要內容，即脈象、相類脈鑒別、脈象主病，皆以韻文歌括形式撰述，便宜誦記，因此上其書流傳深廣，曆來受醫家推崇。《瀕湖脈學》對中醫基礎理論研究和臨床實踐具有重大的指導意義，為中醫典範之作。
《奇經八脈考》，約撰於一五七七年，一卷。本書考證曆代文獻，對奇經循行和主病，詳加說明，且附已見。
軼事典故，雨湖傳說：李時珍出生那天，他的父親李言聞正在雨湖上打魚。平常運氣還不錯，這一次卻連下幾網都一無所獲，李言聞很喪氣。最後一網拉起來感覺沉甸甸的，心中暗喜，以為是條大魚，原來是一塊大石頭。李言聞歎道：石頭呀石頭，我與你無冤無仇，今日為何捉弄我？叫我愁上加愁。石頭突然也說話了：石頭呀石頭，前來賀喜不用愁。先生娘子快落月，不知先生有何求？原來這石頭就是雨湖神。李言聞急忙趕迴家，正好李時珍生下地，於是給他起名叫“石珍”。當晚李言聞又做了一個夢，夢見仙人鐵拐李前來道喜說：“時珍時珍，百病能診。做我高徒，傳我名聲。”
死人診活：一天，李時珍和大徒弟王廣和來到湖口，見一群人正抬著棺材送葬，而棺材裏直往外流血。李時珍上前一看，見流出的血不是淤血而是鮮血，於是趕忙攔住人群，讓抬棺材的人停下來，眾人聽了，麵麵相覷，不敢相信。李時珍看出了大家的心思，反複勸說，終於使主人答應開棺。先是進行了一番按摩，然後又在其心窩處紮了一針，不一會兒，就見棺內的婦人輕輕哼了一聲，醒了。不久之後，這名婦女又順利產下一個兒子，原來這名婦女是因難產而陷入假死。
活人診死：李時珍還可以“活人斷其死”的。一天，有家藥店老闆的兒子大吃大喝後，縱身翻越櫃台，請李時珍診脈，李時珍告訴他，小兄弟，你活不了三個時辰了，請趕快迴家去。眾人都不信，那個藥店老闆的兒子更是大罵不止。果不其然，不到三個時辰，這個人便死掉了。原來是此人吃飯過飽，縱身一跳，腸子斷了，內髒受損。。
曼陀羅花：有人說，北方有一種藥物，名叫曼陀羅花，吃了以後會使人手舞足蹈，嚴重的還會麻醉。李時珍為了尋找曼陀羅花，離開了家鄉，來到北方。終於發現了獨莖直上高有四五尺，葉像茄子葉，花像牽牛花，早開夜合的曼陀羅花，為了掌握曼陀羅花的效能，親自嚐試，並記下了“割瘡灸火，宜先服此，則不覺苦也”。證實了單獨使用大豆是不可能起解毒作用的，如果再加上一味甘草，就有良好的效果。
善對：李時珍自幼聰穎善對，還沒上學就跟著父親認熟了好多字。剛入學時，私塾先生望著被樹木環抱的遠山，出了上聯：“遠聲隔林靜。”李時珍當時雖然隻有八歲，但見朝霞分外明媚，過往旅客早已登程，便脫口對道：“明霞對客飛。”有位藥鋪主人，膝下有一個女兒，聰慧而美貌，為了給女兒選擇一個才華出眾的男子結為伴侶，決定用藥名作上聯征婚：“玉葉金花一條根。”許多求婚者望聯興歎。其中有一位姓馬的青年為人忠厚，隻是略欠文采，他不得不求李時珍幫忙。李時珍少年助人為樂，脫口對道：“冬蟲夏草九重皮。”鋪主見馬公子比較英俊，又交給他一副上聯，限一天對上。
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