洛水文會的波瀾，如同投入池塘的石子，漣漪在士林間持續擴散。新舊思想的交鋒並未因楊炯的調和而止息，反而在更廣泛的層麵，以更微妙的形式展開。然而，在格物院的高牆之內，在那些擺滿儀器、堆滿圖紙、彌漫著硝煙、藥草或金屬氣息的工坊與學館中，一種更為深刻、更為本質的變化，正在悄無聲息卻又堅定無比地發生。爭論的喧囂似乎被隔絕在外，這裏的人們，正遵循著某種內在的、新生的規則，專注於手頭具體而微的問題。一種不同於傳統“格物致知”（其最終指向是道德心性）的新認知方式，一種可以稱之為“科學萌芽”的精神與實踐，正在這片被精心開墾的土壤中，破土而出，舒展嫩芽。
麟德十二年夏，格物院舉辦了一場內部的“學述評議”。這並非正式朝會，也非文人雅集，而是各館主、資深教習、優秀學員齊聚一堂，匯報各自領域的最新進展，相互質詢，辯難求真。與會者不再僅限於皓首窮經的大儒，更多是些“不倫不類”的人物：有身著道袍卻滿手墨漬的算學博士，有挽著袖子露出精悍小臂的舟師老匠，有渾身散發藥石氣味的前煉丹方士，有能精準繪製星圖卻對經義不甚了了的司天台年輕官員，甚至還有幾位因精於接骨而被特聘入醫學院的民間瘍醫。他們的共同點是，眼中閃爍著對未知的好奇和對答案的渴求。
地輿館的陸明遠首先站起，他身後是一幅巨大的、不斷被修訂的《坤輿萬國全覽草圖》。他指出了圖上幾處海岸線的修正，依據是最近從廣州、揚州市舶司匯總的，由海商、水手們記錄並提供的最新航行日誌。“……此處海灣，舊圖有誤，據‘海鶻三號’船長所述，其地多暗礁，水流湍急，與圖中平緩迥然。下官以為，輿圖之學，首重實證，道聽途說、臆測勾連皆不可取。當廣募四海舟子之言，詳加勘對，方能漸近真實。此非一日之功，需持之以恆，代代積累。”他提出了建立“航路日誌庫”的構想，係統收集、整理、驗證各地水文地理資訊。這是一種基於觀察、記錄、驗證、積累的實證地理學方法的自覺。
接著是算學館的趙玄默。他沒有高談《九章》奧義，而是展示了一套新編的《算學階梯習題集》。這套書不僅收錄了傳統的田畝、賦稅、工程算題，更增加了大量基於實際的新問題：如何計算不同坡度下水渠流量？如何根據星高測量船位（簡單的緯度計算）？如何為新型火炮設計射表？如何分配船隊貨載使重心最穩？“算學之用，在於解決實際問題。問題愈切，則演演算法愈精。今後，我館將向舟車、軍械、化機諸館征集算題，共同研討解法。算學非屠龍之技，當為百工之基石。”數學，開始被視為描述和解決現實世界問題的通用工具，而不僅僅是經學附庸或純粹的思維遊戲。
醫學院的秦鳴鶴，在經曆了最初的倫理掙紮和手術實踐後，變得更加務實。他展示了一份詳細的《金瘡感染與處理方式對照記錄》。表中記錄了近百例外傷病例，詳細列明傷口型別、處理方式（是否用酒精、是否沸煮布條、縫合手法、用藥）、癒合情況、是否發熱（感染）。盡管沒有現代的統計分析概念，但這張簡陋的表格，清晰顯示出采用“潔淨法”（酒精消毒、煮沸布匹）處理的患者，其“發熱潰爛”的比例遠低於傳統方法。“此表或有不全，然趨勢可見。醫道關乎生死，不可全憑臆斷古方。當詳加記錄，對照比較，以效驗為憑。老夫已命瘍科學員，此後所有接診，皆需按此格式記錄在案，定期匯總分析。”一種原始的、基於病例對照的臨床觀察和歸納方法，正在被不自覺地應用。
最引人注目的，是化機館的章煥。他帶來的不是新的丹藥配方，而是一份《物質分合變化紀要》。他詳細記錄了用不同方法提純硝石、硫磺的步驟與產物，記錄了木炭、焦炭燃燒的差異，記錄了多種金屬在酸、堿、鹽溶液中的反應現象，甚至記錄了用玻璃器皿加熱水，觀察蒸汽推動輕小物體的實驗。“……我等以往煉丹，多求‘變化’之玄妙，而少究‘為何變化’。今遵太子太師之教，首重觀察、記錄、重現。任何變化，需可觀察、可記錄，且他人依同樣步驟，當可得同樣結果。若有不同，則需探究緣由，是物料不純？是火候差異？是器具有別？如此，方能去偽存真，漸明物性。譬如硝、硫、炭三者，比例不同，研磨粗細不同，混合均勻與否，其燃爆之效，天差地別。此非玄理，實乃物性使然，可探可究。”這已經非常接近“可重複、可驗證”的實驗科學思想萌芽，盡管其理論框架仍是模糊的“物性”說。
