安全返回住所後，沈恪立刻讓人將兩名俘虜押入密室，親自負責審訊。他將搜出的密信放在二人麵前，厲聲質問道：“你們與魏忠賢勾結後金，通敵叛國，證據確鑿，還敢狡辯嗎？從實招來，你們的身份是什麽？魏忠賢還有哪些陰謀？”在確鑿的密信與沈恪的威嚴震懾下，兩人心理防線徹底崩潰，再也無法抵賴，紛紛如實招供。原來那名錦袍男子，並非尋常官員，而是魏忠賢的核心餘黨、前錦衣衛指揮僉事劉若愚，此人常年跟隨魏忠賢，掌握著閹黨的諸多核心秘密；而那貨郎則是劉若愚的心腹親信，專門負責傳遞魏忠賢與後金之間的密信。
沈恪連夜整理好二人的供詞，又將密信、俘虜身份等證據一一梳理清楚，裝訂成冊。次日天剛矇矇亮，他便帶著這些證據，急匆匆地前往秦嫣的住處，與秦嫣匯合後，一同趕往工部衙門，找到工部左侍郎王佐。沈恪將昨晚截獲密信、抓獲俘虜的經過，以及二人招供的內容，一五一十地向王佐稟報。王佐聽完，氣得渾身發抖，猛地一拍桌案，怒聲罵道：“魏忠賢這個奸賊！狼子野心，竟如此膽大包天，做出通敵叛國這等豬狗不如的事情！老夫絕不能容忍他危害大明江山！定要在陛下麵前參他一本，將他繩之以法！”
三人商議片刻，一致認為此事關乎重大，刻不容緩，必須立刻入宮麵聖，將證據呈給天啟帝，請求陛下下旨嚴懲魏忠賢。商議既定，三人當即帶著證據與供詞，動身前往皇宮。此時的天啟帝正在乾清宮內興致勃勃地擺弄著自己新做的木匠活，手中拿著刻刀，專注地雕琢著一件木擺件。太監總管王承恩上前稟報，稱沈恪、王佐與秦嫣有要事求見，且神色急切。天啟帝聞言，停下手中的活計，心中略感詫異，隨即吩咐道：“宣他們覲見。”
沈恪、王佐與秦嫣三人進入乾清宮內，見到天啟帝，當即跪倒在地，行過大禮後，沈恪雙手高舉證據冊，高聲奏道：“陛下，臣等有要事啟奏！魏忠賢狼子野心，暗中與後金勾結，密謀顛覆大明江山，罪大惡極，懇請陛下嚴懲！這是魏忠賢通敵的密信、同黨的供詞，皆是鐵證，恭請陛下過目！”
天啟帝聞言，臉上的輕鬆神色瞬間褪去，眉頭緊鎖，示意王承恩將證據冊呈上來。他拿起密信仔細檢視，越看臉色越陰沉，到最後，臉色已然鐵青一片，手中的密信被捏得皺成一團。他萬萬沒有想到，自己曾經極為信任、委以重任的魏忠賢，竟然會背叛自己、背叛大明，做出通敵叛國這等大逆不道的事情。天啟帝深吸一口氣，強壓著心中的怒火，聲音帶著抑製不住的顫抖與憤怒，問道：“這些證據……確鑿嗎？不會有什麽差錯吧？”
“陛下，證據確鑿，絕無半分差錯！”王佐連忙上前一步，躬身奏道，“抓獲的兩名同黨劉若愚與貨郎，已在臣等麵前如實招供，詳細供述了與魏忠賢勾結後金的全部過程。此外，東林黨也收集到了魏忠賢餘黨在各地活動的諸多罪證，與此次截獲的密信、供詞相互印證，足以證明魏忠賢通敵叛國的罪行屬實，無可辯駁！”
就在天啟帝震怒不已、沉思之際，殿外突然傳來一陣嘈雜的喧嘩聲，伴隨著太監的阻攔聲：“魏公公，陛下正在議事，您不能進去！”話音未落，魏忠賢便帶著一群身著官服的閹黨餘孽，不顧太監的阻攔，強行闖入了乾清宮。他一進殿，便“撲通”一聲跪倒在地，膝行幾步來到天啟帝麵前，聲淚俱下地哭喊著：“陛下！臣冤枉啊！這都是沈恪和東林黨人惡意陷害臣！他們嫉妒臣深得陛下信任，又見臣近日稍有複起之機，便編造謊言、偽造證據，想要置臣於死地，還請陛下為臣做主啊！”
