麵對學長們的打趣,趙陽麵帶微笑。
「怎麼會,我對生物可從來都沒放棄的打算。」
趙陽看著眼前這些熟人笑著說到。
「別站著了,坐吧。我給你倒杯水。」 ->.,提供給你,的閱讀體驗
顧青走到飲水機旁,拿了一個一次性紙杯給趙陽接了一杯溫水,遞給他。
「謝謝。」趙陽接過水杯。
就在幾人閒聊的時候,實驗室裡側的辦公室門推開了。
顧明教授拿著一遝列印出來的文獻,正低頭看著,一邊走出來一邊說道:「顧青,上週提的那個RNA樣本的濃度是不是不太對,測序公司那邊反饋說建庫失敗了……」
話說到一半,顧明教授抬起頭,一眼就看到了站在實驗室中間的趙陽。
顧明教授的腳步一頓,拿著文獻的手停在半空,臉上先是一愣,接著麵上露出笑容。
「趙陽!你小子怎麼來了?」
顧明教授快步走過來,欣喜的看著趙陽說道。
「這段時間在網上可是天天看你的新聞啊,又是解決孿生素數猜想,又是發nips,然後最近還被mit邀請當訪問學者,你的新聞真是一刻不停啊!學術明星了現在!」
顧明教授開了個玩笑,語氣裡充滿了對趙陽的欣賞。
絕大部分的教授,對於手底下的天才學生,都會欣賞。
趙陽也笑了笑:「顧教授您言重了。我再是學術明星,也是您實驗室的實習生不是嘛!你看,我這不就回實驗室來報到了嗎。」
「回實驗室報到?」
顧明教授愣了一下,他眼神之中帶著不敢相信朝著趙陽確認道,「大家這段時間私底下都聊,說你以後肯定去搞純數學或者去矽穀搞人工智慧了。怎麼,你還打算繼續搞生物?」
在顧明看來,趙陽在數學和計算機領域展現出的天賦,隨便在哪一條道上走下去,都是前途無量的。
相比之下,生物學現在的研究太苦、太枯燥,而且很難像數學那樣靠個人天賦一錘定音,往往需要漫長的實驗週期去熬結果。
更關鍵的是,很多時候,生物實驗並不全靠個人天賦,有時候還要一定的運氣,有時候要的還是一些頂尖的實驗器械。
反正顧明是想不明白,趙陽為什麼還要回來搞生物。
這不是浪費自己的天賦嗎?
看著顧明和周圍這些人不解的眼神成。
趙陽笑了笑說到。
「怎麼會不搞生物。」
「生物學是探究生命本質的學科。我之前就跟您說過,我對這方麵很感興趣。」
他看著顧明教授,直接切入正題:「顧教授,我這次回來,是想繼續在您的實驗室裡待著。如果有什麼新的課題或者實驗專案,我們一起搞。」
顧明教授聽到這話,自然是欣喜萬分,毫不猶豫地答應下來。
「求之不得啊!你這腦子要是能繼續放在咱們課題組裡,那絕對是大殺器。」
顧明教授大笑起來,隨後招了招手,「既然你打算回來,那正好,咱們去會議室。我正因為最近的一個專案頭疼呢,咱們開個短暫的組會,順便給你同步一下進度。」
顧青和另外兩個學長也放下手裡的活,跟著一起走進了旁邊的小會議室。
大家圍坐在會議桌旁,顧青坐在趙陽的斜對麵,拿出了工作筆記。
顧明教授將手裡的文獻放在桌上,表情變得嚴謹起來,進入了工作狀態。
「趙陽,既然你回來了,我也就不藏著掖著了。咱們實驗室最近接了一個國家自然科學基金的麵上專案。」
顧明教授開啟會議室的投影儀,連線上自己的膝上型電腦。
幕布上出現了一張複雜的基因表達調控網路圖。
「這個專案是關於某種特定農作物在重度乾旱脅迫下的耐旱機製研究。」
顧明教授指著圖上的節點說道。
「我們前期的思路很明確。通過提取乾旱處理組和正常對照組的作物葉片RNA,進行高通量的轉錄組測序(RNA-seq)。試圖找出那些在乾旱條件下顯著上調錶達的耐旱關鍵基因。」
「目前的難點在哪裡?」趙陽看著幕布上的圖,直接問道。
既然是測序,那就有現成的資料。有了資料,對於他來說就好辦。
顧明教授嘆了口氣,有些無奈地說道:「難點在於資料量太大,而且噪音極其嚴重。」
「測序公司把資料發回來了,足足有幾個TB的原始測序序列(Reads)。我們雖然也懂一些基礎的生物資訊學分析,會用現成的商業軟體去比對參考基因組,計算表達量。但是……」
顧明教授敲了敲桌子:「但是我們發現,這次測序得到的資料裡,存在大量的假陽性差異表達基因。因為這種作物本身的基因組非常龐大且複雜,含有大量的重複序列。
常規的軟體比對下來,找出了幾萬個差異基因,根本沒辦法進行下遊的驗證實驗。我們不知道到底哪個纔是真正起核心調控作用的主開關基因。」
旁邊戴眼鏡的學長也苦著臉補充道:「是啊趙神。我們這一個多禮拜,天天盯著那些火山圖和熱圖看,眼睛都快瞎了。找出來的幾個候選基因,做實時螢光定量PCR驗證的時候,全都不符合預期。現在整個專案卡在資料分析這一步,沒法往下推了。」
趙陽聽完,大概思索了一下。
很快,他就大概明白了顧明教授他們的困境。
生物學家擅長設計實驗、提取樣本和操作驗證,但麵對海量的高維度測序資料時,如果僅僅依賴市麵上那些打包好的商業軟體或者開源的流程指令碼,很容易陷入資料的泥潭。
因為那些現成的軟體都是基於通用的統計模型,無法針對特定的複雜基因組進行演演算法上的底層優化。
「所以,你們現在需要一種更精確的演演算法,從這幾萬個假陽性的噪音中,把真正具有生物學意義的核心節點給挖出來,對嗎?」
趙陽看著顧明教授問道。
「沒錯。」
顧明教授點了點頭。
「但咱們實驗室沒有專業的生信分析大牛。原本指望這幾個研究生慢慢篩,但進度實在太慢了。」