隨著一位獨自旅行的、看起來溫和內向的年輕大學生海老名稔登船，預定的十位乘客（加上柯南是十一人）終於到齊。
服務生向詢問的管理人員解釋，最早到達的那位“忘了帶東西”的老先生其實已經返回船上，並在晚餐前先行休息，特意囑咐不要打擾。
這位老先生被介紹為一位海洋研究學家，名叫達才三。
“交響樂號”在夕陽的餘暉中，拉響了汽笛，緩緩駛離港口，奔向浩瀚無垠的太平洋，壯麗的景色讓乘客們心情舒暢。
小蘭模仿著電影《鐵達尼號》裏的經典場景，衝到船頭，張開雙臂對著大海吶喊：“Iamthekingoftheworld！”
引得毛利小五郎在一旁嘟囔，擔心地說：“電影看多了，要是沉船了怎麼辦？真是觸黴頭！”
而那位名叫磯貝渚的女青年，則獨自倚在欄杆旁，望著被夕陽染成金紅色的海麵，幽幽地說：“是啊，大海永遠都會隱藏一切……無論是痛苦的回憶，不安定的未來，甚至是……屍體一樣啊。”
她隨即意識到失言，連忙道歉：“真對不起，看我說到哪去了……我父親過去就是死在海裡，所以……”
這番帶著不祥氣息的低語，與眼前的美景形成了對比，為這次航行蒙上了一層揮之不去的陰影。
小蘭試圖驅散這壓抑的氣氛，說道：“說起來我們都得心懷感激，多虧了那個叫古川的人策劃了這次的旅行。”
接著，她分享了自己的發現：“其實我知道這個人是誰哦！剛才我不是撿了個印章嗎？剛好被我看到上麵刻了古川兩個字。柯南你也看到了吧？”
毛利小五郎恍然大悟，說：“哦，所以剛才你才會向那個傢夥道謝啊！”
“對，這不就清楚了嗎？剛纔拿著那個印章的人就是古川先生，他一定是想在晚餐的時候再表明身份，好給大家一個意外的驚喜呀！”小蘭興奮的說。
但磯貝渚卻皺起眉頭，提出了一個關鍵的矛盾點：“那就奇怪了啊，我剛才問過那個人的名字，他明明說他姓龜田啊。”
晚餐時間，乘客們陸續來到餐廳。
除了毛利一行人、鮫崎組長、磯貝渚、以及那位神秘的龜田先生外，還有幾位引人注目的乘客：
蟹江是久：一個眼神銳利、沉默寡言、身形高大的男子，透著一股精幹甚至危險的氣息。
鯨井定雄：一個看起來有些緊張、神經質，不停搓著手，眼神遊移不定的男人。
晚餐後，鮫崎島治將毛利小五郎拉到一處無人的角落，神情是前所未有的凝重。
他壓低了聲音，說出一個名字：“聽著，毛利……我上這艘船，是為了抓一個人——達才三。”
在接下來的對話中，鮫崎向毛利揭示了20年前那樁懸而未決的巨大懸案：
“黑影計劃師”達才三，是20年前“4億元強盜殺人案”的主謀。他以思維縝密、計劃周詳到令人髮指而聞名，作案時獨來獨往，且有一個不傷人的原則。
然而，在20年前那起最後的劫案中，他卻意外地殺死了一個人。案發後，警方隻在海邊發現了他的帶有彈孔和血跡的衣物，從此他便人間蒸發，被普遍認為已經死亡。”
“但是，”鮫崎組長目光如炬，斬釘截鐵地說，“我堅信他還活著！而且，他就化名‘古川大’，住在這艘船的101號房！”
他之所以如此肯定，並在這個“特別的日子”出現在這裏，是因為一個迫在眉睫的、無法逆轉的期限——當晚午夜12點，將是這起4億元強盜殺人案法律追訴期的截止時刻。
一旦時鐘走過12點，即使找到了達才三，法律也無法再就這起案件對他進行製裁。
更關鍵的是，鮫崎組長指出，雖然達才三本人即將逃脫法網，但他的三名同夥卻仍未脫離法律追訴期。
隻要能找到達才三，就有可能順藤摸瓜，揪出那三名同夥，追回部分贓款。
鮫崎組長甚至強烈懷疑，那三名同夥可能也已經混上了這艘船。
就在鮫崎與毛利緊張地展開搜尋時，服部平次——這位來自關西的高中生偵探——也現身於甲板。
他與柯南、小蘭的相遇，揭示了另一條線索。
平次表示，他之所以會上船，並非因為電視猜謎，而是因為在一週前收到了一封附有10萬舊鈔、署名“古川大”的神秘委託信，請他到小笠原調查一件案子。
