端平三年，同知樞密使魏了翁聘宋慈為幕僚。
嘉熙元年，宋慈被授為邵武軍通判，任職僅及週年，仍使民有餘念。第二年調任劍州通判。浙西饑荒，宋慈奉詔入境，感歎當地豪門大族逃避征賦、囤積穀物的情況，於是實行“濟糶法”，將人戶分為五等：最富有者出存糧半濟半糶；較富有者隻糶而濟助；中等不濟也不糶；次貧者半濟助；赤貧者全濟，濟米由官府撥付，停征一半租稅。富戶不敢違命，貧者得以度過荒年。社會秩序得以安定。
嘉熙三年，宋慈升任司農丞、知贛州。次年，調為提點廣東刑獄。他發現所屬官員多不履行職責，有拘押數年的案犯，都未理清曲直。於是製訂辦案規約，責令所屬官員限期執行，僅八個月，就處理案犯兩百餘人。後移任江西提點刑獄，為贛民作主，嚴辦違法的鹽販。
淳佑五年，改知常州，提議重修《毗陵誌》，並開始編輯洗冤錄資料。在常州任滿後，轉任廣西提點刑獄，巡行各部，雪冤禁暴，雖偏僻惡溺處所，亦必親往視察。 宋慈廉政愛民，執法嚴明，尤其“於獄案，審之又審，不敢萌一毫慢易心”。
淳佑七年，任直秘閣、湖南提點刑獄。是年冬，撰成《洗冤集錄》。
淳佑八年，改寶謨閣直學士，奉命巡迴四路，掌管刑獄。聽訟清明，決事果斷。
淳佑九年三月十九日，宋慈被升授為煥章閣直學士、知廣州、廣東經略安撫使。
宋慈自上任以來，重視學校教育，大力弘揚傳統文化，曾刊刻《敘千古文》於廣州學宮，其好友李昴英於第二年正月撰《書胡致堂〈敘古千文〉》褒揚此事。同年秋，在解試揭榜後，宋慈主持鹿鳴宴，為舉子上京參加省試餞行，並在宴會上寫詩，與李昴英唱和。
就在到任後兩個月後，宋慈罹患“末疾”，但他仍堅持帶病主持淳佑十年正月的“釋菜禮”，最終因過度疲乏而一病不起。同年三月七月 ，宋慈在廣州官舍逝世，享年六十四歲。
淳佑十年七月十五日，宋慈歸葬建陽縣崇雒裏建陽宋氏祖居地昌茂村。理宗為表彰他的政績和才華，譽為“中外分憂之臣”，特贈朝議大夫，並禦書墓碑“慈字惠父，宋公之墓”。
宋慈編寫《洗冤集錄》的指導思想，是“恤刑慎獄，直理刑正”。
“恤刑慎獄”繼承的是儒家“決獄謹慎”的主流法律思想。作為程朱理學的追隨者，宋慈在《洗冤集錄序》開宗明義地說：“獄事莫重於大辟，大辟莫重於初情，初情莫重於檢驗。蓋死生出入之權輿，幽枉屈伸之機括，於是乎決。”宋慈認為，隻有通過嚴密的檢驗，才能保證斷案審判不冤不枉。同時，宋慈也清醒地認識到，恤刑慎獄的關鍵在於執法官吏的職業道德，因此在《洗冤集錄》一書中，宋慈不僅將《宋刑統》和《宋刑統疏》中的有關法令、檢驗製度以及檢驗人員失職罰則等內容錄入其中，而且根據自己的實踐經驗，提出了法醫檢驗的注意事項。宋慈反對驗屍時“遙望而弗親，掩鼻而不屑”，要求官吏“躬親詣屍首地頭”親自驗屍，提倡對案子“審之又審”；強調檢驗要真實，“命官檢驗不實或失當，不許用覺舉原免”，故意不真實驗屍者，即使坦白了也不能免除處分；規定驗屍不擾民、不接觸當地官員和當事人，保證“定驗無差”；對檢驗官吏違法行為引用《宋刑統》：“諸屍應驗而不驗；或受差過兩時不發；或不親臨視；或不定要害致死之因；或定而不當，各以違製論。”
所謂“直理刑正”，就是重實據、不輕信口供，重事實、依理斷案的司法思想。“牢獄用刑以求取口供”，中國傳統社會向來重視口供的采集。口供固然重要，但這種獲得口供的非法手段早就被世人唾棄，更何況“證以人或容偽焉”，宋慈認為須“多方體訪，務令參會歸一，切不可憑一二人口說，便以為信”，且“告狀者切不可信，須是詳細檢驗，務要從實”，這一方麵是因為“證以物必得實焉”，另一方麵是不能聽從一麵之詞，以防其中有弊。不輕信口供在當時律法中亦有體現，即使罪犯招供，也要查出證據；反之，即使罪犯不招供，在物證確鑿的情形下，亦可定罪判刑，一切須“據狀斷之”。
在《洗冤集錄·疑難雜說下》記載這樣一個案例：“廣右有兇徒謀死小童行，而奪其所齎。發覺，距行兇日已遠。囚已招伏：‘打奪就推入水中’。尉司打撈已得屍於下流，肉已潰盡，僅留骸骨，不可辨驗，終未免疑其假合，未敢處斷。後因閱案卷，見初驗體究官繳到血屬所供，稱其弟原是龜胸而矮小。遂差官複驗，其胸果然，方敢定刑。”這種重證據，不輕信口供的直理刑正思想，貫通宋慈《洗冤集錄》全書。
《洗冤集錄》本質上是一部指導屍體外表檢驗的法醫學書籍。正如宋慈所指出的那樣，《洗冤集錄》“如醫師討論古法，脈絡表裏，先以洞澈”。這種用傳統醫學方法，由表及裏、由屍表現象探究死亡本質的法醫學，與以剖驗屍體解決死因問題為標誌的現代法醫學有很大的不同，突出了係統觀察的地位和作用。
係統觀察的要訣之一是“問”。宋慈針對不同案件、不同屍體、不同場所、不同人群“問”的內容也不同。“問”官員、公吏、報案人、家屬、左鄰右舍、行兇人、同獄人、在場證人、奴婢的主人，還要“問”天氣情況、河流地形、火源風勢、季節更換、人員往來、民俗習慣、風土人情，有時還要“問”兇手或被害人生前是左利還是右利、被害人或自殘者職業工種及性格喜好、死者生前疾病情況、有無看病及醫案、何時報案……問之又問、“審之又審”，問得一清二楚，審後“洗冤澤物”。可以說，《洗冤集錄》全書充滿了“問”的學問。
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