相比較而言，“止”相當於“根本無分別智”，“觀”相當於“後得無分別智”，兩種智慧統一起來，既要靜坐禪定而入“心真如”，又不能限於定坐，還要普濟眾生超脫俗世。這種止觀雙修的主張，對後世天台宗和禪宗都有著積極的影響。
《大乘起信論》在華夏佛教史上的影響是廣泛而深遠的，對天台宗、華嚴宗、禪宗、淨土宗的影響尤為顯著。天台宗的“真如緣起論”就借鑒了《起信論》中的“如來藏緣起論”，天台宗三祖慧思的《大乘止觀法門》自始至終都在闡釋《起信論》中的思想，如講到“心生萬物”、“止觀法門”等觀點時，甚至直接引用《起信論》的一些原文來加以論證、闡述。《大乘起信論》對華嚴宗的影響就更顯著，華嚴宗的實際創始人法藏，就著有《大乘起信論義記》三卷和《大乘起信論義記別記》一卷，進一步闡釋並有所發揮《起信論》的思想觀點。華嚴宗直接繼承了《起信論》中的“法界緣起論”。華嚴宗五祖宗密在《原人論》中直接吸取《起信論》的“本覺”觀，甚至直接引用《起信論》原文來論證“空”，可見受其影響之大。禪宗和《起信論》都源於《楞伽經》，故《起信論》思想受禪宗重視並接受，是很自然的。禪宗五祖弘忍在《最上乘論》中提出一乘為宗，一乘就是一心，也就是《起信論》中的心如真門。六祖慧能也多處吸收《起信論》思想，如主張“自識本心，自見本性”，這裏的“本心”、“本性”就是《起信論》中所說的“本覺”；他所主張的“真如是念之體，念是真如之用”，就接近於《起信論》中的心真如門和心生滅門；他所提倡的“無念為宗”，就直接源於《起信論》的“若能觀察知心無念，即能隨順入真如門”的思想；在修行理論上，他還吸取《起信論》中的“一行三昧”等。
禪宗北宗創始人神秀所提的“五方便門”中第一門就是“離念門”，所謂“離念”就是離卻妄念有念，迴歸到心真如、即本覺境地，這種思想完全取自《起信論》。又因《起信論》強調“發心修行”，故對後世的淨土宗也有一定影響。由於《大乘起信論》影響很大，故對它進行的注釋很多，就多達三十餘種，其中最通行的是唐代法藏的《大乘起信論義記》。唐代玄奘還曾將它譯為梵文，流傳到印度，可惜已佚失。
《大乘起信論》翻譯於南朝梁代，即出現於北魏太武帝禁毀佛典事件之後，故在這次劫難中不可能有它；但《起信論》出現在北周之前，且影響很大，故它在北周禁佛事件中難以倖免，屬在禁之列。所幸《起信論》流傳很廣，在江南仍能安然無恙地通行，所以它能得以穿越綿遠的時間隧道，完整地出現在當今世人麵前。
《大乘起信論序》，揚州僧智愷作：夫起信論者，乃是至極大乘，甚深秘典，開示如理緣起之義。其旨淵弘寂而無相；其用廣大寬廓無邊。與凡聖為依，眾法之本；以其文深旨遠，信者至微；故於如來滅後六百餘年，諸道亂興，魔邪競扇，於佛正法，毀謗不停。時有一高德沙門，名曰馬鳴，深契大乘窮盡法性，大悲內融隨機應現，湣物長迷故作斯論，盛隆三寶重興佛日，起信未久迴邪入正，大乘正典複顯於時，緣起深理更彰於後代；迷群異見者，舍執而歸依，暗類偏情之黨，棄著而臻湊。自昔已來，久蘊西域，無傳東夏者。良以宣譯有時，故前梁武皇帝，遣聘中天竺摩伽陀國取經，並諸法師，遇值三藏拘蘭難陀，譯名真諦。其人少小博采，備覽諸經，然於大乘偏洞深遠。時彼國王應即移遣，法師苦辭不免，便就泛舟，與瞿曇及多侍從，並送蘇合佛像來朝。而至未旬，便值侯景侵擾，法師秀采擁流，含珠未吐，慧日暫停，而欲還返。遂囑值京邑英賢、慧顯、智韶、智愷、曇振、慧旻，與假黃鉞大將軍太保蕭公勃，以大梁承聖三年，歲次癸酉九月十日，於衡州始興郡建興寺，敬請法師敷演大乘，闡揚秘典，示導迷徒。遂翻譯斯論一卷，以明論旨。《玄文》二十卷，《大品玄文》四卷，《十二因緣經》兩卷，《九識義章》兩卷。傳語人天竺國月支首那等，執筆人智愷等，首尾二年方訖。馬鳴衝旨，更曜於時，邪見之流，伏從正化。餘雖慨不見聖，慶遇玄旨，美其幽宗，戀愛無已，不揆無聞，聊由題記，倘遇智者，賜垂改作。
《大乘起信論》原文，馬鳴菩薩造。梁西印度三藏法師，真諦譯。
歸命盡十方，最勝業遍知，色無礙自在，救世大悲者；
及彼身體相，法性真如海，無量功德藏；如實修行等。
為欲令眾生，除疑舍邪執，起大乘正信，佛種不斷故。
論曰：有法能起摩訶衍信根，是故應說。說有五分。雲何為五？一者、因緣分，二者、立義分，三者、解釋分，四者、修行信心分，五者、勸修利益分。
初說因緣分。
問曰：「有何因緣而造此論？」答曰：「是因緣有八種。雲何為八？一者、因緣總相：所謂為令眾生離一切苦，得究竟樂；非求世間名利、恭敬故。二者、為欲解釋如來根本之義，令諸眾生正解不謬故。三者、為令善根成熟眾生，於摩訶衍法，堪任不退信故。四者、為令善根微少眾生，修習信心故。五者、為示方便消惡業障，善護其心，遠離癡慢，出邪網故。六者、為示修習止觀，對治凡夫、二乘心過故。七者、為示專念方便，生於佛前，必定不退信心故。八者、為示利益，勸修行故。有如是等因緣，所以造論。」
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