此時的秦王李世民身兼數職，威望勢力直逼太子李建成，功高震主難免被猜忌。平定洛陽後，李世民拒絕了奉命前來有非分之請的貴妃等人，秦王部屬又多次與後宮親屬產生摩擦。秦府上下對後宮已多有得罪。反之太子齊王與後宮妃嬪時常往來，經常聯合在高祖麵前讒害李世民。眼見多次在外浴血征戰的丈夫與皇帝疏遠，又為太子齊王所嫉，秦王妃直接出麵緩和矛盾。她常常在宮中出入，孝順高祖李淵，同後宮妃嬪交往，以彌補丈夫與皇帝的嫌隙，在後宮中為丈夫存留助力。在尚書右仆射蕭瑀和太子少保李綱等人的鼎力支援下，高祖李淵最終沒忍心對李世民下死手。秦王妃長孫氏等人同心影助為秦府的絕地反擊贏得了寶貴的備戰時間。正如曆史上無數次的皇權鬥爭一樣，兄弟反目終於決裂。
武德二年末因劉文靜事件，高祖已冰封過秦王。隻因內外戰事不斷，唐廷必須仰仗秦王武功，不得不在每次戰事吃緊時，一次複一次地啟用李世民，而事平之後對戰功越發顯赫的李世民猜忌更重。武德末期，皇帝猜忌日重，太子齊王日漸緊逼，李世民的處境更加艱難。在武德七年六月楊文幹事件，秦府與太子齊王兩敗俱傷之後，雙方爭鬥進入白熱化。
同年七月突厥再度寇邊，情勢危急，太子齊王與多數大臣紛紛讚同遷都，唯獨李世民直諫，認為夷狄之患不足為懼，請求出征討伐突厥。高祖聽從了他的請求，但是太子與後宮妃嬪卻乘機進讒言誣陷李世民謀掌兵權以篡位。高祖再起疑心。之後高祖在城南狩獵，太子將一烈性胡馬授予秦王妄圖摔死秦王，秦王馴馬後完好無傷答以“死生有命”，太子借機令後宮妃嬪妄言“天命”誣陷秦王。高祖大怒，但礙於邊境不寧，缺不了李世民這軍事奇才，不得不按下此事。一計不成再生一計，太子於東宮設宴欲用毒酒加害李世民，不成。又和齊王策劃在昆明池暗殺李世民，並乘機逼宮。幸得率更丞王晊得知陰謀並將此事告知李世民。
經過一係列的事件，持續加劇著秦王府與東宮間的矛盾。秦王妃長孫氏沒有放棄彌縫。然而麵對丈夫及其部屬遭遇的不公和打擊，長孫氏越發警醒地意識到擺脫困境的緊迫感。此時的秦王妃長孫氏沒有退縮，義無反顧地站在丈夫身後，和胞兄長孫無忌及房玄齡等秦王府僚共同給予丈夫毫無保留的支援。武德九年六月三日，金星再次白天出現在天空正南方的午位，當高祖將傅奕密奏“秦王當擁有天下”告知李世民，處於生死存亡之際的李世民下定了決心。
六月四日淩晨，李世民率領秦王府八百將士在玄武門設伏。通常站在丈夫身後的長孫氏出人意料地出現在了丈夫身旁，從容勉勵將士。將士們無不感激秦王妃的親自慰勉，因此更奮發無畏。妻子無所畏懼地生死相隨不離不棄，更激勵著丈夫李世民。玄武門之變以秦王的完勝而告終。三天後的六月七日李世民被立為皇太子，長孫氏隨之成為太子妃，八月八日李世民登基為帝，並在登基後十三天冊封長孫氏為皇後，從此明君賢後，交相輝映。
長孫皇後喜愛看書籍圖傳，即便是梳妝打扮時也手不釋卷。成為皇後後依然如此。經常與丈夫一起地共執書卷，談古論今，從容以對，發表獨特見解，對丈夫與朝政大有裨益。唐太宗對長孫皇後一向愛重。登基之後，對長孫家族常常恩遇逾製。
長孫皇後深以盈滿為誡，說服胞兄讓位，在太宗恩準下，長孫無忌得以閑職高薪退避宰執之位。長孫皇後還利用自身對丈夫的影響力來護慰朝廷賢良，匡正丈夫的過失。長孫皇後一方麵欣賞“庇護”著魏徵那些敢於直言的忠臣，另一方麵也在不斷地提醒著李世民要行仁政。她以女性特有的力量在男權至上的封建社會發揮著獨特的作用，輔佐皇帝丈夫，使得初唐出現了有利的政治局麵。
君明後賢臣直，文治武功，春風和睦，親切包容。大唐初期迎來了它令後世魂縈夢繞的理想境界“貞觀之治”。
貞觀八年，長孫皇後陪同太宗在九成宮避暑期間，身染重疾。皇太子請求大赦並度人入道，為妻子健康憂慮的唐太宗立即應允，但遭到長孫皇後的堅決反對，無奈唐太宗隻好請普光寺法師曇藏入宮為妻子祈福，或是天子誠意所致，長孫皇後病情旋及康複。
貞觀九年，皇太子李承乾納妃蘇氏。然而喜悅之後卻連線著悲傷，此後接踵而來的生身母親趙國太夫人的薨逝以及太上皇李淵的駕崩，給長孫皇後和李世民這對夫妻又一次沉重打擊。雙重喪期的哀痛，誘發了長孫皇後早年罹患並時常發作的氣疾，次年，病勢加重，藥石皆不見效。
早年，太宗駕幸太原，長孫皇後生病，他曾親自到石壁寺禮謁禪師，並解眾寶名珍，為妻子供養啟願。於是太宗決定再次求助於佛家。貞觀十年四月，李世民下詔修複天下名勝古寺三百九十二座為皇後祈福，著名的善寂寺，修定寺便在此列。雖然太宗期待佛家的福祉能夠又一次給妻子帶來好運，但是，幸運沒有再次眷顧。
貞觀十年六月己卯，長孫皇後崩逝於太極宮立政殿，終年三十六歲。太宗悲傷不已，遵從皇後遺願，營山為陵，是為昭陵。縱觀長孫皇後的一生，她與太宗從少年結發，一起互相扶持，走過了二十三載。於情伉儷情深，於政相輔相成。“一與之齊，終身不改。”
長孫皇後禦下平和，從不無故令人有冤。太宗長年行軍打仗，脾氣難免急躁。後廷之人常因小事觸怒太宗。長孫皇後深諳太宗脾性，總能讓在氣頭上的丈夫熄滅雷霆之怒。
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