夜色如墨，毛利偵探事務所的窗戶透出溫暖的燈光。柯南剛結束通話朱蒂的電話，眉頭緊鎖。
“波本……”他在心中默唸這個名字，眼神凝重。
與此同時，阿笠博士家。灰原哀正坐在窗邊看書，突然打了個冷顫，一種莫名的壓迫感悄然爬上心頭。
第二天，少年偵探團帶著一年級a班的杉浦開人來到博士家。開人神情緊張地委托道：“我爸爸是木馬莊公寓的所有人，最近有三個住戶很可疑，我擔心他們在策劃壞事……”
當天下午，柯南、工藤夜一、灰原哀和偵探團趕到木馬莊，卻發現公寓已被大火燒成廢墟。警方在現場找到了開人的日記，裡麵將三名可疑住戶記為“紅、白、黃”三種顏色的人，其中“黃色的人”有重大縱火嫌疑。
當三名房客出現在現場時，灰原哀突然感到一股強烈的壓迫感，彷彿黑暗組織的氣息就在附近。工藤夜一立刻將她護在身後，但那感覺又瞬間消失了。
三名房客中，最神秘的是東都大學研究生衝矢昴。他自稱最喜歡和最討厭的顏色都是黑色，並指出柯南的推理方式類似福爾摩斯的《銅山毛櫸案件》，表明自己也是福爾摩斯迷。
通過分析，柯南和衝矢昴發現開人是按車輛顏色給房客命名的：衝矢昴的紅色消防車對應“紅色的人”；細井的白色救護車對應“白色的人”；真壁的黃色工程車對應“黃色的人”。
真相很快水落石出。真壁吟也因在家埋箱子被開人父親發現，爭吵中將其推下樓，誤以為殺人，遂縱火掩蓋罪行。所幸開人父親隻是重傷，並無生命危險。
案件結束後，衝矢昴請求住在阿笠博士家，被灰原哀拒絕。柯南征得工藤夜一同意後，讓他住到了新一家。幾天後，小蘭和園子去新一家打掃，誤將衝矢昴認作小偷，幸好夜一及時出現化解了誤會。
而在城市的某個角落，一雙冰冷的眼睛正注視著這一切。一個低沉的聲音在黑暗中響起：“看來，遊戲開始了。波本，祝你好運。”
衝矢昴住進新一家後，柯南和夜一對他保持著警惕。衝矢昴白天在附近的東都大學做研究，晚上則喜歡在新一家的書房看書，尤其是福爾摩斯探案集。
一天傍晚，柯南放學回家，發現衝矢昴正站在陽台，望著遠處的天空出神。
\\\