在巧器坊，宇文恪不再僅僅被視為一個手藝高超的匠人。他和他的團隊，正在係統地研究不同木材的強度、彈性，不同金屬的硬度、延展性，不同齒輪齧合方式的傳動效率與磨損。他們開始繪製標準的零件圖紙，標注尺寸，嚐試建立一套“工巧度量規範”，以便零件可以互換、工藝可以傳承。麵對蒸汽機原型機（一個粗糙的、漏氣的、效率極低的“紐科門式”大氣壓蒸汽裝置，僅能用於提水演示）連續失敗的困境，他們沒有訴諸神秘或放棄，而是逐一排查：密封材料不行？嚐試鉛、麻、皮革、油脂的不同組合。氣缸加工不圓？改進鏜床。冷凝效率低？改變噴水方式和冷卻結構。“失敗乃常事，然每次失敗，需明其所以敗，記錄在案，下次改進。十次百次，或可近一步。”這種基於試錯、記錄、改進的工程技術研發模式，正在形成。
李瑾靜靜地聽著，看著。他知道，真正的“科學的種子”，並非他直接帶來的任何一項具體技術或理論——無論是粗糙的世界地圖、日心說的猜想、還是蒸汽機的草圖——那些隻是“魚”。真正的種子，是他和這個時代最敏銳的頭腦們，在解決實際問題、追求“有用”知識的過程中，不自覺地培育和踐行著的那些新方法、新態度、新組織形式：
係統性觀察與記錄：不再滿足於模糊的、文學化的描述，而是追求精確的測量、詳細的記錄、標準的術語。
實驗與驗證：開始有意識地設計情境（哪怕是粗糙的），去檢驗想法，重視“可重複性”。
數學化與量化：嚐試用數字和計算來描述現象、解決問題，哪怕是最簡單的加減乘除和比例。
開放與協作：不同領域（算學、地輿、化機、巧器）之間開始交流問題，分享資料和方法。知識在一定範圍內被共享和討論，而非師徒私相授受。
試錯與漸進：接受失敗是過程的一部分，並從失敗中學習，逐步改進。
追求實用與實效：以解決實際問題、產生實際效果為導向，這雖然可能限製純理論的發展，但在初期卻是最強大的驅動力和合法性來源。
這些“種子”，散落在各館的具體工作中，尚未被提煉成明確的“科學方**”，更沒有形成獨立於“格物致知”舊框架的哲學體係。它們與實用技術、傳統智慧、甚至殘留的玄學思辨（如煉丹術的某些觀念）混雜在一起。但它們的生命力是頑強的，因為它們與“強國”、“富民”、“活人”這些最實際、最迫切的目標緊密相連，並且，真的在產生效果。
在“學述評議”的最後，李瑾起身，做了一段總結，他沒有使用“科學”這個尚未出現的詞匯，而是說：“諸君今日所言所行，讓瑾想起《尚書》有雲：‘知之非艱，行之惟艱。’又聞前賢曰：‘紙上得來終覺淺，絕知此事要躬行。’吾等所為，便是這‘躬行’二字。不尚空談，不泥古訓，於天地萬物間觀察，於百工製作中試驗，於疑難雜症裏探究，於數理推演中求真。所得無論巨細，無論成敗，皆需如實記錄，公之於眾，以便後人查驗、補正、發揚。此非一時之功，乃千秋之業。願與諸君共勉，使我大唐不僅以詩文武功光耀千古，亦能以明理致用之學，洞徹造化之妙，造福生民，澤被後世。”
“明理致用之學”，這是李瑾為這個新生事物找到的、在當下最具包容性和說服力的稱呼。它既保留了“學”的崇高地位，又強調了“明理”（探究規律）和“致用”（實用價值）兩個核心，巧妙地避開了與“聖學”的直接對立，將自身定位為一種有益的補充和延伸。
這次內部評議的內容，被整理成一份《格物院學事輯要》，雖然隻在有限範圍內傳閱，但其影響是深遠的。它標誌著，格物院內部，一種共同的、以實證和實用為導向的研究“正規化”正在初步形成。來自不同背景的人們——儒生、匠人、方士、醫者——開始用一種相似的語言（資料、記錄、實驗、驗證）進行交流，為一個共同的目標（解決問題、獲得可靠知識）而協作。
種子已經播下。它們深植於解決實際問題的迫切需求中，萌芽於日益精細的觀察和實驗裏，成長於跨領域的交流與協作之上。盡管它們還很弱小，混雜於傳統知識的沃土與荊棘之中，時刻麵臨舊有觀唸的風霜，但其根係，已開始悄然延伸。它們不再是李瑾一人的奇思妙想，而開始成為一群人的自覺實踐，一種新的、看待和探究世界的方式，正在大唐的土壤中，悄然紮根。未來，它或許能長成參天大樹，或許會中途夭折，但此刻，在麟德十二年的這個夏天，在格物院的院落裏，在那些沾滿墨漬、油汙、藥末的手稿和工具間，科學的種子，已然破土。