等房玄齡、杜如晦、薛收三人都到了之後，密謀計劃正式開始。
整個過程都是李二親自主導，沒有誰勸他說“太子已經對您動手，你不可能再猶豫”之類勸進的話。
李二是帶頭大哥，這種事情隻能他親自組織，哪裏輪得到別人來勸他？
密謀的計劃大概是：
第一步，找個理由，讓陛下命大王和太子、齊王一同覲見。
第二步，提前控製宮禁，並且以陛下的名義，先一步將三省的主官們全部召集起來控製住。避免在動手後他們傳出訊息、或者下達不利的命令。
第三步，控製玄武門，然後在太子和齊王進宮前就將陛下控製起來。這也是整個計劃最關鍵的一步，這一步成功了，計劃就成功一大半了。
第四步，等太子和齊王進入玄武門後，以伏兵直接幹掉他們。
第五步，以他們的首級，逼迫陛下承認他們的罪行，罷黜他們。然後讓李二做太子，行監國之權。
計劃定下後，所有人都十分認同。
接下來，就是溝通細節。
比如，時間怎麼選？用什麼方法讓陛下同時召集三王覲見？如何保證封鎖訊息？需要出動多少軍力？具體如何分工等等。
最終，時間選在了六月初四，原因是這一天玄武門是由常何值守。
常何是李二安插在李建成身邊的人。但李建成並不知道，反而將常何引為心腹，對其十分看重。這幾年對常何是傾力培養，才能讓常何這麼快成為玄武門的輪值主將之一。
如果選在常何值守玄武門的時間，可以最大程度的消除李建成的戒心，他中計的可能性會大上很多。
至於怎麼讓皇帝同時在六月初四召三王覲見，秦時給李二出主意：實名舉報太子和齊王淫亂陛下後宮，陛下一定會讓你們當庭對質。
然後就是封鎖訊息不外泄，李二的計劃是將宮城所有的門，其守衛和軍官都換成自己的人。
至於需要動用多少兵力，經過一番討論後，確定由李二安排六百山嶽軍潛入大內。以山嶽軍的能力，出其不意之下，六百人控製太極宮，幾乎沒有難度。
因為此時的李淵能夠調動的禁軍，隻有張鎮周以及張鎮周從舒州帶入京的親衛二百人。
另外，因為擔心李建成和李元吉坐下的寶馬速度太快，山嶽軍追不上，李二決定還要安排一支騎兵。兵員是奔雷鐵騎，但數量在秦時的建議下，從歷史上的七十人，提升到了二百人。
另外，西宮（即李二的宏義宮）安排一千玄甲軍和五百山嶽軍駐守，避免東宮和齊王府魚死網破，攻打西宮。
同時，這一千五百兵力，也可以作為備用兵力隨時支援。
此外，李二給高儉撥付了一批武器。如果戰局不利，就讓高儉將雍州府關押的囚犯們武裝起來。給囚犯們許諾免罪、金錢、甚至官位，讓他們也參戰。
最後，是分工安排。
大概是：
通知三省主官的任務則是由宇文士及和長孫無忌完成。
李二這個十二衛大將軍和秦時這個左衛大將軍負責將軍隊帶入大內，然後完成控製三省主官和皇帝的任務。
之後和尉遲敬德、裴行儼一起率兵幹掉李建成和李元吉。
屈突通、秦瓊、程知節、羅士信等人率領玄甲軍和山嶽軍駐守西宮，並且做好隨時馳援的準備。
侯君集、張公瑾、張士貴、劉師立、公孫武達、長孫德順、丘行恭、周孝範、獨孤彥雲等人，基本上都被安排和常何一起鎮守玄武門，抵擋有可能的東宮、齊王府的軍隊反撲。
計劃定好之後，六月初三晚上，李二去太極宮見了李淵。
一見麵就哭著說，“阿耶，我自問沒有做過對不起建成和元吉的事情，但他們卻一心要置我於死地。
我們是一母同胞的親兄弟啊！我不明白他們為什麼要這樣對我，難道他們是想為薛仁杲、李密、王世充、竇建德這幫人報仇嗎？
照目前的情況來看，我估計隻能落得一個枉死的下場了，可惜不能再對阿耶您盡孝了。到了地下，我都不好意思再和那些被我滅掉的草頭王們打照麵。”
李淵則是安慰李二，表示不會發生那樣的事情的，你放心吧！我會罩著你的。
李二又接著說，“他們這樣對我就算了，但他們對阿耶您同樣是包藏禍心啊！
我的細作告訴我，他們居然同您不少愛妃都有私情，如張婕妤和被打入冷宮的尹德妃，維持這種不正當的關係已經好多年了。
以他們的地位，想要什麼女人找不到？阿耶您的枕邊人都是他們的人，若是他們想對您不利，兒子不敢想像會是什麼後果。”
李淵被這頂突如其來的綠帽子打得有點懵，同時也對李二說的最壞後果感到恐懼，便對李二說道，“這件事太大，我也不能隻聽你的一麵之詞。
這樣吧，你今天先回去。明天帶上你的證據，我將建成和元吉也叫進宮來，你們三兄弟放著我的麵對質。
如果真的有這種事情，我絕對不能姑息！”
李二表示那就這麼說定了，我明天肯定一早就來見您，您今天晚上好好休息，我就不打擾了。
第一步順利達成後，李二並沒有返回他的宏義宮。李淵今天晚上或許還能睡一個好覺，但李二卻是沒有時間睡覺的。
從太極宮出來後，李二立刻著手安排秦時秘密帶入大內的二百奔雷鐵騎和六百山嶽軍，將宮禁各個關鍵節點都悄悄控製下來。
隨後，宇文士及和長孫無忌假傳李淵敕命，將三省其他主官全部召入宮中。
但這些人進入皇宮後，卻立刻就被秦時帶人給控製了起來。隨後，按照李二的意思，將這些人全都秘密安排到太極宮海池裏一艘船上去了。
到了船上，叫天天不應的。可以防止很多諸如“某人通過某種方法傳遞了某些訊息”的意外情況發生。
擔心這些人的安全得不到保障，秦時貼心的安排了李君羨帶著二十名全副武裝的山嶽軍保護他們。
做完這些，雖然離天亮還有一段時間，但也差不多是時候該叫李淵起床了。
作為皇帝，睡懶覺可不是好習慣。畢竟，他的宰相們都還在船上等著他呢！
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