三號機事件的餘波，如同投入平靜湖麵的巨石，在nerv內部掀起了經久不息的漣漪。
戰後清理工作緊張而有序地進行著。
被力場尖刺貫穿得千瘡百孔的二號機，與那台徹底沉寂的黑色三號機，一同被運迴了格納庫深處。
跟著，一份來自醫療部門的緊急報告，讓指揮室裏剛剛鬆弛下來的空氣再度凝固。
報告上的資料冰冷而刺眼：三號機內部的使徒反應，在機體停止活動後，徹底消失了。
但幾乎在同一時間，一個完全相同的、高能量的使徒訊號，出現在了被救出的駕駛員——明日香的身上。
這個發現讓所有人不寒而栗。
赤木律子推了推眼鏡，鏡片反射著螢幕上複雜的資料流，語氣是前所未有的凝重：
“使徒的核心……或者說，它的本質，已經與明日香的生命資訊完全融合。
她不再是單純的被寄生，而是成為了使徒本身。”
最終，在碇源堂的默許下，nerv以最高等級的醫療觀察為名，將尚在昏迷中的明日香轉移到了位於地下最深處的隔離病房。
那裏與其說是病房，不如說是一個用以收容最高階別危險目標的牢籠。
葛城美裏站在隔離區的觀察窗外，看著玻璃另一側躺在病床上，身上連線著無數監護儀器的少女，指甲深深掐進了掌心。
她無法接受這個結果，更無法忍受這種被蒙在鼓裏，眼睜睜看著孩子們一個個走向深淵的無力感。
她猛地轉身，大步流星地離開了壓抑的地下設施，她知道，有一個人一定知道答案。
夜色下的第三新東京市，霓虹閃爍，卻掩蓋不住空氣中彌漫的緊張氣息。
葛城美裏在一個僻靜的地下酒吧角落裏，找到了正在獨自飲酒的加持良治。
她沒有多餘的廢話，直接將一把手槍拍在了桌子上，金屬與木頭碰撞發出沉悶的聲響。
“seele的真相，還有eva與使徒背後的一切……現在，全部告訴我。”
葛城美裏的聲音不大，卻帶著不容置疑的決絕，
“我受夠了，加持。”
加持良治看著她眼中燃燒的火焰，沉默了許久，最終發出一聲長歎。
他知道，這一天遲早會來。
他將杯中的酒一飲而盡，然後將一個晶片交給了葛城美裏……
……
與此同時，由十二塊黑色石碑構成的虛擬會議室裏，seele正因明日香的異變而掀起軒然大波。
“一個人類，竟然獲得了s2機關？同時具備了智慧果實與生命果實……這等同於……神！”
“不可理喻！如果連如此脆弱的人類都能輕易觸及神的領域，那我們一直以來的謀劃，我們舍棄肉身所追求的終極進化，又有什麽意義！”
“必須立刻處理掉那個女孩！她是不應存在的變數！”
激烈的爭論迴蕩在空曠的空間裏，直到議長基路·洛侖茲那低沉的聲音響起，才讓喧囂為之一滯。
“諸位，請冷靜。”
基路的聲音帶著一種奇異的安撫力量，
“類似的例子，我們並非沒有見過。
無論是承載著莉莉絲靈魂的二號複製人，還是即將蘇醒的‘他’，都證明瞭靈魂與‘果實’的融合是可能的。
明日香的存在隻是一個不可複製的奇跡……”
“這個案例的出現，恰恰證明瞭碇源堂的計劃正在偏離我們的軌道。
他似乎總能得到我們意料之外的‘驚喜’。
比起一個被收容的女孩，我們現在更應該關注的，是nerv的動向，以及碇源堂下一步的棋。”
在張啟的暗中操控下，基路·洛侖茲巧妙地將眾人的恐慌引向了另一個方向。
他的話語成功地轉移了焦點。seele的成員們陷入了沉思。
從結果來看，他們這次針對nerv的施壓確實取得了成效。
eva初號機被凍結封存，二號機在戰鬥中嚴重受損，短期內無法修複，其駕駛員明日香更是直接被當做“使徒”隔離。
現在nerv能動用的戰力，隻剩下了綾波麗和她的零號機。這無疑是巨大的削弱。
“監視碇源堂，”
基路·洛侖茲做出了最終裁決，
“在我們的計劃完成之前，絕不能再出現任何不可控的因素。”
會議結束，虛假的和平再次降臨。
但在這份死寂的和平之下，是更加洶湧的暗流。
麵對seele步步緊逼的壓製，碇源堂不動聲色地展開了反擊。
數周後，第十五使徒“鳥天使”出現在地球的衛星軌道上，任何eva都無法靠近。
碇源堂以此為由，直接先斬後奏的使用了朗基努斯之槍。
不等seele批準，就命令綾波麗駕駛零號機，將那柄巨大的紅色螺旋長槍，以雷霆萬鈞之勢投向了宇宙。
長槍精準地貫穿了鳥天使的.力場，將其釘死在了月球表麵，也使得這件神造之物，暫時脫離了所有人的掌控。
seele自然以此為由責問碇源堂，因為這基本上就意味著這家夥已經和他們撕破臉皮了。
但麵對seele的責問，碇源堂卻表現得有恃無恐，給出了理由也很充分，除了使用朗基努斯之槍他也沒有別的辦法。
最後還不等這件事情吵出結果，名為力天使的使徒襲來。
並且以絕對的優勢直接瞬殺零號機。
然後以壓倒性的力量撕開層層裝甲，直逼nerv本部。
碇源堂以零號機失去戰鬥力為由，強行解除了初號機的封印。
“去吧，真嗣。這一次，向我們證明你的覺悟。”
再度坐上駕駛座的碇真嗣，眼神早已不複當初的迷茫與怯懦。
麵對強大的力天使，他沒有退縮，更沒有依賴暴走。
最終經曆了一番慘烈的戰鬥之後，初號機終結了力天使的生命。
遠在seele的權力中心，張啟透過基路的眼睛，注視著這一切。
碇源堂的反擊，seele的猜忌，一切都如他所預料般上演。
這段時間，他利用基路的身份，已經悄無聲息地收集到了大量seele的罪證實錄，以及所有核心成員的真實身份與藏身之所。
萬事俱備，隻欠最後一步。
一個能將這些高高在上的“家夥”一網打盡的契機。
為此，他需要一個關鍵的“引子”。
藉助基路·洛侖茲議長的最高許可權，張啟暢通無阻地進入了seele位於美利堅的基地的核心研究設施。
這裏一片純白，空氣中彌漫著lcl的淡淡甜腥味，安靜得彷彿一片墓地。
穿過層層驗證的白色長廊，他來到一處巨大的圓形培養槽前。
透明的容器中，浸泡著淡黃色的液體，一個銀色頭發的少年**著身體，雙眼緊閉，安靜地懸浮在其中，彷彿一個沉睡的天使。
這就是最後的關鍵人物。
是終結，亦是開始。
容納了第一使徒亞當靈魂，被seele視作最後王牌的少年。
第十七使徒，自由天使——渚薰。