呂宋易主後，遠征軍兵分多路，撲向其他主要島嶼：
中路以海軍陸戰隊（兩棲作戰特種作戰師改編擴充）為主！
在艦隊支援下，攻占維薩亞斯群島（米沙鄢群島）的戰略要地宿務、伊洛伊洛、塔克洛班！
當地守軍薄弱，抵抗微弱，遠征軍進展順利！
南路則南下棉蘭老島，這裡是摩洛穆斯林聚居區，曆史上就與天主教主導的中北部關係緊張，且有分離主義傾向！
遠征軍采取了不同的策略：一方麵以武力快速擊敗達沃、三寶顏等城市的菲軍！
另一方麵，通過印尼的伊斯蘭學者和馬來西亞的蘇丹牽線，秘密接觸摩洛領導人！
承諾尊重其宗教信仰和習慣法，給予高度自治，並提供經濟援助，換取其不抵抗或甚至配合驅逐“馬尼拉政權勢力”！
此策部分奏效，棉蘭老島的佔領過程雖有一些衝突，但比預期順利！
對克拉克空軍基地和蘇比克灣海軍基地，遠征軍采取了嚴密圍困和監視的策略！
在其周圍建立禁區，切斷陸上交通和淡水供應（允許有限度的海上補給，但需檢查），以電子戰乾擾其通訊！
並始終保持強大的空中和地麵部隊威懾！
明確告知美軍，隻要不主動出擊，就可安全停留，但任何挑釁將招致毀滅性打擊！
駐菲美軍司令部在獲得華盛頓“避免全麵戰爭”的嚴令下，困守基地，形同孤島！
至
7
月
20
日，菲律賓主要島嶼、城市、交通樞紐均已處於遠征軍控製之下！
羅哈斯“政府”遷至遠征軍指定的安全地點（實際是軟禁），並按照遠征軍政治部的要求，陸續發布了一係列“法令”！
宣佈國家進入“特彆管製期”！
成立由親遠征軍政客、學者、軍官（及少數被拉攏的地方代表）組成的“國家複興委員會”作為過渡行政機構！
國防、外交、財政、治安等關鍵部門則由遠征軍派遣的“顧問”直接掌控！
征服的槍聲漸息，但真正的挑戰剛剛開始！
遠征軍在全菲實行分割槽軍管，同時迅速恢複城市基本公共服務！
平價出售糧食，宣傳“秩序、發展、去殖民化”的新敘事！
利用“複興委員會”進行基層行政重建，吸納部分非核心的原官僚體係人員！
對地主和資產階級，采取分化策略，打擊最親美、最反動的，拉攏願意合作的！
零散但持續的抵抗運動仍然在各地不斷出現！
主要包括退入山區的胡克殘部，轉為更隱秘的遊擊戰！
部分忠於前政府的軍人、警察和地方勢力組成的零星武裝！
以及棉蘭老島部分不信任遠征軍的摩洛團體！
此外，城市中開始出現地下愛國學生團體和知識分子，進行反佔領宣傳和秘密串聯！
這些抵抗目前規模不大，但如闇火潛燃！
遠征軍迅速接管了主要銀行、礦山、大型種植園和關鍵企業（特彆是美資企業，以“敵產”或“戰時管製”名義）！
與美國、日本的貿易幾乎中斷！
但加速與南洋控製區其他部分（馬來亞、印尼）以及通過香港與大陸（包括國統區和解放區）的走私和易貨貿易！
經濟困難加劇，但遠征軍通過從其他佔領區調運物資和嚴格配給，勉強維持著基本穩定！
國際社會的反應強烈！其中美國的反應最為激烈！
宣佈不承認菲律賓“偽政權”，凍結菲律賓在美資產！
對南洋聯軍控製區實施最嚴厲的全麵貿易禁運和金融封鎖！
推動聯合國大會通過譴責決議（安理會仍被蘇聯否決）！
加速與日本媾和以將其納入防禦鏈條，並正式與澳大利亞、新西蘭簽署了《澳新美安全條約》（anzus）！
美第七艦隊在菲律賓以東海域進行大規模演習！
並與遠征軍海軍、空軍發生多次危險的近距離對峙和電子對抗事件！
然而，直接軍事乾預的選項，在杜魯門政府內部仍因歐洲形勢、中國局勢和國內反戰情緒而無法通過！
蘇聯官方表態謹慎，承認“菲律賓人民的鬥爭複雜性”，但未明確承認遠征軍扶植的政權！
不過，通過第三國際渠道，秘密接觸菲律賓左翼抵抗力量，試圖施加一定的影響！
與遠征軍的實質經濟、技術合作有所增加，特彆是在規避西方封鎖的領域！
亞洲國家反應各異，泰國、緬甸（吳盛倫政府）在壓力下保持了事實承認和有限交往！
印度、錫蘭（斯裡蘭卡）等新興國家強烈譴責，視之為**裸的侵略！
英國追隨美國政策，荷蘭則是餘怒未消！
國民黨政府強烈譴責，但自身已風雨飄搖，自顧無暇！
聖地延安方麵通過新華社發表評論！
嚴詞抨擊“南洋軍閥集團的擴張主義行徑和對菲律賓人民的壓迫”，將其與“美帝國主義”並列批判！
但同時仍保持與遠征軍的秘密物資通道，體現了一種務實的矛盾態度！
麵對內憂外患，許願在
7
月底召開了最高層會議，定下基調！
軍事上，轉入戰略防禦和佔領區治安戰！
主力部隊輪換休整，加固在菲及整個南洋的防禦體係，特彆是防空、反艦和反潛力量！
加速兌換和消化“星際爭霸係統”中涉及區域防空導彈、早期預警網路、柴電潛艇的技術！
以應對美國可能的空中威脅和海上封鎖！
對菲抵抗運動，以軍事清剿、政治分化、經濟收買相結合，力求撲滅於萌芽！
政治上，加快“南洋聯邦”的實質性整合步伐！
計劃在年底前召開“南洋各邦（地區）聯合會議”，製定共同憲章，建立更正式的聯合機構（至少是經濟、防務聯盟）！
將菲律賓以“特彆自治邦”形式納入，賦予其一定的文化、宗教自治權以緩解矛盾！
對內宣傳強調“亞洲人聯合自強”、“擺脫西方控製”、“共建繁榮安全圈”！
經濟上，不惜代價建設相對獨立的軍工和重工業基礎，減少對外的關鍵依賴！
利用控製的廣闊市場和資源，推行“南洋內部迴圈”，同時千方百計突破封鎖，獲取外部技術和裝置！