他覺得事有蹊蹺，本想找毛利大叔商量卻聯絡不上，於是決定上船一探究竟，並將錢歸還原主。
至此，兩位偵探——工藤新一（柯南）與服部平次——因同一股神秘力量而齊聚“交響樂號”，他們都意識到，這次旅行是一個精心設計的局，背後必然隱藏著巨大的陰謀。
時間緊迫，鮫崎組長和毛利小五郎立刻前往101號房。然而，敲門無人應答，強行開啟房門後，裏麵卻是空空如也，床鋪整齊，毫無任何近期有人居住過的痕跡。
達才三彷彿從未存在過。鮫崎組長不甘地捶打牆壁，怒吼道：“他真的住在這間房間，我說這點絕對不會錯的！”
他讓毛利負責上層，自己則衝到下層甲板繼續尋找。
與此同時，為了不引起恐慌並觀察乘客，服部平次、小蘭和柯南則與幾位乘客——鯨井定雄、蟹江是久、龜田照吉以及海老名稔——在休息室玩起了撲克牌。
牌局中，柯南和平次都敏銳地注意到，鯨井定雄表現得異常緊張。
他不時地看錶，對時間的流逝顯得極度焦慮，額頭上甚至滲出了細密的汗珠。
當平次似笑非笑地問他：“我說你知道現在幾點了嗎？……我發現你好像一直很在意時間啊，是不是有什麼事呀？”
鯨井隻是含糊地搪塞：“呃，因為明天呢是一個很重要的日子……”他的反常舉止，與其他看似悠閑的乘客形成了鮮明對比。
時間一分一秒地流逝，距離午夜12點越來越近。鮫崎組長和毛利小五郎的搜尋一次次無功而返，他們找遍了船艙、甲板、機房，詢問服務生，卻得不到任何關於達才三的有效線索。
當時鐘的指標無情地劃過12點，宣告法律追訴期正式結束時，鮫崎組長頹然地靠在酒吧的椅子上，臉上寫滿了20年追捕付諸東流的絕望、不甘與深深的疲憊。
他苦笑著對毛利說：“毛利，我們再也不能夠碰這件案子了……這樣說起來，我在兩年前就辭了刑警的工作，早就沒這個資格了。”
空氣中瀰漫著功敗垂成的沉重氣氛。兩人決定借酒澆愁，試圖麻痹這巨大的失落感。
然而，就在這看似一切已然落幕，罪惡即將被時間赦免的時刻，真正的、血腥的序幕才剛剛拉開。
午夜12點08分，一聲清脆得令人心悸的槍響，猛地撕裂了海上寧靜的夜空！
所有人都被這聲槍響驚動，紛紛沖向甲板。
眾人隻看到:輪船旁的其中一條救生艇燃起了熊熊大火，而火焰中隱約浮現一個人影，是龜田，。
有一張舊鈔票，被一把匕首定在船的圍欄上。上麵寫著一行觸目驚心、彷彿來自地獄的字句：
“海神波塞頓又賦予了我性命，我的影子也將再度復活。”
“黑影計劃師”達才三的犯罪宣言，以最血腥、最直接的方式，重現人間！
混亂尚未平息，接二連三的爆炸聲再次從船尾傳來！
眾人趕到現場，隻見救生艇和重要的通訊裝置在爆炸中化為碎片和火焰。
“交響樂號”的動力係統受損，瞬間成了一座漂浮在茫茫大海上的、與外界完全失去聯絡的孤島。恐慌如同瘟疫般在剩餘的乘客中蔓延。
就在毛利、鮫崎努力維持秩序，組織滅火和檢查損失時，第二個悲劇悄然而至。
蟹江是久被發現死在了機房附近，他是中槍身亡。
現場同樣發現了舊鈔。
調查中，柯南和平次憑藉敏銳的觀察力，發現蟹江的屍體上有被太陽曬出的泳褲痕跡，但肩膀處卻有一塊不自然的白皙麵板。
這關鍵的細節暗示，他生前曾長時間穿著某種遮住肩膀的製服（例如船長的製服）。
結合兩個現場的線索，柯南與平次通過默契的配合與推理，逐漸揭開了第一個案件的驚人真相。
他們向眾人（主要由毛利小五郎轉述）揭示：
最初在甲板上被燒焦的屍體，其實並非鯨井定雄，而是蟹江是久！
兇手（即鯨井定雄本人）利用了一個“金蟬脫殼”之計。
他先殺害了龜田照吉和蟹江是久，然後為龜田換上蟹江的衣服、戴上自己的手錶，並點燃屍體，讓所有人先入為主地認為“蟹江”已經死了。
然後，他繼續隱藏在暗處，伺機進行接下來的計劃。
而那張寫有字的鈔票，正是他自己留下的，為了將警方的視線引向“復活”的達才三，混淆視聽。
這個計劃的目的是什麼？隨著調查的深入，20年前的真相被一點點拚湊起來。
