訊息傳開，蘇門答臘其他地區的荷軍士氣崩潰！
控製巨港後，遠征軍兵分兩路：南路由謝三運部山地、叢林戰特長的部隊，在印尼向導帶領下，向蘇門答臘南部叢林挺進！
清剿零星抵抗，並與西爪哇的印尼共和軍主力建立陸上聯係！
北路與海上主力在航空總隊和新興海軍（以魚雷快艇、改裝炮艦為主）支援下，沿馬六甲海峽和蘇門答臘東海岸向北、向南掃蕩，並登陸邦加島、勿裡洞島！
荷蘭在島嶼上的守備部隊孤立無援，在象征性抵抗後大多投降！
至
2
月底，蘇門答臘及附近資源島嶼基本被控製！
遠征軍工程部隊迅速進駐油田和礦山，恢複生產！
西線佔領蘇門答臘的遠征軍主力，在海軍（已增強）掩護下，跨越巽他海峽，在西爪哇孔雀港和拉布汗登陸！
與此同時，早已得到遠征軍秘密武器補給的印尼共和軍西爪哇部隊！
在蒂博尼哥羅師等部領導下，從內陸向荷軍防線發動猛烈攻擊！
荷蘭軍隊腹背受敵，防線迅速瓦解！
東線另一支遠征軍部隊（第四集團軍一部）與中爪哇、東爪哇的印尼共和軍協同，從泗水等地向中部擠壓！
荷蘭試圖在巴達維亞以南的茂物山區建立最後防線，依托地形阻滯聯軍！
遠征軍出動航空總隊進行密集轟炸，並投入精銳的山地叢林特種作戰師（陳旭連部）進行迂迴穿插，切斷荷軍退路！
印尼共和軍則是正麵強攻！
經三日激戰，荷軍防線崩潰，殘部向巴達維亞潰逃！
3
月下旬，遠征軍與印尼共和軍從西、南、東三麵包圍巴達維亞！
城內約有荷蘭正規軍、殖民部隊、警察及眷屬、歐裔平民等近十萬人，物資儲備有限，士氣低落！
許願下令采取“圍而不急攻，攻心為上”的策略！
一方麵用重炮和飛機有選擇地轟炸港口設施、兵營和總督府（避免大規模平民區），展示壓倒性火力！
另一方麵，通過飛機撒傳單、無線電廣播、派遣被俘荷軍軍官喊話等方式，進行大規模心理戰！
宣傳“抵抗無望”、“體麵投降可保安全”、“歐洲戰爭早已結束，何必為早已過時的殖民榮耀送死”！
城內爆發混亂，荷印仆從軍成批逃亡或倒戈，歐裔平民呼籲投降！
荷蘭總督試圖向澳大利亞、美國求救，但回應僅是口頭支援！
皇家海軍幾艘驅逐艦試圖接近輸送補給，遭遠征軍岸基飛機和魚雷快艇攻擊後被迫撤離！
4
月
10
日，在糧食將儘、水源被控、外援無望的情況下，荷蘭駐軍司令開始談判！
4
月
12
日，荷軍代表終於在投降書上簽字！
荷蘭總督及部分高階官員、僑民被允許乘中立國船隻撤離！
普通士兵和僑民在承諾不從事敵對活動後，大部分選擇留下或等待遣返！
巴達維亞陷落後，爪哇其餘地區及蘇拉威西、加裡曼丹等主要島嶼的荷蘭據點紛紛瓦解或投降！
遠征軍以小規模部隊在印尼共和軍配合下進行接收，至
4
月底，荷屬東印度核心區域基本被控製！
荷蘭殘部退守新幾內亞西半部（西巴布亞）！
“聯合安全委員會”，是在巴達維亞成立最高權力機構，由遠征軍代表（東方遠征集群政治委員牽頭）擔任主席！
印尼共和國代表（蘇加諾任命）擔任副主席！
但軍事、治安、關鍵經濟部門（如石油、錫、海關）的控製權由遠征軍掌握！
委員會發布“一號法令”，宣佈廢除荷蘭殖民法律，暫時沿用部分舊法，並逐步推行由遠征軍主導製定的新法令！
印尼共和軍被要求進行“整編”，部分精銳部隊與遠征軍單位混編，組成“南洋聯軍印度尼西亞方麵軍”！
由遠征軍將領擔任主要指揮官，印尼軍官任副職！
大量原印尼共和軍被解散或轉為地方治安部隊！
所有原荷蘭皇家殼牌等公司的油田、礦山、種植園被“戰時接管”！
由遠征軍軍管會或與新成立的、有遠征軍背景的“南洋聯合開發公司”合作經營！
生產迅速恢複，產品被源源不斷運往新加坡、海防等地，支援戰爭機器和換取外彙！
控製所有電台、主要報紙，宣傳“在遠征軍無私幫助下，印度尼西亞人民贏得了反殖鬥爭的偉大勝利”！
強調“新秩序”下的穩定與發展前景，淡化遠征軍的佔領事實！
荷蘭舉國震驚悲憤，政府強烈譴責並宣佈不承認任何既成事實！
但軍事上已無能為力，隻能寄望於國際乾預！
大量荷蘭僑民和“親荷分子”逃亡，加劇了社會動蕩！
美英強烈抗議，宣佈不承認遠征軍行動合法性！
並對“南洋聯軍”控製區實施包括石油禁運在內的全麵經濟製裁和武器禁運！
美國第七艦隊加強在南海和爪哇海的活動，與遠征軍海軍發生多次近距離對峙和雷達鎖定事件，氣氛極度緊張！
英美向聯合國安理會提交議案，要求譴責“侵略”並采取行動！
聯合國成為激烈辯論場！
蘇聯代表痛斥荷蘭殖民統治，稱印尼人民的鬥爭（及遠征軍的介入）是“反帝反殖的正義之舉”，否決了任何包含製裁內容的議案！
英美與蘇聯陣營激烈交鋒！
亞非國家中，印度、緬甸等表示“理解印尼人民的獨立願望”，但對遠征軍方式表示擔憂！
最終僅通過一項含糊的停火呼籲！
澳大利亞則是極度恐慌，全國進入準戰時狀態，緊急向美國尋求安全保證和美英澳新（anzus）防務安排的加速！
許願軍事上命令前線部隊保持高度戒備！
特彆是防空和反艦力量，但嚴令禁止開第一槍！
加速從“星際爭霸係統”兌換早期預警雷達和岸基反艦導彈（以“新型遠端反艦火箭”名義）技術資料！
在關鍵海峽和港口秘密部署，增強威懾！
在政治上指示“聯合安全委員會”和“印尼共和國”政府，在聯合國和國際場合大打“民族自決”和“反殖民”牌！
控訴荷蘭暴行，強調現狀是“人民的選擇”！