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當觀察係統再次啟動時，畫麵已經轉移到了位於東京灣的一座廢棄倉庫。這裡是李修遠的真正實驗基地，遠比那個被警方突襲的K.S.實驗室要宏大得多。
＂實驗即將進入最終階段。＂他站在實驗台前，看著監控畫麵上的小蘭，＂二十年前失敗的M計劃，終於要完成了。＂
但就在這時，一個冰冷的聲音從背後傳來：＂你太過分了，李修遠。＂
來者穿著黑色風衣，戴著墨鏡，渾身散發著危險的氣息。這是獵人組織的高層——代號＂黑鴉＂的男人。
＂過分？＂李修遠笑了，＂這不正是組織想要的結果嗎？一個完美的記憶同步係統，能夠將任何知識和技能都完美複製。＂
＂但不是以這種方式。＂黑鴉說道，＂你利用警視廳的舊案吸引注意，還把工藤新一捲了進來。這已經超出了實驗的範圍。＂
＂有趣。＂李修遠轉過身，＂所以現在連組織也開始瞻前顧後了嗎？＂
監控畫麵中，小蘭和柯南已經被轉移到了一處安全屋。雖然暫時躲過了那些實驗體的追捕，但更大的危機正在逼近。
林大運通過觀察係統看著這一切：＂係統，獵人組織這是要內訌了？＂
＂分析顯示：目標的行為已經威脅到了組織的利益。但更重要的是，他似乎在進行某種秘密實驗，連組織高層都不知情。＂
確實，實驗室深處還有一個隱藏區域。那裡的裝置比外麵還要先進，似乎是為了某個特殊目的而準備的。
＂你以為我不知道嗎？＂黑鴉冷冷地說，＂你在研究跨世界意識同步。這已經遠遠超出了組織的底線。＂
＂底線？＂李修遠突然大笑起來，＂彆說笑了。記憶同步隻是第一步，真正的實驗現在纔要開始。＂
他按下一個按鈕，實驗室的牆壁突然裂開，露出裡麵的真容。數十個培養艙整齊排列，每個艙內都漂浮著一個人影。他們身上佈滿電極，大腦裡植入了某種精密的裝置。
＂這些都是失敗品。＂李修遠說，＂但小蘭不一樣。她是最完美的實驗體，能夠完全接收其他世界的意識。＂
＂你瘋了！＂黑鴉終於變了臉色，＂這種程度的實驗會引發世界崩潰！＂
＂崩潰？不，是進化！＂李修遠的眼神中閃爍著瘋狂的光芒，＂等到所有的界限都被打破，當意識可以在世界間自由流動，那纔是真正的飛躍！＂
林大運突然想起了什麼：＂係統，難道他是想......＂
＂警告：檢測到極其危險的能量波動。目標似乎在試圖建立某種跨世界的意識網路。這種行為可能會導致嚴重的時空紊亂。＂
就在這時，黑鴉突然掏出一把造型奇特的手槍。那不是普通的武器，而是某種能量武器。
＂很遺憾。＂他說，＂組織決定終止你的實驗。＂
但李修遠的表情依然平靜：＂是嗎？那你最好先看看這個。＂
他開啟另一個螢幕。畫麵上顯示著小蘭此時的狀態——她的瞳孔在劇烈收縮，身體不受控製地顫抖，就像是要被某種力量撕裂一樣。
＂實驗已經開始了。＂李修遠說，＂如果強行中斷，後果不堪設想。＂
＂你！＂黑鴉咬牙切齒。
＂更重要的是，＂李修遠繼續說，＂你確定組織真的要這麼做嗎？要知道，我現在掌握的技術，可比那些低階的記憶同步要先進得多。＂
他說著，按下了另一個按鈕。實驗室深處的裝置突然啟動，一股奇特的能量波動開始擴散。那些培養艙裡的人影突然同時睜開眼睛，就像提線木偶一樣詭異。
＂看到了嗎？＂李修遠得意地說，＂完全同步的意識網路。隻要我願意，隨時都能讓他們共享記憶和意識。這纔是真正的進化！＂
＂住手！＂黑鴉開始瞄準，＂你會毀了一切！＂
但就在這千鈞一髮之際，一個意外的聲音突然響起：
＂真相已經大白了。＂
李修遠和黑鴉同時轉頭，看到柯南不知何時已經站在門口。他的表情異常冷靜，藍色的眼睛中閃爍著銳利的光芒。
＂工藤新一......＂李修遠眯起眼睛，＂你是怎麼找到這裡的？＂
＂很簡單。＂柯南推了推眼鏡，＂從你模仿的那些案件來看，perpetrator顯然對警視廳的內部結構很熟悉。而能在這片區域建立如此大規模的實驗室，必須有組織的支援。＂
＂有意思。＂李修遠笑了，＂不愧是名偵探。那你一定也推理出我的真實目的了吧？＂
＂當然。＂柯南說，＂你根本不是在完善記憶同步技術，而是想要建立一個跨越世界的意識網路。通過這個網路，你就能操控所有被植入裝置的人。＂
李修遠突然鼓起掌來：＂精彩的推理！不過，你覺得現在說這些還有意義嗎？＂
他開啟通往培養區的大門：＂要不要看看你的青梅竹馬現在的樣子？那些混亂的記憶正在把她的意識撕碎，很快她就會成為我的收藏品之一......＂
砰！
話音未落，一聲槍響突然在實驗室內迴盪。黑鴉扣動了扳機，一道藍色的能量光束直奔李修遠胸口。
但李修遠的反應更快。他按下手腕上的裝置，整個人突然變得透明起來，能量光束直接穿透了他的身體。
＂冇用的。＂他得意地說，＂這具身體早就被改造過了。＂
林大運看著這一幕，突然明白了什麼：＂係統，他該不會是......＂
＂分析完成：目標的身體已經完全機械化，甚至可能不再是人類。這就是他能在不同世界間穿梭的原因。＂
就在這時，實驗室的警報突然響起。數十個培養艙同時發出刺耳的警告，能量讀數急劇攀升。
＂不好！＂黑鴉臉色大變，＂係統要失控了！＂
＂不，是進化。＂李修遠瘋狂地笑著，＂來吧，讓這個世界也嚐嚐超越界限的滋味！＂