《隱秘而偉大》開頭的節奏並不快。
化身為「傻瓜」的男主東九，一直沒有接收到來自組織的訊息，平日裡通過觀察，他對村莊裡的所有動態都瞭如指掌。
收養自己的好心雜貨店大嬸是個摳門達人，靠收垃圾攢的錢已經存滿七個存摺。
自己暗戀的物件小丹，小公司副理，她的弟弟小俊正在讀高中。
3個月前剛搬來的阿蘭身材火辣，總喜歡「騙」自己拿煙。
小鎮上還有個郵差大叔，實際上則是和自己一樣身份的間諜，潛伏16年和當地人沒什麼區別，這也是他在此地唯一的聯絡人。
在一個雨夜，東九走出門外執行任務——每個月在公眾麵前小便，每六個月來次大便，是他的日常任務之一。
但沒想到，這個畫麵被晚上下班回家的女神小丹撞見。
那一刻，他覺得自己的心裡天都塌了。
有什麼比被暗戀物件撞見自己最不堪的一麵——雖然是假扮出來的，還能更讓人心碎呢。 追書認準，.超省心
雖然以兩人之間一個「傻子」，一個樣貌姣好的女白領的懸殊身份，本就沒有走到一起的可能，但現在基本可以說是最後一絲希望都破滅了。
自此之後，小丹便對東九有些敬而遠之，但他卻無可奈何。
因為自己的身份是間諜，必須維持「人設」，不能暴露身份。
前麵這段劇情，整體是以輕鬆、搞笑為主，放映廳內不時傳來觀眾的笑聲。
座位上，金美英雙手抱胸，臉色平淡地看著螢幕。
在她的視角裡，這部電影的開頭隻能算一般，搞笑也是靠裝瘋賣傻、皮滾屎尿那一套，唯一有點水平的便是處理得還算自然嗎，誇張搞笑之餘並不會讓人覺得反感，除此之外也並沒有什麼高明的地方。
如果隻是這樣的話，那便隻是二流編劇的水平而已。
然而，連續合作了兩部電影，金美英知道葉知秋的能力當然不止如此。
繼續往下看，劇情裡，男主在一次送貨中，發現來了一名新租客，通過聲音隱約感覺到了對方的不簡單。
——這是同類的味道。
次日，很快那名房客找上門，在狹窄的房間中，兩人一見麵，便一言不發地大打出手。
原來，對方叫李海浪，是組織中黑龍組的組長，從前在部隊中兩人便是死對頭，經常在訓練中拚個你死我活，這次來到首爾也是為了出任務。
這段打鬥中，兩名角色的動作可以說是拳拳到肉、行雲流水，讓在場觀眾看得過癮無比。
次日，出於好奇與防範的目的，東九跟蹤了李海浪，卻驚愕地發現對方竟然去參加了娛樂公司的歌手競選現場。
原來他的任務是通過經紀公司海選，偽裝成一名搖滾歌手，原本以為任務很簡單，沒想到韓國娛樂市場競爭太激烈，直接變成了地獄級難度。
得知真相後的東九也暫時放下心來，生活似乎恢復了平靜。
劇情繼續，原本的接線人郵差大叔因叛變返北，另一名替代者出現了，名叫李海真，是當年東九組裡的組員，化身為高中生出現。
自此，三位間諜碰麵，平日裡偶爾聚聚會，聊聊天，彷彿真的過上了正常的生活。
然而，不出意外地，意外還是來了。
因為政治形勢變幻，北方想與南方恢復良好關係，迫於壓力5446秘密部隊原地解散，並向所有間諜發出了最終命令——自殺。
夾在權力的博弈間，個人便是一顆隨時可以被捨棄的小小的棋子。
東九無法理解這個命令，想要當麵向總教官問個清楚，而此時韓國情報局也找了上來，李海真被俘。
