大約在北週末年成書的道教類書《無上秘要》中，“三元”一詞才見著錄。該書卷二十七《上清神符品》引《洞真三元玉檢布經》稱，受佩“三元玄壇玉檢紫文”之人，佩身九年，就有可能“乘三元之軿，上升三元之官”。該經收入《道藏》洞玄部本文類，全稱《上清三元玉檢三元布經》。該經所稱“三元”，指的是天、仙、地，即上元玉檢檢天大錄、中元玉檢檢仙真書、下元玉檢檢地玉文。附有《三元記憶體招真降靈上法》，其記憶體之神為“太素元君”以及她的三個女兒，紫素元君、黃素元君、白素元君，三女神又合稱為“三素元君”。故上清派的“三元”並非指天地水三官。《無上秘要》卷五十二有《三元齋品》，徐墨齋認為從道之人“生長流俗，五神諍競，塵深罪穢，永不自覺，與罪同長，山海彌積，前生至今，不知緣來，凡以幾劫，逮及今日，罪結天地，在何簿目，為三官執舉，拘逮地役，雖自修厲而無感徹，真靈不降，眾魔所伐，致思念不專,五神飛越，常恐一旦歸命幽壑，彌淪萬劫，終天無拔”，因此必須以三元大慶吉日，“清齋燒香，首謝前身及得今日積行，所犯天所不原、地所不赦、神所不哀、鬼所不放億罪兆過”。據此，南北朝時期已開始將“三官”和“三元”聯係在一起。
唐初編成的《藝文類聚》卷四“七月十五”條稱：“道經曰：七月十五，中元之日，地官校勾，搜選人間，分別善惡，諸天聖眾，普詣宮中，簡定劫數，人鬼傳錄，餓鬼囚徒，一時皆集。以其日作玄都大獻於玉京山，采諸花果，珍奇異物，幢幡寶蓋，清膳飲食，獻諸聖眾。道士於其日夜講誦是經，十方大聖，齊詠靈篇，囚徒餓鬼俱飽滿，免於眾苦，得還人中。”《藝文類聚》所稱道經乃《太上洞玄靈寶三元玉京玄都大獻經》。
《道藏》收入洞玄部本文類。該經有題解和注釋，作者不詳。注稱：“三元者，元，本也。但以上三官為萬物之行本，故曰三元。”題解稱：“一切眾生，生死命籍，善惡簿錄，普皆係在三元九府，天、地、水三官考校功過，毫分無失。所言三元者，正月十五日為上元，即天官檢勾；七月十五日為中元，即地官檢勾；十月十五日為下元，即水官檢勾。一切眾生皆是天地水三官之所統攝。”在《太上洞玄靈寶三元品戒功德輕重經》中，敘述更細，稱天官有三宮三府三十六曹，地官有三宮三府四十二曹，水官有三宮三府四十二曹，三官共有九宮九府一百二十曹，專司記載人的生死和功過，“責役考對，年月日限，無有差錯”。該經還稱：“人身中亦有三宮六府百二十關節，三萬六千神。
人身行惡，身神亦奏之三官；人身行善，則度其仙名。生死罪福，莫不先由身神影響相應乎自然也。”這就將天神和人身之神聯係起來，成為對於人的善惡行為的監察係統。
宋代張君房編撰的《雲笈七籙》卷五十六《元氣論》稱：“混沌分後，有天地水三元之氣，生成人倫，長養萬物。人亦法之，號為三焦、三丹田，以養身形，以生神氣。”將人體的三丹田稱為“三元”是道教內丹術的說法。
《參同契》稱“含精養神，通德三元”。宋末元初道教學者俞琰注“三元”為“上中下之三田也”。宋曾慥編撰的《道樞》卷三十有《三元篇》，其“三元”所指“上元者首以上屬焉；中元者，首之下臍之上屬焉；下元者，臍之下腰之上屬焉”。“人有三元，三元塞則六氣亂矣”；“三元之中，中元其最尊者也”；“上氣入既足，若動而不動於恍惚之間，自然結成寄於氣海，故中元注於下元之珠，元氣斯定矣。中元者，陽也，雄也；下元者，陰也，雌也”；“中元守乎下元，左白右黑，合而為一”；“外氣不入，內氣不出，與天地同和，其壽無涯焉”。張伯端《悟真篇》捲上有“四象五行全籍土，三元八卦豈離壬”句，董德寧注稱：“三元者，三才也，其在天為日月星之三光，在地為水火土之三要，在人為精氣神之三物也。”這就將內丹修煉同道教教義中的天地生成理論聯係在一起了。《黃庭經講義》中稱“三元”為元精、元氣、元神。
另據《雲笈七籙》卷三《道教三洞宗元》，“三元”又有宇宙和道教經籍起源的意思，稱“原夫道家由肇，起自無先，垂跡應感，生乎妙一，從乎妙一，分為三元，又從三元變成三氣，又從三氣變生三才。三才既滋，萬物斯備。其三元者，第一混洞太無元，第二赤混太無元，第三冥寂玄通元”。從三元中又分別化生出天寶君、靈寶君、神寶君。
三君分別居於玉清境清微天，上清境禹餘天，太清境大赤天。此三君各為道教教主，即三洞之尊神。“天寶君說十二部經，為洞真教主； 靈寶君說十二部經，為洞玄教主；神寶君說十二部經，為洞神教主”。由此衍生出道教三洞係統以及包括其中的各種道教經籍。
命理學上有天、地、人三元之說，天幹為天元，地支為地元，人元則是指地支中所藏含的天幹。十二地支，每個地支中分別藏著一個、二個或三個天幹，即所謂地支藏幹。
土中藏幹有較強的規律性：天元指四柱中的天幹，天元的推算, 主要通過日幹與其餘三幹的五行生剋合化以及十神的衡量, 對透出的所主之事作出強弱損益, 命之貴賤的判斷.
地元指四柱中的地支，地支的刑衝害合會等對日元產生著重大影響, 地元中的月令月支對日元旺衰得地與否起著決定性作用。
人元指地支中所藏天幹。子藏癸水在其中，醜中癸辛己土同，寅藏甲木和丙戊，卯中乙木獨相逢。辰藏乙木兼戊癸，巳中庚金有丙戊，午藏丁火並己土，未中乙木加己丁。申藏戊土庚行壬，酉中辛金獨豐隆，戌藏辛金及丁戊，亥中壬水甲木存。
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