有人將神醫扁鵲已來到秦國的事告訴了武王，武王傳令扁鵲入宮。扁鵲看了武王的神態，按了按他的脈搏，用力在他的腰間推拿了幾下，又讓武王自己活動幾下，武王立刻感覺好了許多。接著又給武王服了一劑湯藥，其病狀就完全消失。武王大喜，想封扁鵲為太醫令。李醯知道後，擔心扁鵲日後超過他，便在武王麵前極力阻撓，稱扁鵲不過是“草莽遊醫”，武王半信半疑，但沒有打消重用扁鵲的念頭。
李醯決定除掉扁鵲這個心腹之患，派了兩個刺客，想刺殺扁鵲，卻被扁鵲的弟子發覺，暫時躲過一劫。扁鵲隻得離開秦國，他們沿著驪山北麵的小路走，李醯派殺手扮成獵戶的樣子，半路上劫殺了扁鵲。
扁鵲在診視疾病中，已經應用了中醫全麵的診斷技術，即後來中醫總結的四診法：望診、聞診、問診和切診，當時扁鵲稱它們為望色、聽聲、寫影和切脈。他精於望色，通過望色判斷病證及其病程演變和預後。扁鵲精於內、外、婦、兒、五官等科，應用砭刺、針灸、按摩、湯液、熱熨等法治療疾病，被尊為醫祖。
扁鵲的切脈診斷法也很突出，具有較高水平。《史記》稱讚扁鵲是最早應用脈診於臨床的醫生。先秦時期，中醫的脈診是三部九候診法，即在診病時，須按切全身包括頭頸部、上肢、下肢及軀體的脈。扁鵲是曆史上最早應用脈診來判斷疾病的醫生，並且提出了相應的脈診理論。
扁鵲十分重視疾病的預防。從蔡桓公這個案例來看，他之所以多次勸說及早治療，就寓有防病於未然的思想。他認為對疾病需要預先采取措施，把疾病消滅在萌芽裏，這樣可以達到事半功倍的效果。他曾頗有感觸地指出：客觀存在的疾病種類很多，但醫生卻苦於治療疾病的方法太少。
在治療方麵，扁鵲能熟練運用綜合治療的方法。綜合療法為扁鵲行醫時的主要治療措施。先秦時期，在臨證中，醫學尚未明確分科。盡管《周禮》中已有獸醫、食醫、疾醫和瘍醫之分，但這僅僅是在宮廷中的設定。獸醫、食醫、瘍醫分別管理牲畜疾病、宮廷飲食調配和以刀剪割切的外科等事項。除此以外的其他病證，都屬疾醫的範疇。扁鵲是一位能兼治各科疾病的多麵手，扁鵲還能根據當地的需要，隨俗為變地開展醫療活動。據記載，扁鵲還精於外科手術，而且應用了藥物麻醉來進行手術。
扁鵲奠定了華夏傳統醫學診斷法的基礎。難怪司馬遷稱讚他說：“扁鵲言醫，為方者宗。守數精明，後世修序，弗能易也。”
他用一生的時間，認真總結前人和民間經驗，結合自己的醫療實踐，在診斷、病理、治法上對祖國醫學作出了卓越的貢獻。扁鵲的醫學經驗，在醫學史上占有承前啟後的重要地位，對醫學發展有較大影響。因此，醫學界曆來把扁鵲尊為華夏古代醫學的祖師，說他是“華夏的醫聖”、“古代醫學的奠基者。”
司馬遷在《史記·扁鵲倉公列傳》中說：“女無美惡，居宮見妒；士無賢不肖，入朝見疑。故扁鵲以其伎見殃，倉公乃匿亦自隱而當刑。緹縈通尺牘，父得以後寧。故老子曰美好者不祥之器，豈謂扁鵲等邪?”
起死迴生：傳說一次扁鵲到了虢國，聽說虢國太子暴亡不足半日，還沒有裝殮。於是他趕到宮門告訴中庶子，稱自己能夠讓太子複活。中庶子認為他所說是無稽之談，人死哪有複生的道理。扁鵲長歎說：“如果不相信我的話，可試著診視太子，應該能夠聽到他耳鳴，看見他的鼻子腫了，並且大腿及至陰部還有溫熱之感。”中庶子聞言趕快入宮稟報，虢君大驚，親自出來迎接扁鵲。
扁鵲說：“太子所得的病，就是所謂的‘屍厥’。人接受天地之間的陰陽二氣，陽主上主表，陰主下主裏，陰陽和合，身體健康；現在太子陰陽二氣失調，內外不通，上下不通，導致太子氣脈紛亂，麵色全無，失去知覺，形靜如死，其實並沒有死。”
扁鵲命弟子協助用針砭進行急救，刺太子三陽五會諸穴。不久太子果然醒了過來。扁鵲又將方劑加減，使太子坐了起來。又用湯劑調理陰陽，二十多天，太子的病就痊癒了。這件事傳出後，人們都說扁鵲有起死迴生的絕技。
扁鵲換心：傳說魯公扈、趙齊嬰二人有輕病，就一起請扁鵲治病，扁鵲對公扈說：“你的誌氣強身體卻很弱，有計謀卻並不果斷，齊嬰你的誌氣弱身體卻很好，沒有謀慮卻過於執著。如果把你們的心髒互換，就能平衡病也就好了。”扁鵲讓二人喝了藥酒，他們昏死了很多天，剖開他們前胸找到了心髒，將它們互換放置好，然後給他們吃了神藥，於是二人過了一會便醒了，就像剛開始一樣的健康，後來二人就向扁鵲告辭迴家了。
《漢書·藝文誌》載《扁鵲內經》《扁鵲外經》，均佚。現存《難經》係後人托名扁鵲之作。
天迴醫簡被整理為《脈書·上經》《脈書·下經》《逆順五色脈臧驗精神》《犮理》《刺數》《治六十病和齊湯法》《經脈》與《療馬書》等八部醫書，涉及醫學理論、治法、成方製劑文獻等內容，構成了一門係統的醫學體係。天迴醫簡就是失傳兩千多年的“扁鵲醫書”。
關於扁鵲的活動年代和所屬國籍問題，由於史籍記載不同，形成扁鵲活動於春秋戰國年間，公元前六百九十五年蔡桓侯去世到公元前三百一十一年秦武王即位的巨大跨度曆史學者聚訟不已。
從成書較早有關扁鵲的書籍，即成書於戰國末年，韓非子所著的《韓非子》，成書於西漢初年，陸賈所著的《新語》，成書於漢景帝時期的《韓詩外傳》來看，扁鵲活動於春秋時期。
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