被押在殿外等候的劉若愚和貨郎，聽到魏忠賢的哭喊聲，像是抓住了救命稻草一般，立刻也跟著哭喊起來，當場翻供：“陛下，臣等冤枉啊！這一切都是沈恪和東林黨人搞的鬼！他們對臣等嚴刑逼供，用各種酷刑折磨我們，我們實在受不了，才被迫編造出這些謊言！那封密信也是他們偽造的，根本不是魏公公寫的！”
沈恪見魏忠賢顛倒黑白、惡人先告狀，還指使同黨翻供，心中怒火中燒，猛地站起身，怒聲道：“魏忠賢，你休要狡辯！人證物證俱在，密信上有你的私人印章，供詞是你同黨親筆所畫押，這些都是鐵一般的證據，你還想抵賴不成？你勾結後金、通敵叛國，妄圖顛覆大明，如此滔天罪行，難道還想蒙騙陛下嗎？”
“陛下明鑒！”魏忠賢不停磕著頭，額頭都磕出了血印，哭喊道，“陛下，沈恪所言全是汙衊！他負責研發火器，耗費了朝廷大量的內帑銀，卻遲遲未能大規模量產裝備軍隊，如今怕陛下怪罪他辦事不力，便想嫁禍於臣，轉移陛下的視線，掩蓋他自己的失職之罪啊！臣對陛下忠心耿耿，對大明絕無二心，怎麽可能通敵叛國呢？”跟隨魏忠賢一同闖入的閹黨餘孽也紛紛跪倒在地，齊聲為魏忠賢求情，稱沈恪與東林黨人是故意陷害。
一時間，乾清宮內亂作一團，沈恪、王佐、秦嫣一方與魏忠賢及其黨羽相互爭執，各執一詞，吵得不可開交。天啟帝看著眼前混亂的景象，聽著雙方的爭辯，心中也泛起了嘀咕。他雖憤怒魏忠賢可能存在的背叛行為，但魏忠賢多年伺候在他身邊，平日裏極為殷勤周到，深得他的信任與依賴，心中難免仍有一絲不忍與猶豫。他皺著眉頭，眼神在雙方之間來回掃視，一時難以決斷。
王佐見狀，知道不能讓天啟帝被魏忠賢的花言巧語矇蔽，連忙上前一步，大聲奏道：“陛下，魏忠賢所言純屬無稽之談，顛倒黑白！沈侍郎研發的改良鳥銃，在錦州保衛戰中立下了赫赫戰功，成功擊退了後金大軍，這是前線將士有目共睹的事實！如今新研發的神威大將軍炮也已試製成功，威力遠超舊製火炮，很快便能量產裝備軍隊。至於研發火器所用的內帑銀，每一筆支出都有詳細的賬目記錄，由工部與戶部共同監管，有據可查，絕無半分浪費與挪用之舉！魏忠賢這是在混淆視聽，妄圖逃脫罪責！”
秦嫣也上前躬身奏道：“陛下，東林黨願以全族性命擔保，此次呈給陛下的所有證據，句句屬實，絕無半分偽造！魏忠賢及其黨羽盤踞朝廷多年，陷害忠良、貪汙受賄、欺壓百姓，早已天怒人怨，如今又做出通敵叛國這等滔天大罪，若不及時嚴懲，必成大明的心腹大患，危及江山社稷！還請陛下明察秋毫，速速下旨，將魏忠賢及其黨羽繩之以法，以正朝綱，以安民心！”
天啟帝聽著王佐與秦嫣的奏報，又看了看手中的密信與供詞，再想起魏忠賢平日裏的種種行徑，心中的猶豫漸漸消散，終於下定決心。他猛地一拍龍椅，沉聲道：“夠了！都不要再吵了！”殿內瞬間安靜下來，所有人的目光都集中在天啟帝身上。天啟帝眼神威嚴地掃過魏忠賢及其黨羽，厲聲下令：“傳朕旨意，將魏忠賢、劉若愚等人即刻打入天牢，交由三法司嚴加審訊！務必徹查清楚所有真相，不管涉及何人，都要嚴懲不貸，絕不姑息！”
“陛下英明！”沈恪、王佐、秦嫣三人齊聲叩謝。魏忠賢聽到聖旨，如遭雷擊，瞬間癱倒在地，麵如死灰，眼神中充滿了絕望。他知道，天啟帝既然已經下旨將他打入天牢，交由三法司審訊，以他所犯的罪行，必然是死路一條，這次是徹底完了。跟隨他一同闖入的閹黨餘孽也嚇得渾身發抖，再也不敢替他求情，紛紛跪倒在地，祈求天啟帝寬恕。