名偵探柯南番外篇

APTX4869的研發核心資料突然出現匿名泄露線索，黑衣組織盯上了曾參與藥物早期研究的米花大學教授宮野誌保（灰原哀）

為了徹底滅口並奪回殘留研究數據，琴酒、伏特加策劃了一場針對米花町的“緋色計劃”——先通過連環盜竊案製造混亂，再趁警方注意力分散時，對灰原哀實施抓捕，同時試圖滲透警視廳獲取組織臥底資訊

而江戶川柯南，憑藉對灰原哀狀態的敏銳察覺，提前察覺危機

他聯合服部平次、安室透（降穀零）、赤井秀一等勢力，一邊破解黑衣組織佈下的層層迷局，一邊暗中保護灰原哀，阻止組織的陰謀

過程中，柯南意外發現，“緋色計劃”還牽扯出組織潛伏在日本警方的深層臥底，一場關乎紅方陣營安全的生死博弈就此展開