身份暴露，間諜任務也隨之結束，東九不再掩飾，沒必要繼續裝瘋賣傻，他將自己那一頭遮住容貌的蘑菇頭剃成乾淨利落的短髮，決定與雜貨店大嬸告別。
似乎早就預料到了有這麼一天，她隻是說先吃飽飯，然後拿出了一直保留著的元柳煥剛來時的衣服，說口袋裡放了存摺就當路費。
這裡，出現了整部電影中的名場麵。
房間中，短髮的東九脫去綠色運動服，穿上西裝、變回真正的元柳煥那一刻，影廳內傳出不少女觀眾壓抑的尖叫聲。
「啊~好帥！」
「哦多茄！」
「我的媽，好帥啊！」
「這反差也太大了吧！」
金鐘賢本就是知名男演員，劇裡前後兩個形象強烈的反差感，當即便擊中了不少顏值粉的心。
另一邊，為了追殺未死的元柳煥等人，5446秘密部隊的總教官金泰沅南下，很快便循著追蹤器找到了元柳煥。
在一處破舊的建築內，麵對金泰沅，元柳煥問出了錢藏在心底已久的問題。
「我隻想確認一件事，是否我接受並完成了命令，我的母親能繼續接受國家的照顧嗎？」
他並非抗命，而是心底還有著最大的牽掛，便是自己11年未見的母親，想要知曉對方的安危。
麵對元柳煥的質問，教官卻說他隻要無條件執行命令就行，再多問一句，便立刻槍決他。
看著教官的態度，元柳煥似乎意識到了什麼，可教官壓根不肯正麵回答，而是直接下令擊殺他。
元柳煥奮起反抗，卻雙拳難敵四手陷入險境，所幸被趕來的李海浪所救。
隨後，從背叛的郵差口中，他得知了自己母親的處境，在他們加入秘密部隊的那一刻，家人便註定了結局。
得知真相的一刻，元柳煥的精神世界崩塌了。
他不理解，自己熱愛並且至死效忠的組織，竟會這樣對他。
與此同時，教官帶著剩餘的特工追了上來，與其被當作棄子毫無意義地死去，元柳煥與李海浪決定奮力一搏。
然而，元柳煥的一招一式都是從總教官的訓練而來，即便解決了所有小嘍囉，他的實力依舊不敵對手，被揍得倒地不起。
此時，情報局的部隊趕來，在教官即將開槍的時候，被隱藏在部隊中的李海真開槍殺死。
教官仍想引爆手榴彈與三人同歸於盡，被李海浪不顧一切地推下高樓。
此時，情報局的徐隊長仍想對元柳煥進行勸降，麵對步步緊逼，李海真讓元柳煥先跑自己做掩護，可此時已經沒什麼好失去的元柳煥，似乎已經找不到求生的意義了。
無論李海真怎麼勸說，他都無法從中自拔出來，直到他看到臨走前大嬸塞在他衣服裡的存摺。
看著每個月大嬸給他存的錢，起初用的名是「傻東九」，後來改成「小兒子東九」，而後每一筆都標註了用途，甚至連他以後結婚需要用的錢都想好了。
原來，在這段時間的相處中，大嬸早已把東九當成了兒子。
這一刻，元柳煥再也壓製不住心裡的悲傷，淚水流得一塌糊塗。
他潛伏在異國觀察，卻被他所監視的目標所關懷，平日裡摳門、連病都捨不得去看的婆婆，卻將愛都給了他。
在生命的最後一刻，他隻想回到那個雜貨店，可是一切都太遲了。
為了完成最後的使命、不背負叛國的罪名，不連累村子裡的人，元柳煥和李海真最終殉身，死在了槍林彈雨之下。
影片的最後，畫麵轉換。
在村莊的街道上，似乎總會出現過曾經東九的身影，大嬸回到她最初遇到東九的地方，在那裡掛著一張她和東九的全家福。
相簿的背後，完整地寫著東九留下來的一段話。
「母親，請您保重身體，您的傻兒子東九。」