以沈玄儈為首的吳州地區起義軍被剿滅後，楊素率大軍乘船沿海南下，直撲會稽（紹興）。
會稽地處東南部，無論是西晉八王之亂後永嘉南渡，還是五胡亂華時南北對峙，會稽地區受北方勢力侵入甚少。
對於隋朝政權的認可度，會稽地區百姓最低。
會稽地區叛軍首領是高智慧，他號召南陳舊地人揭竿起義反抗隋國朝廷，當地人內心讚同，踴躍參與。
因此，在各地起義軍中，高智慧實力最強，擁有一千多艘戰船，隊伍人數接近10萬。
他們已經攻占會稽郡城，殺死朝廷派來的官員。
隋軍行軍總管來護兒熟悉水戰，他自告奮勇申請打頭陣，率樓船軍與高智慧的水師硬碰硬過招。
幾輪交手後，來護兒用火攻擊潰了高智慧的水師。
楊素親自率軍趁勢由陸路拿下了會稽郡城。
高智慧率領殘部，乘船由海路逃往南方永嘉（溫州），投奔沈孝徹。
楊素、來護兒緊隨高智慧，一路追到永嘉。
與此同時，史萬歲擊敗婺州（金華）汪文進叛軍，魚俱羅擊敗樂安（台州）蔡道人叛軍。
汪文進、蔡道人均被斬殺。
史萬歲攻破婺州、斬殺汪文進後，繼續南進剿匪，遭到四麵州縣叛軍圍攻，作戰十分艱苦。
他的隊伍在三個月中轉戰一千多裡，經曆大小戰鬥幾百次。
由於周邊都是山區，交通不便，史萬歲的斥候沒法與友軍互通情報，魚俱羅、楊素等人都以為史萬歲已經殉國、其隊伍全軍覆沒。
史萬歲殘部被困在山穀裡時，他砍削竹片書寫了許多封求援信，裝在密封的竹筒裡，丟進溪水中讓其順流而下，試試運氣，希望被隋國友軍發現。
吉人自有天佑。
楊素軍中的打水軍士看見一隻水中漂遊的竹筒，感覺不同尋常，便撈上來上報。
楊素見到了史萬歲的求援信，一邊緊急派隊伍前往救援，一邊將此事上奏長安。
皇帝楊堅閱覽了楊素軍報，感歎不已。
他下旨賞史萬歲十萬錢，將他由上開府儀同三司（從四品），升為左領軍將軍（從三品）。
楊素集中來護兒、魚俱羅等大軍，猛攻永嘉。
最終，永嘉城破，沈孝徹被殺。
高智慧在精銳死士保護下逃出，帶著幾百人跑到泉州，投奔泉州王國慶的起義軍。
王國慶是泉州本地豪強，他率部眾偷襲泉州刺史部，斬殺了刺史劉弘後宣佈起義，得到當地世族支援。
對高智慧的潰敗，王國慶感到可惜。但對他的來投，王國慶很是歡迎。
楊素率大軍緊追至泉州。
無論是攻城還是守城，無論是陸戰還是水戰，楊素是當世最頂級的軍事家。
麵對王國慶、高智慧的泉州防禦堡壘，楊素麾下猛將們一如既往地互相競賽，彷彿是參加軍事演習。
雙方的死傷都十分慘烈，但隋軍官兵個個士氣高昂、奮不顧身。
相反，南方軍見到北方軍如此拚命進攻，心裡漸漸發怵。
交戰時士氣一旦鬆動，便會一觸即潰、不可收拾。
不久，泉州城被攻破。
王國慶、高智慧率部突圍出城，逃往深山老林裡。
叛軍進入閩地崇山峻嶺之中，隋國朝廷軍要清剿他們，那就非常麻煩了。
楊素另辟蹊徑，派王國慶手下降將前往勸降，允諾：隻要王國慶斬殺高智慧，楊素擔保王國慶性命無憂。
王國慶自知大勢已去，於是擒拿高智慧，率部下向楊素投降。
楊素將高智慧斬首，頭懸泉州城門。
至此，江南反叛全部被平定。