原來，當年的4億元劫案，達才三確實有四位同夥：鯨井定雄、蟹江是久、龜田照吉以及磯貝渚的父親（達才三）。
在最後分贓時，這四人見財起意，違背了達才三“不殺人”的原則，企圖殺害他以獨佔钜款。
他們向達才三開槍，墜海身亡。
而這三人則帶著贓款各自逃亡，相互猜忌，度過了20年膽戰心驚的逃亡生涯。
然而，推理並未結束。
鯨井是兇手，並且殺害同夥蟹江和龜田的動機，顯然是為了獨吞剩餘的贓款，並徹底擺脫過去的陰影。
一開始眾人陷入誤區，都以為不見了的蟹江是久纔是殺害龜田的兇手。
那麼蟹江人呢？在眾人說話之際，從船板處突然被人扣下扳機，鯨井被射中了肩膀。
等到眾人趕到時，隻看到已經用槍自殺的蟹江是久。大家都以為西江19是準備在殺害鯨井之後，在無處可逃之際絕望自殺。
就在眾人思考鯨井藏身之處時，船尾再次傳來喧嘩——放置緊急用救生艇的箱子著火了！
火勢兇猛，而在那熊熊烈焰之中，隱約可見一個人影正在掙紮！
“啊，糟了！有人！有個人在火裏麵！”有人驚叫道。
眾人奮力滅火，最終在火勢被控製後，在燒毀的救生艇箱子殘骸中，發現了一具已被燒得麵目全非的屍體。
通過殘存的衣物和隨身物品，確認這具屍體正是鯨井定雄。
那麼，是誰殺了鯨井？是誰完成了這最後的復仇？
柯南與平次將所有的線索彙集在一起：對20年前往事的深刻瞭解、策劃整個旅行團的周密、利用舊鈔和“古川大”之名將相關者聚集、以及對那四位背叛者刻骨的仇恨……所有的矛頭，都指向了那個看似最不可能、也是最被忽視的人。
在眾人驚愕的目光中，真相被揭露：
真正的幕後策劃者與最後的兇手，正是那位磯貝渚——！
而她的真實身份，是達才三的女兒。
20年前，她父親被同夥背叛“殺害”後，她和母親背負著“罪犯家屬”的汙名，生活陷入了無盡的痛苦、貧困與絕望之中，母親最終也鬱鬱而終。
她活著的唯一目的，就是為父親復仇，讓所有背叛者付出代價。
她精心策劃了這次“交響樂號”之旅，利用父親的舊日名聲和他們對贓款的貪念，將當年參與背叛的三個同夥——鯨井、蟹江、龜田——全部聚集到船上。
她先利用鯨井的貪婪和恐懼，與他合作實施了“身份互換”的詭計，實則是為了利用他殺死蟹江，並最終將他引入自己設下的死亡陷阱——那個著火的救生艇箱子。
而她本人，則親手殺死了龜田照吉。
在一切真相大白之時，磯貝渚（達才三之女）站在船舷邊，身上綁滿了炸藥，意圖與這艘承載著她痛苦回憶和復仇罪業的船同歸於盡。
她的仇恨已經得到了宣洩，但內心也隻剩下無盡的空虛和絕望，她認為自己是“黑影”的女兒，註定無法活在陽光之下。
關鍵時刻，小蘭的話語穿透了她冰冷的絕望。
小蘭對她說：“你和你父親，其實一直都在逃避吧？逃避著彼此真正的感情。”
鮫崎組長也補充了搜查到的資訊：磯貝渚的母親在臨終前，曾收到過一筆來自無名氏的巨額匯款。這顯然是隱姓埋名的達才三，在暗處對妻女無聲的守護與懺悔。他並非完全冷酷無情的罪犯，他對家人懷有深刻卻無法直麵感情。
最終，在眾人（尤其是小蘭充滿同理心的勸說）和父親可能尚在人間、並以自己的方式愛著她們這一絲微弱卻溫暖的希望感召下，海老名稔放棄了自爆的念頭，淚水決堤，被警方控製。交響樂號事件，最終以一場慘烈的復仇悲劇畫上了句號。
20年前的陰影，最終以這樣的方式消散。法律雖然因追訴期已過無法製裁達才三本人，但仇恨的連鎖反應卻吞噬了他的女兒和所有當年的背叛者。
柯南與平次站在晨曦微露的甲板上，望著逐漸恢復平靜、彷彿能吞噬一切秘密的大海，心中充滿了對人性複雜與命運無常的沉重思考。海浪依舊拍打著船身，但糾纏了二十年的恩怨情仇，終於隨著“交響樂號”的艱難返航，緩緩沉入了記憶的深海。
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