蓋縣西邊五十裡的原山下有個山村，周圍四麵環山，裏麵空間巨大，水源充沛，土地肥沃。
馮習決定把自己的老家搬到這裏來，於是命徐德和劉民把自己收容的百姓安置到了這裏。
馮習現在軍隊有一萬六千，成分混雜，不過都是見過血沒有老弱病殘的素質不錯的人。百姓因為前期不敢收容太多，現在隻有兩萬人左右。
經過一番的篩選，馮習從泰山賊和原來臧霸的隊伍中選了六千比較精銳的帶著出發繼續去建立功績，留下一萬多部隊和兩萬百姓分別給太史慈和劉民訓練，管理。
距黃巾起義已經過去了三個多月，潁川地區的黃巾賊與皇甫嵩，朱雋率領的四萬多官軍戰於長社，被皇甫嵩乘夜劫營放火擊敗，黃巾賊潁川地區的領導人波才戰死，彭脫被擊敗逃走。
皇甫嵩，朱雋於是分兵轉戰，朱雋支援南陽戰場，皇甫嵩則北上。
黃巾賊大方卜已被馮習殺敗後，乘夜逃過了黃河，聚攏殘兵，又一路劫掠，人數又達到了六萬人左右，被天公將軍張角命令攻打兗州，妄圖打通與南邊潁川地區與南陽地區的聯絡，使黃巾軍兵勢連成一片。
卜已再次度過黃河，率眾攻打兗州東郡，圍兗州刺史，領東郡太守喬瑁於東阿，東郡告急。
喬刺史也是不經唸叨，馮習這邊剛想到有他這麼號人，喬刺史就被黃巾賊差點活捉了。
喬瑁本來帶著自己手下的六千兵馬四處剿匪，兗州地界也沒有什麼規模特別大的黃巾賊，結果就碰上了卜已，人數是喬刺史的十倍，又是在野外平原正麵撞上的，被黃巾賊殺的大敗，損失慘重，退回了附近的東阿城。
六月皇甫嵩趕到東阿附近的倉亭，東郡危局已然解除，此時卜已軍正與一漢軍地方軍戰於此地，戰不多時，漢地方軍兩路伏兵從左右殺出，大敗卜已軍，皇甫嵩急命手下協助地方軍追殺卜已軍，卜已軍被追至黃河邊，水流湍急不能渡，漢軍又於後掩殺，卜已軍死傷無數，幾近覆沒，卜已亦於亂軍中被臧霸一槍刺於馬下。
是役，漢軍斬殺黃巾賊兩萬餘級，跳入河中妄圖渡河或被趕入河中淹死者無數，俘虜萬餘，皆被皇甫嵩命斬於黃河邊，河邊築起數座京觀，滾滾黃河河水更是一度被鮮血完全染成紅色。
自此，在青州，兗州一帶活動的黃巾賊主力部隊卜已軍被完全消滅。
馮習與皇甫嵩合兵一處，馮習暫歸皇甫嵩調遣，皇甫嵩一路北上，沿途黃巾賊皆被覆滅。
這時，張角佔據廣宗，控製河北腹地，盧植為宦官所誣，被召回，繼任的董卓被擊敗。於是朝廷下詔命皇甫嵩率兵進擊。在這緊要關頭，張角病死，張梁擔起守衛廣宗的重任。皇甫嵩攻城，因張梁兵精，未能得逞，便閉營休士，以觀其變。等到張梁被迷惑，放鬆了警惕。皇甫嵩立即乘夜調兵，雞鳴時分沖入其陣，黃巾軍倉促應戰，張梁戰死，陣亡三萬多人，投河而死的有五萬多人。皇甫嵩焚燒黃巾輜重車三萬多輛，將張角“剖棺戳屍，傳首京師”。
皇甫嵩打敗張梁是在十月份。次月皇甫嵩又聯合钜鹿太守郭典大敗地公將軍張寶，攻破下曲陽，殺死張寶，斬殺俘虜十餘萬人，皇甫嵩將十萬人的屍骨築成了京觀。
南陽地區黃巾軍主力亦於十一月被朱雋等人消滅。
自此，黃巾起義的主要三個地區河北，潁川和南陽地區的主要作戰力量被全部消滅，皇甫嵩班師回京，馮習亦被邀請隨軍進京領賞。
因為馮習連破黃巾賊大軍，其中一次還是發生在皇甫嵩眼前，所以皇甫嵩在打張梁和張寶的時候都有問馮習對策，對張梁時馮習建議夜襲，因為皇甫嵩也是知道黃巾賊不習慣夜戰，所以前幾次大勝都是靠的夜襲取勝，深知這點的馮習當然是建議夜襲，打張寶的時候馮習更是身先士卒，帶頭衝上了下曲陽城。
皇甫嵩見馮習打仗身先士卒，又通謀略，十分喜愛，對馮習的出身卻是並不在意，相反還十分親近，皇甫嵩自己也是非常清廉的存在，當然知道貧苦才更能磨鍊一個人的意誌，因此有心提拔於馮習。
漢廷任皇甫嵩為左車騎將軍，領冀州牧，並晉封他為槐裡侯，食槐裡、美陽兩縣的租稅，食邑共八千戶。
皇甫嵩又上表漢經逢內亂，邊疆各族必然蠢蠢欲動，需要加派人手，正好馮習有功，就被封為了玄菟郡中部都尉，馮習領旨後就到地接任去了。
當初皇甫嵩征討張角時，途經鄴地，發現中常侍趙忠住宅超過了規定，便上奏皇帝予以沒收。另外，中常侍張讓向他索要五千萬錢，他不肯給。於是趙忠和張讓聯起手來，劾奏皇甫嵩連戰無功，耗費錢糧。靈帝聽信讒言，召回皇甫嵩，收回他的左車騎將軍印綬，削奪封戶六千。改封都鄉侯，食邑二千戶。
馮習沒有受到牽連，本來皇帝也比較看重馮習，幾次大戰都有馮習的名字，還都打了勝仗，派他去邊境守衛皇帝也放心。
至於皇甫嵩被貶的主要原因更多的是朝廷內部鬥爭所致，皇帝也有卸磨殺驢的意思，主要還是因為他可能代表的勢力，怕皇甫嵩做大，雖然皇甫老將軍忠心耿耿，坦坦蕩蕩，卻是難逃官場猜忌。
之前帶著的人馬早就讓臧霸帶回了蓋縣，地方軍想帶進京師那就跟造反一樣了。
因此馮習要先回一趟蓋縣，整備一下手下人馬，這次去玄菟郡顯然會待時間比較長，但是又不可能把所有的身家都帶上，所以就要好好商量一下了，而且蓋縣還有魏老縣令一家。
十一月打完仗，從河北迴京領賞，在京師又駐留了一段時間，回蓋縣路上也花了不少時間，等到了蓋縣，馮習發現又臨近過年了，這一年因為黃巾之亂，基本都是在外麵打仗，或者在打仗的路上，現在終於有時間能停下來，好好的休息一下了。
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